高通量测序技术在鉴别影响猪产仔数QTL及候选基因中的应用

产仔数是反映猪场生产水平和经济效应的一个重要的指标,作为多基因控制、遗传力低的复杂经济性状,鉴别影响产仔数的基因位点,利用分子选育标记来提高猪的产仔性能倍受重视。随着重测序成本的不断降低,基因组学研究不断深入,以全基因组重测序、简化基因组测序和基于高通量测序技术获得的芯片技术已得到广泛应用。本文综述了通过高通量测序技术以及基于高通量测序的芯片技术研究影响猪产仔数性能的数量性状座位(quantitative trait loci,QTL)及候选基因的研究进展,为后期鉴别影响产仔数变异主效基因提供参考,为生产采用分子育种进行产仔选育提升提供分子标记信息。     

淮安黑猪产业化开发亟需走出困境

淮安黑猪产业化开发要以市场为导向,以生态养殖为载体,走政府引导、企业主体、市场化运作的路子。     

太湖猪种质基因特征研究

采用PCRRFLPs、PCRSSCPs和PCRDSCPs分析方法,对我国太湖猪(二花脸猪和梅山猪)18个功能基因特征进行了研究,并与大白猪进行了比较。18个功能基因是:乌头酸酶2(ACO2)、缩胆囊素肠促胰酶肽(CCK)、17β雌二醇脱氢酶(ED)、雌激素受体(ESR)、血纤维蛋白原(FGG)、生长激素(GH)、黏合素(HXB)、促黄体素释放激素受体(LHRHR)、白血病抑制因子(LIF)、莫洛尼鼠肉瘤病毒致肿瘤基因同系物(MOS)、黏病毒抗性1(MX1)、甲状旁腺激素(PTH)、磷酸葡萄糖酸脱氢酶(PGD)、维生素A结合蛋白2(RBP2)、T细胞受体α(TCRA)、T细胞受体β簇(TCRB)、转化生长因子β3(TGFB3)和甲状腺素运载蛋白(TTR)。研究结果表明,CCK、FGG、LHRHR、LIF和RBP2基因位点所扩增片段在两品种群内均呈单态性,而其他位点则呈多态性变异。太湖猪在ACO2、ED、ESR和TTR基因所扩增区域均已纯合固定,表现出保守性的一面;而在HXB、PGD和PTH位点上则出现多个等位基因,表现出变异性的一面。除在TGFB3基因位点外,太湖猪与大白猪在其他所有基因位点等位基因频率均有显著差异(P<0.01)。中国太湖猪的保守性与变异性在猪的基因定位、QTL定位及标记辅助选择中将起重要的作用。     

适宜猪背最长肌mRNA差异显示分析的2种总RNA提取方法的比较

以苏淮白猪为材料提取RNA,比较异硫氰酸胍-酚-氯仿一步法与TRIzol试剂法提取RNA的效果.结果表明这2种方法提取的RNA经纯化之后均能够满足mRNA差异显示技术的需要,差别仅在于前者提取的RNA浓度稍高于后者,而后者更简便易行.     

