含油污泥的堆肥处理对微生物群落结构的影响

采用堆肥方法处理含油污泥,评价堆肥处理对含油污泥中石油烃的去除效果,并采用Biolog方法和构建16SrRNA基因克隆文库的方法对处理过程中微生物碳源利用特征和微生物群落结构进行了研究。结果表明,含油污泥经过90d的堆肥处理,石油烃降解率达53.3%±9.5%,显著高于对照处理。堆肥处理可以显著促进石油烃降解,是一种处理含油污泥的有效措施。Biolog分析结果表明,堆肥处理的孔的平均颜色变化率(AWCD)显著高于对照处理,堆肥处理提高了土壤微生物代谢活性。主成分分析结果表明,对照处理和堆肥处理的微生物碳源利用特征明显不同,堆肥处理改变了含油污泥中微生物的代谢功能特征。对照处理和堆肥处理的16SrRNA基因克隆文库之间存在显著差异,对照处理的优势类群是γ-Proteobacteria,堆肥处理的优势类群是Bacteroidetes,堆肥处理显著改变了含油污泥中的微生物群落结构。Marinobacter和Alcanivorax是对照处理中的优势菌,可能与石油烃的自然降解过程有关,而Pusillimonas和Agrobacterium可能对堆肥处理中石油烃的降解起一定作用。     

实蝇科昆虫转录组研究进展

实蝇科昆虫种类繁多、危害巨大、入侵能力强,倍受植物检疫与入侵生物学领域的关注。转录组代表细胞或组织内全部的RNA转录本,反映特定状态下的基因表达模式。而依赖于高通量测序技术所衍生出的转录组测序给实蝇等非模式生物的研究带来了机遇。本文在检索实蝇科昆虫转录组序列数据和文献报道的基础上,针对实蝇科昆虫转录组的测序现状和初步应用进行了分析和总结,涉及重要经济实蝇的种类鉴定、基础生理、滞育、配子形成和交配生殖、解毒机制及防治和非编码RNA共6个方面。同时,提出了加强重要经济实蝇转录组研究的3个展望:一是加强结构基因组学和功能基因组学方面的多组学结合研究;二是开展microRNA(miRNA)等非编码RNA功能方面的探索研究;三是探索第三代测序技术的应用研究。     

西瓜甜瓜育种研究进展

通过国内西瓜甜瓜育种研究科技文献数据库检索,总结了我国在西瓜甜瓜重要农艺性状的基因定位研究、组学研究等方面取得的重要进展,并对我国西瓜甜瓜遗传育种工作进行了展望。     

玉米CMS-S型不育系花药的转录组分析

为探索玉米CMS-S型雄性不育的分子机制,以不育系郑58cms-Q1261和保持系郑58单核晚期的花药为材料进行转录组分析,发现14 565个差异表达基因（DEGs）,其中7 551个上调表达,7 014个下调表达。GO富集分析显示这些DEGs主要富集在代谢过程、细胞和催化活性等方面。KEGG显著富集的主要代谢通路为碳代谢、淀粉和蔗糖代谢、氧化磷酸化、糖酵解/糖异生、氨基糖和核苷酸糖代谢等。选取12个DEGs进行qRT-PCR分析,结果与RNA-Seq数据一致,证明转录组数据的准确性。进一步对DEGs分析,发现2个果胶裂解酶超家族蛋白、5个果胶裂解酶类,3个热休克蛋白和2个bHLH转录因子与雄性不育有关。     

培养模式对水芹叶片药用成分代谢物的影响

文章旨在研究传统土壤栽培与综合种养模式栽培条件下水芹叶片中主要代谢物成分差异及各成分间关系,并重点探究其对药用成分代谢物的影响。以水芹为试验材料,利用类靶向代谢组分析技术,通过土壤和水质的指标测定、叶片样本收集、代谢物提取以及质谱检测等方式测定不同栽培模式下水芹的代谢物数目,并对其差异代谢物进行分析。结果表明,不同栽培方式对水芹叶片代谢物具有显著影响,采用养殖基地的网箱浮床种植的水芹在多项有药用价值的代谢物积累上要优于土培水芹,主要涉及黄酮类代谢物、醇类及多元醇类代谢物等,有利于水芹黄酮类物质的提取,可以为今后研究治疗药物或功能产品提供试验材料。     

