猪德尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank登录的猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)毒株序列设计特异性引物,建立了检测PDCoV的实时荧光PCR方法。该方法在标准品浓度2.49×10~8~2.49×10~2 copies/μL范围内线性关系良好;特异性试验显示,其他几种常见猪病病毒未见典型扩增曲线;敏感性试验显示,最低检测下限为24.9 copies/μL;重复性试验显示,批内和批间变异系数小于3%。用该方法检测62份猪腹泻粪便样品,相比常规PCR方法,前者的检出率更高;两种方法检测1 168份进境活猪粪便拭子样品,结果均为阴性。结果表明,本研究所建立的方法适用于国内猪场的PDCoV的检测和进境活猪的监控检测,也可作为PDCoV的诊断及分子流行病学调查的技术手段。     

NEW INSIGHTS INTO THE PHYLOGENY AND SPECIATION OF KUMQUAT (FORTUNELLA SPP.) BASED ON CHLOROPLAST SNP,NUCLEAR SSR AND WHOLE-GENOME SEQUENCING

Kumquat(Fortunella spp.) is a fruit and ornamental crop worldwide due to the palatable taste and high ornamental value of its fruit. Although Fortunella is classified into the economically important true citrus fruit tree group together with Citrus and Poncirus, few studies have been focused on its evolutionary scenario. In this study, analysis of five chloroplast loci and 47 nuclear microsatellites(n SSR) loci from 38 kumquat and 10 citrus accessions revealed the independent phylogeny of Fortun...     

贝莱斯芽孢杆菌XC1的筛选、鉴定及其对苹果连作障碍的影响

从连作苹果园健康苹果树根际土壤中筛选出1株对苹果连作障碍镰孢属病原菌具有较强拮抗作用的细菌XC1,该菌对尖孢镰孢菌的抑菌率最高,达到79.83%。根据其形态、生理生化特征和基于16S rDNA、gyrA基因的系统发育分析,鉴定该菌为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)。目前菌株XC1已保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心,保藏号为CGMCCNo.20057。苹果连作土盆栽试验表明,XC1菌肥处理能显著促进平邑甜茶(Malus hupehensis Rehd.)幼苗的生长,其株高、地径、鲜质量和干质量分别比对照提高了54.8%、34.8%、121.1%和96.0%;显著提高连作土壤中的蔗糖酶、脲酶、过氧化氢酶和中性磷酸酶的活性,分别为对照的1.57倍、2.71倍、1.21倍和1.79倍;显著减少连作土壤中真菌的数量,提高细菌和放线菌的数量,且对尖孢镰孢菌(Fusarium oxysporum)有很好的抑制作用,尖孢镰孢菌的基因拷贝数比对照降低了76.4%。这说明贝莱斯芽孢杆菌抑制连作障碍病原菌的效果明显,可改善土壤环境,促进平邑甜茶幼苗的生长,能在一定程度...     

小熊猫源大肠杆菌的药敏特性及致病性

为探明死亡圈养小熊猫(Ailurus fulgens)体内分离大肠杆菌(Escherichia coli,MT820501)的耐药情况及致病性,对分离菌株进行药敏特性分析,同时以小鼠感染实验检测其致病性。结果显示:该分离菌株对哌拉西林、头孢西丁、头孢曲松、头孢吡肟、美罗培南、哌拉西林-他唑巴坦、氨苄青霉素-舒巴坦、卡那霉素、丁胺卡那、新霉素、米诺环素、左氧氟沙星、呋喃唑酮、多黏菌素B敏感,对大部分β-内酰胺类药物及少部分氨基糖苷类药物耐药;小鼠感染实验结果显示,分离菌株半数致死量为8.42×10⁷cfu/m L,死亡小鼠体内分离出与小熊猫体内一致的菌株,病理表现为各实质脏器出现不同程度水肿、充血及炎性细胞浸润,与死亡小熊猫病理损伤特点高度相似,但不完全相同,这可能与感染方式、种属差异、耐受性等相关。     

南海不同海域鸢乌贼生长与死亡参数比较

根据2011-2015年南海海域灯光罩网渔船捕获的鸢乌贼样品,利用Fisat II软件对南海鸢乌贼群体的生长死亡系数进行估算。结果显示：南海没有大型群鸢乌贼个体,且雌性个体（12.05cm）比雄性个体（10.91cm）大;南海北部和南部的鸢乌贼均呈正异速生长,胴长和体质量关系b值分别为3.470~3.605和3.379~3.773;生长参数K反映了南海北部更适合于雄性鸢乌贼生长;南海南部海域鸢乌贼雌性（1.84）和雄性（1.76）总死亡系数相差不大,开发较为均衡;南海北部海域鸢乌贼雌性（0.60）总死亡系数远小于雄性（4.83）,显示该海域鸢乌贼未能充分开发。从渔业资源开发的角度,渔业政策偏向于开发南海南部鸢乌贼资源,使得北部鸢乌贼资源未能充分开发,不利于南海鸢乌贼资源的可持续利用。     

