苹果茎沟病毒实时荧光RT-PCR反应体系的优化

以健康昆诺阿藜叶片和受ASGV侵染的昆诺阿藜叶片为试材,利用Trizol试剂提取植物总RNA,将实时荧光RT-PCR体系的主要成分设定梯度,根据每个成分的变化引起的(Rn值和Ct值的差异,探讨苹果茎沟病毒实时荧光RT-PCR技术中反应体系的主要成分对扩增结果的影响.最终确定了RT-PCR反应体系的最佳条件为:25 μL体系中,Mg2+浓度为3.5 mM,引物浓度为0.6 μM,探针浓度为0.6 μM,总RNA含量为20 ng.利用此反应体系进行扩增,△Rn值比未优化时高出一个数量级,表明该体系适合ASGV实时荧光RT-PCR检测分析.     

靶向加工番茄elF4E1的CRISPR/Cas9载体有效性验证

【目的】验证基于CRISPR/Cas9系统构建的靶向编辑加工番茄(Solanum lycopersicum) eIF4E1基因载体的有效性,为CRISPR/Cas9系统在培育PVY抗性植株中的应用提供技术支持。【方法】构建靶向编辑番茄真核翻译起始因子elF4E1基因的CRISPR/Cas9系统表达载体,用农杆菌渗透法瞬时转化番茄植株,PCR扩增已转化植株靶位点周围DNA序列后用HaeⅢ进行酶切,回收未切开的条带与pGEM-T载体连接后进行单克隆测序。【结果】对测得的9个克隆序列进行比对分析,在PAM (protospacer adjacent motifs)上游的6~8 bp的碱基处均发生突变,并且都为单碱基的替换,导致多肽链中单个氨基酸的替换。【结论】利用CRISPR/Cas9基因组编辑系统构建的载体能够特异性地靶向加工番茄eIF4E1基因,为利用CRISPR/Cas9系统敲除eIF4E1基因,获得抗PVY病毒的番茄育种材料奠定了基础。     

黄瓜花叶病毒2个分离物的亚组鉴定及株系分化研究

 基于黄瓜花叶病毒甜菜分离物CMV-XJ1和CMV-XJ2独特的生物学特性,利用RT-PCR对接种寄主植物进行了检测。RT-PCR产物的RFLP结果显示,2个病毒分离物的MspⅠ酶切图谱与CMV亚组Ⅰ病毒的酶切图谱很相似,但经EcoRⅠ酶切后出现显著差异;进一步对2个分离物的外壳蛋白基因进行了克隆,序列分析表明,CMV-XJ1和CMV-XJ2归属CMVIB亚组,二者存在着株系分化的趋势。     

实时荧光RT-PCR一步法检测苹果茎沟病毒

 根据苹果茎沟病毒(ASGV)各分离物外壳蛋白(CP)基因的保守序列,设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan-MGB探针,建屯了对ASGV的实时荧光RT-PCR检测方法。TaqMan-MGB探针3'端具有小沟结合分子(Minor groove binder,MGB),提高了探针的Tm值,缩短了探针长度,解决了病毒各分离物之间基因组变异较大、难以找到较长一致的序列来设计探针的困难。该方法的检测灵敏度比常规RT-PCR电泳检测高约10倍,对于ASGV等在果树体内含量较低的病毒尤为适用。此方法快速、灵敏,整个检测过程完全闭管,无需PCR后处理。     

番茄N-聚糖酶基因SlaPNGase1的功能分析

番茄(Solanum lycopersicum)作为新疆红色产业,对当地经济发展有重要意义。由于新疆气候特点,无霜期较短,导致番茄被集中采收。加工能力不足,番茄采摘后被搁置数天,伴随高温天气,番茄成熟过度,导致软化变质,造成严重的经济损失和资源浪费。本试验为研究N-聚糖酶基因SlaPNGase1在番茄果实成熟软化过程中的潜在生物学功能,以加工番茄‘里格87-5’为材料,克隆到番茄N-聚糖酶基因SlaPNGase1(Solyc06g051020)及其上游2 220 bp的启动子序列。通过生物信息学初步分析,发现SlaPNGase1含有信号肽序列,不含有跨膜结构域,该启动子中含有多个与果实成熟应答相关的顺式作用元件。通过实时定量PCR检测SlaPNGase1在番茄幼苗根、茎、叶,开花后5 d幼果(DPA5),成熟绿果(DPA33),成熟红果(DPA52)中的转录表达水平(day post-anthesis, DPA)。结果显示,SlaPNGase1在番茄成熟红果中的表达水平最高。构建启动子活性分析载体prPNG1::GUS,对T1代转基因番茄果实进行GUS染色,结果表明,SlaPNGase...     

