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为探讨瓠瓜转录组功能基因信息,对福州芋瓠瓠瓜叶片进行了Illumina Hiseqxten高通量无参转录组测序分析,共获得664 252 268个reads片段,经序列组装共计获得87 518个Unigene,总长度高达91 405 320 bp,76.03%的Unigene长度主要集中在1~1 000 bp。功能注释结果显示,有55 725个Unigene在Nr数据库获得注释,注释到葫芦科的Unigene数量最多,有26 354个,占总Unigene的47.29%。GO数据库注释到18 278个Unigene,可以分为分子功能、细胞组分和生物学过程共三大类的55个亚类。COG数据库中有41 635个Unigene获得注释,分布在信息存储与处理、细胞过程和信号传递、新陈代谢、无特征基因四大类的25个功能区域,其中参与氨基酸运输和代谢的Unigene数量最多。KEGG数据库中有24 770个Unigene获得注释,涉及到220个KEGG代谢途径。SSR位点检索结果显示,包含SSR序列的8 617条Unigene中存在11 029个SSR位点,发生频率为9.846%。本研究结果为进一步深入开展瓠瓜功能基因研究和SSR分子标记开发奠定了重要基础。 相似文献
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不同基因型苦瓜幼苗耐低温弱光综合评价及鉴定指标筛选 总被引:3,自引:0,他引:3
以23个不同基因型苦瓜(Momordica charantia L.)幼苗为试材,研究低温弱光胁迫对苦瓜生理生化的影响,采用主因子分析、系统聚类分析和隶属函数法综合评价苦瓜的耐低温弱光能力。结果表明,12个生理生化指标在参试的23份苦瓜自交系间存在显著差异。运用主因子分析将12个苦瓜生理指标转换为4个相互独立的综合指标;通过聚类分析和隶属函数将23不同基因型系按照耐低温弱光性的强弱划分为2类4组,通过逐步回归建立苦瓜幼苗耐寒性评价数学模型,并筛选出6个耐寒性鉴定指标,可对苦瓜种质资源耐低温弱光特性进行快速鉴定和预测。 相似文献