苎麻茎皮环状RNA表达谱分析

苎麻[Boehmerianivea(L.)Gaud.]是我国特色的天然纤维作物,其纤维具有拉伸力强、纤维束长等特点。解析苎麻纤维发育调控机制,对实现纤维产量和品质性状遗传改良具有重要意义。本研究基于高通量测序技术开展了苎麻茎顶部和中部的茎皮组织环状RNA (circRNA)分析,在2个组织中共鉴定到5268个苎麻circRNA。比较circRNA的表达水平发现,78个circRNA在2个组织中呈现差异表达。因苎麻茎中部韧皮纤维处于生长发育期,而茎顶部韧皮纤维尚未起始生长,推测这78个circRNA是纤维不同发育时期差异表达基因,它们可能参与了苎麻的纤维发育调控。研究结果将为解析circRNA调控苎麻纤维生长发育机制奠定基础。     

芜菁Br14-3-3的克隆及其在非生物胁迫下的表达分析

克隆了‘津田芜菁’(Brassica rapa subsp. rapifera‘Tsuda’)通用调节因子14-3-3基因cDNA序列,命名为Br14-3-3(GenBank登录号为MK896872)。该基因全长1 113 bp,开放阅读框全长774 bp,编码含有257个氨基酸的多肽。荧光定量PCR分析Br14-3-3在‘津田芜菁’不同组织中及其在温度、脱水、渗透、ABA和无机盐等非生物胁迫下幼苗中的表达,结果表明该基因在‘津田芜菁’的花中表达量最高,幼苗中次之;低温抑制了Br14-3-3的表达,其他非生物胁迫可诱导该基因表达,暗示Br14-3-3在非生物胁迫应答中发挥功能。     

基于宏基因组分析菌渣微生物群落组成和功能多样性

为探究双孢菇菌渣发酵过程中微生物菌群组成变化和功能多样性,对双孢菇菌渣加猪粪混合堆肥的0、8 、16和20  d样品进行宏基因组测序,分析菌渣堆肥过程中微生物群落组成的变化并挖掘其功能基因。结果表明：（1）双孢菇菌渣有机肥发酵初期0  d时与发酵8 、16  和20  d时的微生物群落组成变化较大,同时在KEGG数据库中进行功能多样性分析和聚类分析发现0  d、8  d样本距离相对较近,16  d和20  d样本距离相对较近。（2）从不同时间段的菌渣有机肥中一共鉴定出28  257个种,其中发酵0 、8 、16  和20  d样本物种分别占物种总数的61.04%、85.35%、86.08%和85.40%。（3）自然发酵0  d时优势菌门为厚壁菌门,随着发酵时间的增加优势菌门逐渐变为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门等;芽孢杆菌科及类芽孢杆菌科在发酵过程中一直为关键菌科;优势菌种为热噬淀粉芽胞杆菌和嗜热芽孢杆菌。（4）菌渣发酵过程中功能基因主要位于碳水化合物代谢、氨基酸代谢、核苷酸代谢和辅因子和维生素的代谢途径;碳水化合物酶占比较多的为糖基转移酶和糖苷水解酶,最低为多糖裂解酶,分别占比为38.8%、38.1%和1.2%;丰度最高的3个抗性基因分别为多耐药性抗性基因、大环内酯抗性基因和四环素抗性基因。     

覆土细菌群落在双孢菇栽培过程中的动态变化

微生物尤其是细菌,是双孢菇Agaricus bisporus栽培覆土的重要组成部分,对双孢菇菌丝体和子实体的生长发育有深远影响。利用16S rDNA测序技术,快速、准确检测不同生长阶段的双孢菇覆土中细菌生态群落动态变化,探究其中变化规律。在所有阶段覆土样品中,变形菌门Proteobacteria占据绝对主导地位,占菌群组成的38.67%～47.93%;其次是拟杆菌门Bacteroidetes,占总丰度的18.13%～37.80%。主要细菌组成较为稳定,有金黄杆菌属Chryseobacterium、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、黄杆菌属Flavobacterium、丛毛单胞菌属Comamonas、节杆菌属Arthrobacter等。总丰度占比最高的金黄杆菌属Chryseobacterium,在0 d覆土中丰度较低,覆土4 d时其丰度显著上升,8 d后呈下降趋势,并在培养结束前保持稳定。整个过程中,细菌属丰度变化分为3个阶段：0 d、4～17 d和17 d以后,4～17 d的苯基杆菌属Phenylobacterium丰度较高,而0 d 的unclassified_Rhizobiales丰度较高。所有细菌属中,苯基杆菌属Phenylobacterium对土壤微生物菌群关联影响最大。     

蜀葵品种的数量分类研究

为了探究在蜀葵品种分类中起到关键作用的指标以及建立全面的蜀葵品种分类系统,以75个蜀葵品种为研究材料,对各品种的性状进行观测,选定26个性状指标进行R型聚类分析和主成分分析,去掉相关性较大且累积贡献率较小的性状指标,然后对75个蜀葵品种进行Q型聚类分析。R 型聚类分析结果显示：除了少数指标相关性较大外,其他指标较为分散,指标选取合理。主成分分析的结果显示： 26个指标可综合为8个主成分,累计贡献率达82.818%;Q型聚类分析的结果显示：75个品种在不同等级结合线处可以被分为2类、3类、4类和5类,其中叶型、裂叶长/叶长、花型、雌雄蕊瓣化情况、花期早晚、花瓣数、花色等指标在分类中有较大的影响力。叶型和花型是蜀葵品种分类最主要的标准和依据。因此,可以将蜀葵品种划分为圆叶品种群、裂叶品种群及全裂叶品种群三大品种群。