参考群筛选方法及规模对基因型填充准确性的影响

为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化（maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA）、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化（minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA）、平均亲缘关系最大化（the highest mean kinship coefficients,KIN）、随机选择（random selection,RAN）、共同祖先筛选（common ancestor,CA）等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片（Affymetrix Axion HD genotyping array）进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓。综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。     

猪流行性腹泻病毒S1D蛋白的优化表达及其单克隆抗体的制备

为进一步探究猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)S蛋白的抗原表位及其功能,本试验通过优化S1D基因的密码子,构建了S1D基因未优化的重组原核表达质粒pET-S1D和已优化的pET-ΔS1D,并进行了诱导表达和纯化。使用SDS-PAGE和Western blotting方法验证S1D、ΔS1D蛋白在大肠杆菌内得到正确表达,利用Image J软件对S1D、ΔS1D蛋白表达量进行灰度扫描,通过t检验分析两者差异性。将纯化的ΔS1D 蛋白免疫 BALB/c小鼠,通过细胞融合、筛选及亚克隆,获得单克隆细胞株。利用体内诱生法制备抗PEDV S1D蛋白的单克隆抗体腹水,使用ELISA、Western blotting、间接免疫荧光试验3种方法对腹水效价及特异性进行检测和验证。SDS-PAGE和Western blotting结果显示,表达S1D、ΔS1D蛋白的样品均在34 ku处出现正确的目的条带。t检验结果表明, S1D、ΔS1D两者蛋白表达量差异极显著(P<0.01)。ELISA结果显示, 腹水的抗体效价达到了1∶1 000 000,腹水与PEDV病毒粒子和纯化后的ΔS1D蛋白反应均呈阳性,与PEDV N蛋白、pET-32a(+)空载体蛋白和猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)和猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV) 5种病毒反应均呈阴性。Western blotting结果显示,腹水与ΔS1D蛋白和PEDV S蛋白分别在34和180 ku处有特异性条带出现,与pET-32a(+)空载体蛋白、正常Vero细胞蛋白均无特异性条带出现。间接免疫荧光试验结果显示,腹水及阳性对照组均能使细胞出现特异性绿色荧光信号,而空白及阴性对照组均未见绿色荧光信号。密码子优化可在原核表达系统中显著提高重组蛋白的表达水平,本研究基于高效表达的ΔS1D蛋白,成功制备了1株能稳定分泌与 PEDV S蛋白特异性结合的单克隆抗体的细胞株,为进一步探究 PEDV S蛋白抗原表位及蛋白功能的研究奠定了基础。     

松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究松辽黑猪METTL23基因多态性及其与繁殖性状的关联性,试验选取178头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法查找METTL23基因外显子1~5的单核苷酸多态性(SNP),使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数、初生重、3周龄重、断奶重、乳头数)的关联性。结果显示,仅在松辽黑猪METTL23基因外显子4发现1个SNP位点,命名为A62G,在A62G位点上检测到3种基因型,分别是AA、AG和GG。GG和G分别为优势基因型和优势等位基因,且A62G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.6516,高于遗传杂合度(He,0.3484),说明其在松辽黑猪群体中的变异较小;多态信息含量(PIC)为0.2877,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供一定量的遗传信息。关联分析结果表明,GG基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著或极显著高于AA基因型个体(P<0.05;P<0.01),总产仔数还显著高于AG基因型个体(P<0.05);AG基因型个体断奶仔猪数显著高于AA基因型个体(P<0.05);初生重、3周龄重、断奶重、乳头数各基因型间差异均不显著(P>0.05)。综上所述,METTL23基因外显子4存在多态性位点A62G,该位点与松辽黑猪产仔数存在显著关联,可作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,用于分子育种。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。     

苯并芘对猪卵母细胞SHH信号通路影响的研究

如今空气污染问题仍广泛存在,其中苯并芘（Benzo （a） pyrene,BaP）是一种常见的空气污染物,对人和动物的健康具有严重影响。据报道,BaP可以显著降低卵母细胞IVM （卵母细胞体外成熟）能力,但机制尚不清楚。因此,本研究在猪卵母细胞IVM培养液中添加不同浓度BaP （50 μM、100 μM、200 μM）检测其对卵母细胞IVM能力的影响,并检测此过程SHH信号通路相关基因和蛋白的表达。结果显示50 μM BaP处理组卵母细胞IVM能力显著低于对照组（76.5 vs 68.1,P<0.05）,并随着BaP浓度增加进一步下降。同时,qPCR和免疫荧光染色检测发现,50 μM BaP处理组卵母细胞中SHH信号通路相关基因mRNA和蛋白表达量,均显著低于对照组（P<0.05）。因此,本研究初步证明BaP可能通过破坏SHH信号通路降低猪卵母细胞IVM能力。     

