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[目的]研究沙田柚类蛋白激酶基因编码的蛋白质序列所包含的生物信息学。[方法]利用高通量测序对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到沙田柚类蛋白激酶基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行预测和分析。[结果]该基因全长为2 323 bp,开放阅读框(ORF)全长为1 560 bp(Genbank登录号:MG925820),共编码519个氨基酸,分子质量为57.39 kD,等电点PI为8.55。该蛋白质含有1个植物STKc IRAK蛋白家族的保守结构域,为亲水性稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与克莱门柚和甜橙的同源性分别为100%、99%。系统进化树表明沙田柚类蛋白激酶基因与克莱门柚和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。[结论]该研究结果可为今后深入研究沙田柚自交不亲和机理提供参考。 相似文献
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天津市植被异戊二烯排放量及时空分布特征 总被引:1,自引:0,他引:1
基于本地化改进的GLOBEIS模型,运用遥感图像解译的土地利用类型数据以及实际观测的小时气象数据,对天津市2013年植被异戊二烯排放总量进行估算和时空分布特征分析。研究表明,2013年天津市植被异戊二烯排放总量达到693.43 t(以C计,下同),排放强度为0.06 t·km~(-2)·a~(-1)。植被异戊二烯的排放具有明显的日变化、月变化和季节变化特征:中午高,夜间低;8月最高,1月最低;夏季排放量最大,冬季排放量最小。其空间特征与土地利用类型密切相关,植被异戊二烯的排放主要集中在林区较为密集的区域,并且在市内6区和滨海新区排放量较小。最后,对植被异戊二烯排放估算过程中的不确定性来源进行分析。 相似文献
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为研究生肌因子MyoD基因在皖南三黄鸡不同发育阶段肌肉组织中的表达水平及其与肌肉重量的相关分析。分别于胚胎发育的11胚龄、1日龄、70日龄、98日龄采集胸肌和腿肌组织,并测定1日龄、70日龄、98日龄和126日龄的胸肌重、腿肌重和体重,采用实时荧光定量PCR方法分析MyoD基因在不同阶段胸肌和腿肌中的相对表达量。结果表明,胸肌中MyoD基因随着日龄的增加其相对表达量呈降低的趋势;腿肌中MyoD基因随着日龄的增长其表达量呈先增加后降低的趋势。相关性分析表明,MyoD基因的相对表达量与胸肌重呈显著负相关。研究结果提示MyoD基因相对表达量与肌肉发育相关,为进一步研究MyoD基因对鸡肌肉发育的调控作用提供重要的参考。 相似文献
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小鹅瘟是由鹅的细小病毒引起的雏鹅的急性败血性传染病,以渗出性肠炎为主要特征,主要侵害3~25日龄的雏鹅.发病日龄越小,其死亡率也越高.该病是严重危害养鹅业的主要传染病之一.鹅球虫病也是危害幼鹅的一种寄生虫病.主要发生于幼鹅,发病日龄愈小,死亡率愈高,而且耐过的病鹅往往发育不良、生长受阻,对养鹅业危害极大. 相似文献
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详细介绍了农产品资源优势明显、农业标准化体系逐渐形成、“三品一标”认证工作成效显著、农产品加工体系日趋完善、梯次培育农产品品牌等枣庄市农业品牌建设的发展现状,针对农业品牌建设的意识不强,农业规模化、标准化生产程度还未成熟、农产品质量安全监测手段还需进一步完善等问题,提出了不断提高农业品牌意识、持续壮大品牌农业经营主体、持续加大推行农业标准化生产的力度、提高农产品监测能力、持续提升农业产业化发展水平、持续加大品牌农产品营销和宣传力度等对策与建议。 相似文献
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为分析鸡印度刺猬因子(Indian hedgehog,IHH)基因生物信息学及IHH基因在不同组织中特异性表达规律,选取体重相近、健康强健的6只鸡,借助生物信息学手段,对IHH基因结构、启动子和CpG岛进行分析,并通过实时荧光定量PCR检测IHH基因在鸡心、肝、脾、肺、肾、软骨、下丘脑、胸肌、十二指肠和胸腺组织中的特异性表达规律,同时对IHH蛋白进行相似性比较,并利用生物信息学分析IHH蛋白的理化和结构特性。结果表明,1)鸡IHH基因开放阅读框长度为1 227 bp,可编码408个氨基酸,具有3个外显子、4个核心启动子区和1个CpG岛。2)成功扩增IHH基因,IHH基因在鸡各组织中均有不同水平的mRNA表达,在软骨组织中相对表达量最高,在心、脾和胸腺组织中的表达量相对较低。3)鸡IHH蛋白在禽类中保守性较高,IHH蛋白大小为44.829 36 ku,属于偏碱性蛋白,具有1个跨膜端和1个信号肽;IHH蛋白二级结构中无规则卷曲的比例最高(44.12%),只含有1个 HH-Signal功能域,内含大部分丝氨酸磷酸化位点,该蛋白还有14个苏氨酸磷酸化位点和5个酪氨酸磷酸化位点,鸡IHH蛋白存在1处N型糖基化位点和6处O型糖基化位点。综上,鸡IHH基因有3个外显子,有多个启动子区,在软骨组织中极显著高表达,鸡IHH蛋白是具有偏碱性、强热稳性和低亲水性的分泌型蛋白,IHH氨基酸序列在物种进化过程中比较保守,本研究为深入研究鸡IHH基因对软骨发育的调控作用提供依据。 相似文献