条斑紫菜基因组Fosmid文库构建

高分子量基因组文库是开展条斑紫菜基因组学研究的必备工具。构建了由23 040个Fosmid克隆组成的条斑紫菜孢子体无偏倚基因组文库。检测分析表明：文库克隆重组率为100%;插入DNA片段长度为28~40 kb,平均长度为35 kb,文库覆盖率约为条斑紫菜基因组的2.78倍;从超级池中筛查条斑紫菜18S rRNA、atpA、h2A、rbcL基因,至少能得到一个阳性克隆,印证了计算所推测的文库覆盖率;随机选取6个Fosmid克隆经100代传代后插入DNA片段未发生丢失或长度变化,表明克隆传代的稳定性。该文库的构建为开展条斑紫菜基因组特性分析和基因克隆奠定了基础。     

基于尿液代谢组学研究青蒿琥酯对庆大霉素诱导犬急性肾功能衰竭的保护机制

为观察青蒿琥酯对庆大霉素诱导犬急性肾功能衰竭尿液代谢物的调节作用及其机制.将24只泰迪型贵宾犬,随机等分为3组:对照组(control组)、肾衰组(CRF组)和青蒿琥酯组(ART组).除对照组,其他组犬采用注射庆大霉素建立急性肾功能衰竭模型.然后,ART组给予青蒿琥酯,对照组和CRF组给予相同体积生理盐水.用生化分析仪...     

霜霉病菌侵染的黄瓜叶片cDNA文库的构建及抗病相关基因筛选

以接种黄瓜霜霉病菌的抗病黄瓜品种‘649’的叶片为材料,使用改良SDS法提取总RNA,构建黄瓜叶片全长cDNA文库,得到的原始文库滴度为5.5 × 106 pfu • mL-1,扩增后的文库滴度达6.5 × 109 pfu • mL-1,重组率约为99%,插入片段在0.5 ~ 2.0 kb之间,大多在1.0 kb左右。随机选取3 360个克隆进行测序,共拼接出2 507个unigenes,其中包括211个重叠群（Contigs）和2 296个单拷贝EST（Singlets）。生物信息学分析显示：这些unigenes中存在427条与植物防御/抗病相关的基因,其中包括两类抗病基因和细胞程序性死亡相关基因,这些基因的发现为下一步研究黄瓜抗病机理,克隆抗霜霉病相关基因提供了重要的参考。     

基于转录组测序筛选乌苏里白鲑肌肉生长关键候选基因研究

为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因,本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序,以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先,在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F2个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组[体重为(219.20±38.66) g]和慢长组[体重为(74.30±17.86) g]中随机选取10尾样本,取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR (false discovery rate)<0.05且|log2(FC)|>1 (FC, fold change)为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示,共筛选出2 211个差异表达基因,与慢长组相比,快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示,差异基因主要参与细胞过程和结合过程,差异基因显著富集到251条KEGG通路(P<0.05),其中,MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、紧密连接(tight junction)、胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)、糖酵解/糖异生(glycolysis/gluconeogenesis)和PPAR信号通路(PPAR signaling pathway)参与细胞生长。之后结合功能注释结果和KEGG,鉴定出肌浆/内质网钙ATP酶基因atp2a1和atp2a2、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因g6pc、生长因子结合蛋白1基因igfbp1以及肌球蛋白重链基因myh1、myh4、myh6、myh7、myh9和myh13等可能与肌肉生长密切相关的基因。本研究共筛选出10个可能与乌苏里白鲑肌肉生长相关的关键候选基因,为今后乌苏里白鲑分子标记辅助育种提供了基础数据。     

基于转录组测序技术研究饲粮赖氨酸水平调控贵州黄鸡采食量的差异表达基因和信号通路

本试验旨在利用转录组测序(RNA?Seq)技术研究饲粮赖氨酸(Lys)水平调控贵州黄鸡采食量的分子机制,挖掘与采食量相关的候选基因和信号通路,进一步提高家禽采食量以及促进养殖效益.选取健康的1日龄贵州黄鸡雏鸡400羽,随机分为4组,每组5个重复,每个重复20羽.各组饲粮Lys水平分别为0.7％、0.9％、1.1％和1....