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利用猪1.4M高密度SNP芯片检测巴马香猪全基因组拷贝数变异 总被引:1,自引:0,他引:1
旨在检测巴马香猪基因组上的拷贝数变异(CNV),并探究标记密度对于CNV检测效率和准确率的影响。本研究利用319头巴马香猪(其中阉公猪160头和母猪159头)1.4M高密度SNP芯片的数据,采用PennCNV和R-Gada两种软件进行CNVs检测;然后通过重叠CNV融合法,构建拷贝数变异区域(CNVR),并用全基因组关联分析(GWAS)对频率大于5%的CNVR进行验证;最后根据不同的标记密度,均匀抽取一定数目的SNPs来探究标记密度对CNV检测效率和准确性的影响。结果,PennCNV和R-Gada软件分别检测到6 327和3 489个CNVs,分别构成795和340个CNVRs,其中226个为共同CNVRs。在这226个共同CNVRs中,最短的为3.98 kb,最长的为1 297.78 kb,总长度为33.27 Mb,其中102个(45%)与前人报道的CNVRs重叠。在PennCNV检出的795个CNVRs中,有135个频率大于5%,其中20个得到GWAS验证,验证率为15%。随着SNP密度的逐渐增加,CNV的检测效率和检测准确性不断提高,尤其是小片段CNVs的检测效率。本研究利用1.4M SNP芯片的数据,通过PennCNV和R-Gada软件绘制巴马香猪CNVR的草图,为将来鉴别与重要经济性状相关的CNVRs奠定了基础。同时,揭示了标记密度对CNV检测效率和准确性有正面影响,为后续CNV研究选择合适的标记密度提供了一定的参考。 相似文献
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为建立一种特异、快速的媾疫锥虫检测方法,本研究通过PCR方法从马媾疫锥虫动基体基因组中扩增得到395 bp的特异的保守序列,将其克隆到pMD-18T载体中构建重组质粒标准品,以10倍倍比稀释的质粒标准品为模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立马媾疫锥虫荧光定量PCR的检测方法。结果表明:该方法的检测灵敏度可达到1拷贝/μL,并且与马属动物其他传染病无交叉反应。其组间及组内变异系数分别小于3.183%和3.842%。该方法的建立为快速及特异性检测马媾疫锥虫提供了有效的方法。 相似文献
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为研发更为合理有效的断奶仔猪保温设备,提高养猪效益,采用远红外碳纤维发热板加热,温控器控温以及木箱箱体和聚氯乙烯门帘保温组合方式对普通仔猪保育箱进行了改进,并通过对比试验考察该设备的应用效果。结果显示:与对照组相比,断奶前期试验组平均日采食量(ADFI)、平均日增重(ADG)分别提高了9. 51%(P<0. 01)和10. 44%(P=0. 06);腹泻率、腹泻频率分别降低33. 0%和42. 9%(P>0. 05);免疫球蛋白G (Ig G)较对照组提高6. 75%(P>0. 05);日平均温度提高2. 3℃(P<0. 01),日平均湿度降低2. 6个百分点(P<0. 01);每圈日平均耗电量降低90. 2%(P<0. 01)。结果表明:改进后的保育箱可显著提高断奶初期日采食量,具有提高仔猪日增重、免疫力,降低仔猪腹泻的趋势,升温和保温效果明显,节能高效,具有较大的推广应用价值。 相似文献
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本研究以伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA为模板,PCR扩增含ULl8全长基因的片段并克隆至pMDl8-T载体,采用双脱氧末端终止法测序.序列分析显示ULl8全长891 bp,可编码297个氨基酸.将该基因亚克隆到原核表达栽体pQE.82L的6×His标签下游,获得原核表达质粒pQE-UL18,转化大肠杆菌DH5α,经IPTG诱导在大肠杆菌中成功表达,表达的融合蛋白6 × His-UL18的分子量约为33 ku.Western blot证实,表达的融合蛋白能与抗6×His的单抗发生特异性反应.进一步将UL18基因插入真核表达栽体pEGFP-N1中EGFP基因的5'端,获得与EGFP融合表达的真核表达质粒pEGFP-UL18,转染HeLa细胞,通过激光共聚焦显微镜观察发现,转染后24 h融合蛋白EGFP-UL18主要定位于细胞浆,仅有部分定位于细胞核,而48 h时则主要定位在细胞核.但对照载体pEGFP.N1转染细胞的荧光一直呈弥散型分布于整个细胞中. 相似文献
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Jing YUAN Zhitao WANG Pengxiang DUAN Yousheng XIAO Hongke ZHANG Zhixiong HUANG Ruichun ZHOU Hua WEN Kexiong WANG Ding WANG 《Integrative zoology》2021,16(4):499-511
Geographic variations in the dolphin whistles could be useful in assessing association and isolation among populations. Whistle of free-ranging Indo-Pacific humpback dolphins (Sousa chinensis) among the Pearl River Estuary (PRE), Leizhou Bei (LZB) and Sanniang Bay (SNB) populations were investigated. A total of 2850 whistles with legible fundamental contour were extracted and 15 acoustic parameters were measured. Contrary to SNB, PRE and LZB had the same relative proportion of tonal type compositions with flat and sine representing the most frequent types. The generalized linear model analysis showed significant acoustic difference among populations and tonal types. All frequency parameters in SNB were significantly higher than those in PRE and LZB, where no significant variation was observed in most of the parameters either at the population level or within each tonal type. Canonical discriminant functions analysis showed a smaller difference between PRE and LZB than between PRE and SNB and between LZB and SNB. Compared with previous recordings, recent recordings demonstrated a consistent pattern of becoming higher in whistle frequency parameters in both LZB and SNB populations, suggesting that noise pollution in LZB and SNB increasing with time according to the acoustic niche hypothesis. Dolphin whistle's geographic variations could be shaped by the combined function of the geographical barrier function of the Qiongzhou strait and local ambient noise. Considering the isolated condition and the relatively smaller population size of the humpback dolphin in the SNB, more effective and proactive conservation actions should be taken to prevent the extinction of small populations. 相似文献
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目前,体细胞核移植主要还是沿用Willadsen发明的显微操作的去核、注核、融合和激活来完成。由于其核移植效率较低,且对仪器设备和技术人员的要求较高,因此,简化并建立一套更适合于生产条件下的体细胞核移植程序,从而提高核移植效率一直是人们所不懈努力的。作者就无透明带核移植技术和单个胚胎培养系统作一介绍。 相似文献