江苏省苏州市太湖猪的历史形成与发展现状浅析

本文通过对地方太湖猪类群的历史形成和发展的研究,针对地方太湖猪类群的发展现状进行分析思考,对太湖猪类群在开发利用方面提出些许建议。     

太湖流域地方猪种遗传结构评估和体重体尺性状差异相关选择位点鉴定

旨在解析太湖流域地方猪品种内部遗传结构,鉴定梅山猪亚群间、二花脸群体间和米猪群体间体重体尺性状差异的候选基因。试验采集440头猪样本(代表太湖流域地方猪最全面血统)进行基因芯片分型,并使用该基因分型数据集进行多种群体遗传学分析,明确太湖流域地方猪品种内部的遗传结构,并鉴定梅山猪亚群间、以及二花脸和米猪群体间体重体尺性状差异的候选SNP位点和候选基因。结果显示:在太湖流域地方猪种内部,二花脸猪与米猪间的亲缘关系最接近,其遗传距离小于梅山猪两个亚群间的遗传距离,并且拥有最为一致的进化路线。太湖流域地方猪各品种及梅山猪品种内两个亚群间都达到高度分化水平,Fst值均大于0.25,ADMIXTURE分析表明,包括梅山猪两个亚群在内的8个群体的群体结构不完全一致,在K=8时,各自展现出完全不同的祖先血统组成。通过梅山猪亚群间Fst分析、以及米猪和二花脸猪间Fst分析,在猪1、3和6号等染色体上,共鉴定到24个位点在两个分析中都表现出受选择状态,并在这些位点上下游50 kb范围注释到20个基因,其中有8个基因被报道与体重体尺性状相关。此外,受选择位点形成的选择区域与多个猪体重体尺相关QTLs重叠。试...     

骨骼肌肌纤维形成机制的研究进展

骨骼肌是动物躯体最重要的组成部分,占到产肉动物躯体的40%,肌纤维作为骨骼肌组织的主要成分,其类型的差异是影响产肉动物肌肉品质的重要因素之一。因此,骨骼肌的生长发育与产肉动物肉的产量有着密切的联系,而其生理生化特性的差异也将会直接影响到产肉动物屠宰之后肉品的质量。一般而言,动物骨骼肌肌纤维数目在胚胎发育期间基本上就已固定,出生之后,由于肌纤维的肥大,动物躯体肌肉块才表现出增大增粗。另外,动物肌肉块在生长发育过程中,其肌纤维组成类型并不是完全固定的,它们会随着骨骼肌对代谢与功能需求的改变而发生转变。骨骼肌的生长发育,以及骨骼肌肌纤维类型的发生与发展是一个非常复杂的生物学过程,受到许多信号通路与因子的调控。随着分子生物学技术的飞速发展,各种先进技术相继被应用于生物学现象的研究中,利用这些分子生物学技术很好的阐明了许多复杂生物学现象形成的分子机制。目前,骨骼肌生长发育的分子遗传调控机制取得了长足的进展,许多与骨骼肌形成发育相关的关键因子已被鉴定出来。然而,在早期研究中,人们对于骨骼肌肌纤维的研究主要集中在类型的鉴定,以及不同肌纤维类型生理生化特性的分析,对于骨骼肌肌纤维形成的具体分子遗传调控机制的研究相对较少。近年来,随着研究的不断深入,骨骼肌肌纤维形成的分子遗传调控机制也取得了突破性的进展。因此,有必要进一步对骨骼肌肌纤维类型的特性,骨骼肌肌纤维类型形成的分子机制,以及肌纤维类型与肌肉品质的关系进行全面的综述。本文首先对肌纤维的类型、特性进行了综述;进一步分别对慢型肌纤维与快型肌纤维形成的分子调控机制的研究进展进行了回顾;最后对肌纤维类型与肉品质的关系进行了讨论。总之,本综述的撰写将有助于对骨骼肌肌纤维类型形成的遗传机制的进一步了解,为将来进一步的深入研究肌纤维形成的分子机制提供参考;同时也将有助于揭示肌肉品质形成的分子遗传调控机制,为利用分子生物学技术培育高品质新品种或新品系产肉动物提供分子理论依据。     

