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Real‐time PCR detection of Erwinia amylovora on blossoms correlates with subsequent fire blight incidence 下载免费PDF全文
M. Hinze L. Köhl S. Kunz S. Weißhaupt M. Ernst A. Schmid R. T. Voegele 《Plant pathology》2016,65(3):462-469
Fire blight is the most devastating bacterial disease of rosaceous plants. Forecasting fire blight infections is important to allow for countermeasures that reduce economic damage in pome fruit production. Current computerized forecasting models are solely based on physical factors such as temperature and moisture, but not on the actual presence of the pathogen Erwinia amylovora. Although the inoculum concentration is considered to be crucial for infection and disease outbreak, most current approaches used for identification of fire blight inoculum including morphological, biochemical, serological, and DNA‐based methods are nonquantitative. Based on a real‐time PCR approach previously published, an improved protocol to be used directly on whole bacteria in the field is described. The method allows for early detection and quantification of the pathogen prior to the occurrence of first symptoms. There is a clear correlation between bacterial abundance and subsequent disease development. However, in some cases, no disease symptoms could be observed despite a pathogen load of up to 3·4 × 106 cells per blossom. Integration of the amount of pathogen detected into refined prediction algorithms may allow for the improvement of applied forecasting models, finally permitting a better abatement of fire blight. 相似文献
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为了解安徽省A型禽流感病毒感染情况,2018年4—5月,在安徽省北部、中部和南部7个市,随机选取各类型场点173个,在每个场点内随机采集35份咽喉/泄殖腔和环境拭子样品,使用荧光RT-PCR进行A型、H5亚型、H7亚型流感病毒核酸检测。结果显示:在4个养殖场、3个活禽批发市场和17个农贸市场检出了A型禽流感病毒,场点阳性率分别为2.9%(4/140)、75.0%(3/4)、80.9%(17/21),未检出H5和H7亚型流感病毒核酸;A型禽流感群体流行率为11.2%(95%CI:6.5%~15.8%),个体流行率为1.2%(95%CI:0.9%~1.5%);活禽交易市场内,禽群感染A型禽流感病毒的风险较高(OR=136,95%CI:32.7~549.4)。结果表明,A型禽流感病毒在养殖和交易环节存在一定的污染,而在活禽交易市场的污染更严重,是今后禽流感防控的重点,需继续加强活禽交易市场的管理和消毒灭源工作。 相似文献
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为评价国产狂犬病病毒ELISA抗体检测试剂盒的性能,选择4种国产品牌ELISA抗体检测试剂盒,分别检测463份已用荧光抗体病毒中和试验(FAVN)测知狂犬病病毒抗体效价的犬血清,用Kappa检验和配对卡方检验评价ELISA试剂盒与FAVN检测结果的一致性和差异性,计算ELISA试剂盒的诊断敏感性、诊断特异性、符合率和重复性等,并比较4种试剂盒的使用范围、样品稀释倍数等参数。结果显示:经Kappa检验,4种试剂盒与FAVN一致性均为弱;经配对卡方检验,A、B试剂盒与FAVN检测结果的差异不显著(P> 0.05),而C、D试剂盒差异显著(P <0.05)。诊断敏感性,D试剂盒最高,B试剂盒最低;4种试剂盒诊断特异性均较低,为29.5%~57.7%;各试剂盒符合率相当,为71.3%~72.8%。综合敏感性、特异性、重复性等考量因素,得出C试剂盒更能满足免疫后抗体检测需求,A试剂盒也较好,两者可作为候选试剂盒。结果表明,4种国产狂犬病病毒ELISA试剂盒的诊断敏感性、诊断特异性、批间稳定性等性能需进一步提高,以满足基层免疫抗体监测需求。 相似文献
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铝盐絮凝作用强,常用于水体水质治理工程中,但铝盐的添加是否对沉水植物产生不利影响尚不明确。本研究采用室外模拟方法,研究了不同浓度铝盐(明矾)对沉水植物苦草的影响。设置了三个不同铝盐浓度处理组:对照组(无添加)、一次加铝组(15 mg•L-1明矾)、三次加铝组(45 mg•L-1)。结果表明:(1)一次加铝组叶绿素a、反应活性磷、pH、碱度较实验开始时均有下降,且三次加铝组显著低于一次加铝组;(2)三次加铝组中水体总氮浓度最高;(3)三次加铝组苦草的相对生长率显著低于对照组。本研究说明铝盐的使用能在短期内一定程度上减轻水体污染,高剂量使用虽能抑制浮游植物的生长,但同时也会对沉水植物苦草的生长产生抑制作用,且使水体水质恶化,在湖泊生态修复时铝盐絮凝剂需谨慎使用。 相似文献
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为研究蛇钩口线虫长沙分离株的核糖体DNA (rDNA)内转录间隔区(ITS)序列的遗传变异情况,并利用ITS序列构建蛇钩口线虫与其它线虫的种群遗传关系,本研究利用PCR扩增蛇钩口线虫rDNA的ITS片段,并克隆至pGEM-T载体中进行序列测定及分析.结果显示,长沙市各分离株的ITS序列长度均为734 bp,与其它线虫的同源性均低于83.9%,而与十二指肠钩口线虫的同源性较高.本研究为蛇钩口线虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础. 相似文献
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旨在通过16S rDNA测序技术分析腹腔注射苦参碱的昆明小鼠肠道菌群的结构。本研究将20只昆明小鼠随机分为2组,分别是苦参碱组(MT组)和阴性对照组(NC组),连续腹腔给药5 d,每天给药2次,收集各组粪便和各肠段组织,进行β多样性、Lefse及Metastats分析,qPCR检测差异菌种在各肠段的mRNA表达量,通过KEGG分析肠道菌群变化导致的代谢途径差异。稀释曲线结果显示,所测样本数据足以反映样品中物种多样性;β多样性分析结果显示,苦参碱可以调节肠道菌群的结构,Lefse及Metastats分析结果均显示,苦参碱显著增加了拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌目(Bacteroidales)、Muribaculaceae、益生菌嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)的丰度,而显著减少了厚壁菌门(Firmicutes)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的丰度。与Lefse及Metastats分析结果一致,qPCR结果显示苦参碱组小鼠粪便中嗜酸乳杆菌含量增加。同时,苦参碱可以增强嗜酸乳杆菌在各肠段的定植。通过KEGG分析发现,NC与MT组之间在聚糖的生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径存在显著差异。本研究结果表明,腹腔注射苦参碱可以显著改变昆明小鼠肠道菌群的结构,增加有益菌嗜酸乳杆菌在肠道中的定植,并造成了聚糖生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径的差异,为进一步揭示苦参碱发挥药效作用的机理奠定了基础。 相似文献