苹果茎沟病毒研究进展

苹果茎沟病毒在仁果类果树上的感染较普遍,且一般不产生明显症状,给生产带来严重损失。对于该病毒病害,较为可行的控制措施是实行检疫控制其扩展和培育与栽培无病毒苗木。较为系统地综述了国内外苹果茎沟病毒的分布与危害、生物学特性、基因组结构与序列分析及检测方法等方面的研究进展。     

抗黄瓜花叶病毒RNAi载体的构建及烟草的转化

[目的]构建抗黄瓜花叶病毒RNAi载体,并将载体转入烟草.[方法]采用RT-PCR方法,扩增黄瓜花叶病毒NS04加工番茄分离物的RNA2基因组的序列选取CMV RAN2基因组中的复制酶片段作为靶序列,构建pBi35SCR2真核表达载体,并对表达载体时行鉴定;通过农杆菌介导的方法将表达载体转入烟草,用PCR的方法检测载体是否转入.[结果]系统进化树分析结果表明,RNA2中编码CMV-2a的序列与中国浙江的DQ412731 分离物有较高核苷本乡酸及氨基酸同源性,分别达到98.0%和96.5%;RCR结果表明,试验成功构建了pBi35SCR2真核表达载体,并成功将表达载体转入烟草[结论]试验获得的转基因烟草可作为后期攻毒试验的材料,并为研究加工番茄抗黄瓜花叶病毒奠定了基础. Abstract： [Objective] Aimed to construct RNAi vector resistant to cucumber mosaic virus and transferred this vector into tobacco.[Method]RT-PCR method was used to amplify cucumber mosaic virus NSO4 and process RNA2 gene sequen of tomato isolates.The analysis results of phylogenetic tree demonstrated that the sequence in RNA2 encoded CMV-2a had 98.0% and 96.5% homology with nucleotide and amino acid of DQ412731 isolate of Zhejiang,China.The replicase fragment in CMV RAN2 gene was taken as target sequence to construct pBi35SCR2 eukaryotic expression vector,then the expression vector was identified.Through agrobacterium-mediated method,the expression vector was transferred into tabacco and PCR method was used to check the transfer.The PCR results demonstrated that the experiment had successfully construct eukaryotic expression vector of pBi35SCR2 and the expression vector was successfully transferred into tabacco. [Conclusion] The obtained transgenic tobacco could be used as challenge test material in following experiment and provided foundation for studying processing tomato resist cucumber mosaic virus.     

樱桃病毒PNRSV、CGRMV、PDV多重RT-PCR检测方法的建立与应用

采用多重RT-PCR方法,建立可同时检测李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ring spot virus,简称PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,简称PDV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,简称CGRMV)的方法。根据GenBank中PNRSV、PDV、CGRMV的保守基因序列设计特异性引物,并对多重RT-PCR的退火温度、循环数、灵敏度、特异性、dNTPs浓度等因素进行优化,建立能同时检测3种樱桃病毒的多重RT-PCR方法。该方法能同时扩增出PNRSV(675 bp)、CGRMV(363 bp)、PDV(304 bp)特异片段,扩增产物大小与预期相符。测序结果表明,3种病毒的序列与相应参考序列相似性达90%以上。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度为58℃、35个循环条件下,效果均较为理想;dNTP的浓度对试验结果影响不大,最适的浓度为0.6 mmol/L;灵敏度分析结果显示,最低检测浓度为59.7 ng/μL。应用该方法对新疆石河子地区的樱桃样本进行检测,结果显示,该方法可以准确、快速、灵敏地同时检测单一或复合侵染的3种樱桃病毒。     

dsRNA-RT-PCR技术在甜菜坏死黄脉病毒属不同分离物鉴定中的应用

 甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)和甜菜土传花叶病毒(BSBMV)都属于甜菜坏死黄脉病毒属(Benyvirus)。     

新疆蟠桃中发现油桃茎痘相关病毒和亚洲李属病毒

采用高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)技术检测新疆蟠桃感染病毒的情况.采集具有穿孔、脉间褪绿等症状的蟠桃嫩叶,提取总RNA,用于高通量测序,共获得13.36 Gb的数据,包含44 563 187对reads,其中比对到油桃茎痘相关病毒(nectarine stem pitting...