冬小麦种质“矮孟牛”中新型小麦-黑麦复杂易位的遗传传递分析

本文利用矮孟牛中一种新型小麦-黑麦复杂易位IRS·7DS,1BL·7DL与1BL·1RS易位所构建的一套重组自交系(包括109个F6株系)和8个矮孟牛衍生品种进行了分析,结果表明在109个F6株系中,纯合复杂易位占69个,纯合1BL·1RS占36个,二者比例约2∶1,杂合类型占4个,出现频率4/109;对矮孟牛8个衍生品种的分析表明,6个品种包含来自矮孟牛的     

烟苗移栽机性能综合量化评价研究——基于AHP和田间测试

针对自走式烟苗移栽机选型排序问题,依据国家相关标准和实际选型测试试验,采用AHP理论及1~9标度方法构建了其三级评价指标体系。通过构造评价指标的判断矩阵,计算多个专家相对权重系数,得到了各评价指标的权重值,并对测试试验数据进行了百分制的评分量化处理,最终对13种型号移栽机的综合作业水平量化评价指数(SQEI)进行了计算和选型排序。评价结果表明:SQEI包含了作业效果、作业效率和作业效益的综合量化,为移栽机的选型排序工作确定了一种较为科学合理、客观、简便的评价方法。     

苹果园几种鸟雀驱避技术效果研究

选择种有"美国八号"(早熟)、"嘎啦"(中熟)、"富士"(晚熟)的混栽果园4片(各2/3hm~2)为研究对象,设置4个处理(分别为有色防鸟网、风动叶轮、超声波、生物驱避剂),对比了4种鸟雀驱避技术,调查其驱避效果,以筛选出最优的鸟雀驱避技术。结果表明:在相同品种条件下,4种鸟雀驱避技术防鸟害的有效程度以有色防鸟网驱避效果最好,持效性最长,稳定性最好;其受啄率分别为"美国八号"0.44%、"嘎啦"0.16%、"富士"0.20%。其次为生物驱避剂,其受啄率分别为"美国八号"1.92%、"嘎啦"2.24%、"富士"1.52%。然后为超声波驱避技术,其受啄率分别为"美国八号"9.64%、"嘎啦"5.56%,"富士"3.24%。驱避效果最差、持效性最短、稳定性最差的是风动叶轮驱鸟,其受啄率分别为"美国八号"10.00%、"嘎啦"6.52%、"富士"2.60%。3个品种综合调查结果表明,早熟苹果受啄率最高,其次是中熟品种,受啄率最低的是晚熟品种。     

一株新疆灵芝的鉴定及生长和产糖性能初探

以新疆阿勒泰采集的灵芝子实体XJ-001为试材,采用组织分离纯化获得该菌纯培养,以菌丝体基因组DNA为模板进行ITS片段扩增,测序并进行系统发育分析;以5种不同培养基培养菌株,通过比较生长速度,选出适宜母种培养基;摇瓶发酵研究不同碳氮源对菌株菌丝体生物量、胞内及胞外多糖含量的影响。结果表明:根据形态特征结合rDNA-ITS分析,初步将XJ-001鉴定为Ganoderma lucidum,并获得GenBank登录号为KT997431;菌株在玉米粉、豆饼粉琼脂培养基长势最优,生长速度为18.7mm·d~(-1);以葡萄糖、酵母浸粉为最适碳、氮源,在转速150r·min~(-1),30℃培养5d,菌株XJ-001菌丝体生物量、胞内/外多糖含量分别为8.15、1.18、0.05mg·mL~(-1)。该菌株具有生长迅速和产糖较高的潜在性能,可为开发新疆野生灵芝资源提供参考。     

不同遮荫棚下农田人参叶片开花期气体交换特性的研究

以3年生人参为试材,设置4种遮荫棚处理(P1M1:拱形棚覆盖蓝色棚膜;P1M2:拱形棚覆盖黄色棚膜;P2M1:梯形棚覆盖蓝色棚膜;P2M2:梯形棚覆盖黄色棚膜),采用Li-6400便携式光合测定系统测定不同遮荫棚处理下人参叶片的相关光合参数,研究了开花期不同遮荫棚处理对人参叶片气体交换特性的影响,以期确定农田人参的最佳遮阴栽培方式。结果表明:农田人参叶片在开花期净光合速率处于高稳时期,不同遮荫棚下农田人参叶片净光合速率具有显著差异,表现为P1M1处理叶片净光合速率最高,P2M1处理次之,P2M2处理最低。蒸腾速率、水分利用效率和表观叶肉导度变化趋势与净光合速率相同。说明在拱形棚覆盖蓝色棚膜下,农田人参叶片光合代谢较强,有利于其生长,为农田人参最佳遮阴方式。