不同水平脱脂米糠部分替代玉米对苏淮猪氧化还原状态和胆固醇代谢的影响

本试验旨在探讨不同水平脱脂米糠部分替代玉米对苏淮阉公猪氧化还原状态和胆固醇代谢的影响。试验选用21头体重[(62.90±1.12)kg]相近的健康苏淮阉公猪,随机分为对照组(试验Ⅰ组)、试验Ⅱ组和试验Ⅲ组,每组7个重复,每个重复1头猪。试验Ⅰ组猪饲喂基础饲粮,试验Ⅱ组和试验Ⅲ组猪分别以14%和28%的脱脂米糠部分替代基础饲粮中的玉米,并使用豆粕、麸皮和豆油等物质调平基础饲粮与试验饲粮的消化能、粗蛋白质和氨基酸水平。预试期10 d,正试期28 d。结果表明:1)试验Ⅱ组和试验Ⅲ组苏淮猪血清丙二醛(MDA)含量均显著低于试验Ⅰ组(P<0.05);与试验Ⅰ组和试验Ⅲ组相比,试验Ⅱ组苏淮猪血清过氧化氢酶(CAT)活性显著升高(P<0.05);试验Ⅲ组苏淮猪血清铜锌超氧化物歧化酶(CuZn⁃SOD)活性最高,且与试验Ⅰ组相比差异显著(P<0.05);试验Ⅲ组苏淮猪肝脏还原型谷胱甘肽(GSH)含量以及还原型谷胱甘肽/氧化型谷胱甘肽(GSH/GSSG)显著高于试验Ⅰ组(P<0.05)。2)与试验Ⅰ组相比,试验Ⅲ组苏淮猪血清总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL⁃C)含量显著升高(P<0.05);各组间肝脏TC和甘油三酯(TG)含量差异均不显著(P>0.05)。3)脱脂米糠部分替代饲粮玉米对苏淮猪肝脏胆固醇-7α-羟化酶1(CYP7α1)和胆固醇-27α-羟化酶1(CYP27α1)mRNA表达量均无显著影响(P>0.05);试验Ⅱ组和试验Ⅲ组苏淮猪肝脏3-羟-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGCR)、固醇调节原件结合蛋白-2(SREBP⁃2)和清道夫受体BI(SR⁃BI)的mRNA表达量显著低于试验Ⅰ组(P<0.05);此外,试验Ⅲ组苏淮猪肝脏低密度脂蛋白受体(LDLR)mRNA表达量最低,且与试验Ⅰ组相比差异显著(P<0.05)。4)将苏淮猪血清TC和LDL⁃C含量分别与血清和肝脏氧化标记物及抗氧化酶做相关性分析表明,同一个体血清TC含量与肝脏GSH含量以及GSH/GSSG呈显著正相关(P<0.05),而血清LDL⁃C含量与肝脏GSH含量以及GSH/GSSG极显著正相关(P<0.01)。综上所述,在本试验条件下,脱脂米糠部分替代饲粮中玉米可部分改变苏淮猪血清和肝脏氧化还原相关酶的活性,并在一定程度上影响机体胆固醇代谢和肝脏胆固醇代谢相关基因的表达。     

不同月龄沙乌头公、母猪体尺性能测定与分析

为探讨不同月龄沙乌头公、母猪体尺性能及其生长规律的差异,本研究对江苏省海门沙乌头原种场2月龄、4月龄、6月龄、12月龄等4个阶段的去势阉公猪和未去势母猪共72头的沙乌头猪体尺生长指标进行了测定及分析。结果表明:(1)性别对2月龄沙乌头猪的体长有显著影响,母猪体长极显著长于公猪(P0.01),但对2月龄的其它体尺性状和其它时间段的所有体尺性状均无显著影响。(2)不同性别沙乌头猪不同阶段体尺性能生长规律不同,其中沙乌头公猪4~6月龄体高、胸围、胸深的生长速度快于母猪,6~12月龄体长、腿围的生长速度快于母猪,4~12月龄腹围、管围的生长速度快于母猪。而沙乌头母猪只有2~4月龄、6~12月龄胸围生长速度快于公猪和6~12月龄胸深生长速度快于公猪。(3)相同性别沙乌头猪不同阶段体尺性能生长规律不同,除了胸宽,沙乌头公、母猪4~6月龄的体尺性能与其它时间段相比,生长均变缓。(4)此次测定的沙乌头6月龄公、母猪体长、体高均比1991年测定的相比有所减小,不排除因群体数量减少导致性能有所退化的原因,因此应加强对沙乌头猪的保护、扩群与选育提高。     

利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因

旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss, DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value, EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10% 的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index, Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score, iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择 iHS值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51 705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP 位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到 73 个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA 基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点：rs340037952和rs320624660,为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。