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Teats number is one of the most important reproductive traits,and closely related to the economic benefit in pig industry.In order to reveal the underlying genetics of left teats number,right teats number and total teats number traits,a genome-wide association study(GWAS)was performed.Samples of DNA were collected to genotyping for 22 Kele pigs using the Illumina Porcine SNP 60K Chip.The GWAS was performed using a mixed-effects model and linear regression approach.When a genome-wide threshold was determined using the Bonferroni method(P<2.06E-5),4 single nucleotide polymorphism(SNP)markers were potentially associated with left teats number,right teats number and total teat number.However,3 SNPs were significant associated and 18 SNPs were potentially associated in chromosomes level.304 Ensembl genes were retrieved around 1 cM of the associated SNPs.The candidate genes in Wnt and Fgf signaling pathway(BTRC,FGF5,FGF8,BMP3,RASGEF1B and HMGB3)might have effect on target traits.These results provided valuable information about the selective breeding for Kele pigs. 相似文献
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卵巢性生殖疾病发生的主要原因之一是卵子发生过程中减数分裂发生或染色体分离异常。为了更好地进行这些生殖疾病的诊断和治疗,需要充分地了解个体发育的生物学过程中及关键时间点。鉴于此,本文主要阐述了哺乳动物生殖细胞早期发生和减数分裂启动的生理过程,介绍生殖细胞的出现、迁移、性别分化和减数分裂的整个过程。深入了解卵母细胞发生过程将为利用体外发育来源的卵母细胞治疗卵巢性生殖疾病,克服女性不孕、卵巢早衰等重大疾病提供一定的理论支持。 相似文献
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讨论一类具有有限能量的外部扰动的线性离散广义系统的有限时间控制问题。分析问题可解性,得到该问题可解的充分条件,通过状态反馈控制器和输出反馈控制器的设计,给出实现闭环系统有限时间有界的充分条件,这些充分条件可以转化为线性矩阵不等式(LMI)的可行解问题,可借助Matlab中的LMI工具箱求解,最后通过数值算例验证该方法的有效性。 相似文献
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皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析 总被引:1,自引:1,他引:0
为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2(hyaluronan synthase 2,HAS2)基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点:位于外显子1的T221A错义突变(导致亮氨酸替换为赖氨酸)和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型(27.5%),且在皱皮香猪群体中紧密连锁(r2=0.253),而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪(P<0.05),A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪(P<0.01)。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异(P>0.05)。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。 相似文献
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为从基因组水平上探究香猪性成熟早、产仔数少、体型小的分子机理,本研究下载与香猪在繁殖和体型性状方面有明显差异的梅山猪、杜洛克猪的重测序数据作为参照,对26头香猪、24头梅山猪和24头杜洛克猪的重测序数据进行SNPs检测和等位基因频率差值分析,筛选香猪基因组外显子上与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs位点,并使用AS-PCR方法和Sanger测序方法统计其中8个SNPs位点的群体等位基因频率。最后,对含有高度分化SNPs位点的基因进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果显示,SNPs检测获得香猪基因组外显子上SNPs共236 710个,包括193个终止密码子丢失、1 238个终止密码子获得、90 945个错义SNPs和144 334个同义SNPs。得到1 046个香猪高度分化SNPs,包括429个错义SNPs、2个终止子丢失、6个终止子获得和609个同义SNPs,影响524个蛋白质编码基因;并发现X染色体上44-58 Mb的一段富含高度分化SNPs的热点区域。群体等位基因频率验证结果与重测序结果一致,鉴定了8个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs。对524个含有高度分化SNPs的基因进行GO和KEGG分析,富集到卵母细胞减数分裂、雌激素信号途径等繁殖相关通路;GO功能注释到细胞内雌激素受体信号、纤毛运动等繁殖相关条目,骨骼系统形态发生、骨骼发育、成骨细胞分化等体型相关条目。得到含有香猪高度分化SNPs的18个繁殖性状候选基因PTGFR、TRO、DNAH17、PKDREJ、KAT8、DNAI2、VDR、TEX14、QSOX1、AR、WNK3、ADCY3、SPEF1、MIGA2、SLC2A8、PSMF1、TBC1D20、IFT172和7个体型相关基因IBSP、NR6A1、HSPG2、TARS、PDZD2、FGF4、AMER1,可能是决定香猪性成熟早、产仔数少、体型小的关键基因。 相似文献
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以"日本金塔"、"赤峰板椒"、"改良佳线"3种制干辣椒为试材,从辣椒现蕾期开始,利用碳酸氢钠进行持续盐胁迫,分析3个品种的光合参数变化,探讨不同品种辣椒对持续盐胁迫的抗性反应。结果表明:持续盐胁迫下"改良佳线"的耐盐性较好,并且耐盐特征在处理早期即有表现;"日本金塔"的耐盐性次于"改良佳线",光合系统受到的胁迫程度较小;"赤峰板椒"的耐盐性较弱,长期盐胁迫下"赤峰板椒"光合系统受到较大的损伤;不同浓度盐处理结果表明,30mmol/L的盐浓度对3种辣椒的光合作用有一定的促进作用,60mmol/L的盐浓度对光合作用及荧光参数影响不显著,较高的盐浓度90mmol/L对3种辣椒的光合作用有明显的抑制作用。 相似文献