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银杏MYB转录因子的鉴定及特征分析 总被引:1,自引:1,他引:0
《山西农业大学学报(自然科学版)》2017,(5)
[目的]MYB蛋白是真核生物中一类重要的转录因子,在植物形态建成、生长发育、初生和次级代谢产物合成等生命过程中起重要调控作用。银杏作为植物中的"活化石",其提取物中含有的活性成分次生代谢物类黄酮等对人体有益。在类黄酮的生物合成中,MYB转录因子扮演着重要角色。本研究从转录组水平详细鉴定和分析了银杏GbMYB转录因子,为今后GbMYB的功能研究奠定基础,也为其他物种MYB转录因子的分析提供方法。[方法]本文首先利用BlASTp和PlantTFbcat等生物信息学工具对银杏的MYB蛋白序列进行筛选和鉴定;其次运用MEME和MEGA 7.0软件分别对GbMYB蛋白进行基序和系统进化分析;最后使用MeV对GbMYB在银杏各组织中的表达水平进行聚类分析。[结果]从41151个银杏蛋白中共鉴定出60个MYB转录因子,根据MYB保守域的特点将其分为R1-MYB、R2R3-MYB和R1R2R3-MYB三大类。系统进化树分析发现60个GbMYB可分为16个亚家族且具有相似功能的蛋白序列通常聚在一个家族。在银杏GbMYB蛋白中共检测到21种不同的保守基序。表达谱数据分析表明,一些GbMYB基因的表达具有组织特异性。[结论]本研究利用生物信息学方法,在银杏转录组水平上共鉴定出参与调控银杏各个组织发育的60个GbMYB转录因子;结合拟南芥AtMYB家族分类法将GbMYB分为16个亚家族;保守基序分析显示GbMYB在功能上具有多样性。研究结果为全面解析银杏MYB基因结构与生物学功能提供了新信息,也为进一步研究银杏GbMYB转录因子在次生代谢产物中的调控功能奠定了基础。 相似文献
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利95-利98井区沙河街组四段砂砾岩储层主要为多期叠合的近岸水下扇-浊积扇沉积复合体,岩性复杂多样,分选差,物性变化大,整体表现为低孔、低渗储层,勘探开发难度大。对砂砾岩储层有效性及有效储层预测的研究,首先要利用经验统计法和正逆累积法综合确定有效储层的物性下限,其中渗透率下限为0.878mD,不分岩性时孔隙度下限为8.0%(砾岩+砾状砂岩组合孔隙度下限为6.0%,砂岩+含砾砂岩组合孔隙度下限为10%);然后通过储层电性分析,落实油层、油水同层、干层的电性界限。考虑到实际操作的可行性,通过地震正演模拟分析,优选出均方根振幅进行孔隙度预测,最终在各期次砂砾岩体的孔隙度预测平面图基础上,勾绘出有效储层分布范围。 相似文献
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宿主的Synaptogyrin-2(SYNGR2)蛋白影响猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的感染能力。本研究旨在研究宿主因子SYNGR2对PCV2在细胞水平增殖的影响,并进一步对SYNGR2影响PCV2体外增殖的机制进行探究。本研究利用基因敲除、过表达、定点突变等手段,在PK15细胞上研究SYNGR2基因敲除及其p.Arg63Cys点突变对PCV2增殖的影响。为探究SYNGR2参与PCV2感染的具体机制,作者对SYNGR2基因敲除的细胞及野生型对照细胞进行转录组测序,筛选SYNGR2功能相关的基因及通路,根据差异表达基因进行表达模式聚类分析,并通过实时荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)验证差异表达基因的表达情况。结果显示,SYNGR2基因敲除或p.Arg63Cys点突变显著降低PCV2对PK15细胞的感染能力,对敲除细胞过表达不同基因型的SYNGR2,PCV2的增殖能力均恢复。转录组差异表达基因分析结果显示,SYNGR2的功能主要是参与膜成分及囊泡等被膜细胞器的组成。对差异表达基因肌球蛋白VIIA与Rab互作蛋白(... 相似文献
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1防治措施对于疫病的治疗包括对因治疗、对症治疗和增加机体抵抗力3种方式。防治温和型禽流感(AI)主要方法是快速控制流感病毒RNA的复制能力,快速抑制温和型AI的继发和并痔感染能力.懊涑椽高鸡群自身的柢杭能力。 相似文献
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山东栒子是中国山东省的特有种,现已处于极度濒危状态。目前,山东栒子的分子生物学研究较少,基因数据库资源极度缺乏,急需探究其生物学遗传信息,以加快对山东栒子的保护遗传学工作。本研究以山东栒子叶片、花、成熟果实为实验材料,利用PacBio Sequel测序平台对其转录组进行全长转录组测序。共得到高质量去冗余的转录本53932个,作为最终转录本序列。预测到的CDS区共52490个;对其SSR位点进行分析,对测序得到Unigenes进行单核苷酸至六核苷酸重复的SSR位点搜索,共搜索到26796个SSR位点。对非冗余转录本利用BLAST软件与NR、Swissprot、GO、COG、KOG、KEGG 6个数据库进行比对,一共成功注释了53319个Unigenes,其中与NR数据库进行比对中注释为苹果的的相关基因数量最多,其次是白梨和桃;在GO数据库中有33305条山东栒子Unigenes被注释分类,由生物学过程、细胞成分和分子功能三部分组成;在与COG数据库比对中,共有23910条比对到了同源序列,且一共被分为25类;在与KEGG数据库的一系列比对中,可将Unigenes映射到126条代谢通路中。本研究在高通量全长转录组水平对山东栒子进行了系统研究,这为进一步开展山东栒子的分子标记开发和挖掘优良基因提供了科学依据,从而推动山东栒子的保护与利用。 相似文献
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冬虫夏草是我国传统中药中的一种濒危物种。关于冬虫夏草及其无性型中国被毛孢的代谢已有很多研究报道,然而对于蝙蝠蛾幼虫人工接种中国被毛孢后的代谢变化却鲜有报道。本研究通过高分辨液质联用分析可准确判定人工培养物与天然冬虫夏草的成分差异,从而找出与天然冬虫夏草成分一致的培养物或僵虫,同时避免有害杂菌感染的样品用于替代天然冬虫夏草,从而扩大虫草药材的来源或找到更多、更安全的替代品,创造较大的经济效益,同时有利于保护野生虫草资源和生态环境。 相似文献
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