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鸡脾脏重全基因组关联分析 总被引:2,自引:0,他引:2
【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)技术解析产蛋后期母鸡脾脏重的分子机制和遗传特征,为改善产蛋后期母鸡的健康状况提供理论依据。【方法】利用东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建资源群体,以72周龄F2代501只母鸡脾脏重为研究材料。首先利用高密度600 K 基因芯片对试验群体基因组进行SNPs检测。其次利用APT软件进行质控、BEAGLE软件进行基因型填充、PLINK软件进行主成分分析,GEMMA软件进行全基因组关联分析,最终获得脾脏重的显著和潜在显著关联位点。然后利用GCTA软件计算基于SNP数据的脾脏重遗传力以及染色体遗传力,并利用Haploview软件对显著或潜在关联位点进行连锁不平衡分析。最后通过显著位点区域的相关基因功能注释来筛选影响母鸡产蛋后期脾脏重的候选基因。【结果】由72周龄母鸡脾脏重的表型数据可知,在蛋鸡产蛋后期存在较大的变异系数,脾脏重的遗传力为0.236。通过基因型分析得到43万个高质量的SNP进行进一步分析。群体结构分析发现基因膨胀系数为1.042,表明试验群体没有群体分层的现象,避免了关联分析中假阳性结果的出现。利用单变量混合线性模型分析共发现了412和281个SNPs位点与脾脏重显著和潜在显著关联,位于1、4、16、28号染色体上。显著性关联位点在1号染色体161-174 Mb区间和28号染色体0.47-1.27 Mb区间,潜在性显著位点在4号染色体76 Mb区间和16号染色体175kb区间。由于显著区域可能存在的连锁不平衡,对显著性位点进行了条件分析和连锁不平衡检验,以1号染色体位点rs314001986和28号染色体上位点rs312729296进行条件分析,经分析后原先显著关联的位点均不显著,即以rs314001986和rs312729296作为候选SNP进行基因注释分析。对4号染色体和16号染色体潜在显著位点进行连锁不平衡分析,结果显示潜在性显著位点间存在强的连锁不平衡,即以性状表型方差贡献率最大的SNP rs315270535和rs314065899为候选位点进行进一步分析。参考鸡的galgal4基因组,对各显著及潜在性显著位点及区间初步筛选到KCTD4、LDB2、HEP21和PCASP2候选基因,鉴定的候选基因可能参与了脾脏生长以及免疫应答等过程。此外,将显著位点的基因型与群体的表型数据进行关联分析,发现rs314001986和rs312729296在基因型为GG时对脾脏均有增重效应。此外,基于群体的基因型数据得到1号染色体解释的遗传力为9.25%,28号染色体为4.55%。【结论】初步揭示了母鸡产蛋后期脾脏重的遗传特征,脾脏重的遗传力和染色体遗传力为首次报道。生物信息学分析鉴定到影响脾脏重的区域为新的发现,并初步筛选出4个候选基因。 相似文献
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【目的】通过开展5个品种白羽肉鸡养殖过程中大肠杆菌流行病学研究及耐药性差异情况调查,了解不同品种肉鸡大肠杆菌耐药现状及其差异,为科学指导肉鸡相关疾病诊治和兽药监管提供参考依据。【方法】选用5个品种白羽肉鸡(2个为江苏养殖量较大的国外引进品种,3个为我国自主选育配套系)为研究对象,分别采集0日龄胎粪样品及4、8、12、16、20、24、28、32、36和40日龄的泄殖腔棉拭子,经麦康凯培养基分离大肠杆菌后进行PCR鉴定,并采用Kirby-Bauer(K-B)法进行药敏试验。【结果】从1075份样品中共分离获得978株大肠杆菌,总分离率为91.0%。其中,广明2号(A品种)和圣泽901(C品种)的大肠杆菌分离率最高,均为93.0%;WOD168(E品种)的分离率最低,为88.4%。5个品种白羽肉鸡的胎粪样品分离率、2个重复的分离率、5个品种白羽肉鸡大肠杆菌总分离率及不同日龄的分离率均无显著差异(P>0.05)。5个品种白羽肉鸡大肠杆菌对氨苄西林(AMP)、阿莫西林(AML)、红霉素(E)、四环素(TE)和氯霉素(C)已产生较强的耐药性,对阿米卡星(AK)、磷霉素(FOS)、阿奇霉素(... 相似文献
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一 迅速崛起的山西省家禽业
1 地域条件有利于家禽业发展
山西地处玉米黄金生产带,玉米种植广泛,而且产量高、品质好,非常适合用作饲料;而且山西气候适宜,山区较多,为疫病防控提供了天然屏障。 相似文献
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通过对江苏地区3个笼养蛋鸡场养殖环境的现场调查,了解和分析蛋鸡的养殖环境参数,为今后合理科学控制鸡舍环境提供参考依据。调查结果表明,饲养设备与饲养管理措施对蛋鸡舍内环境指标影响较大,也间接影响蛋鸡的生产性能。采用层叠式蛋鸡笼的鸡舍环境指标低于阶梯式,如有害气体浓度值较高(层叠式:CO2:658.88mg/kg,NH3:4.00mg/kg;阶梯式:CO2:587.75mg/kg,NH3:1.20mg/kg),密闭式鸡舍较半密闭式能更有效地降低外环境影响,维持舍内环境指标值的稳定与可控性。 相似文献