高加索三叶草SSR序列特征分析

为获得高加索三叶草转录组特征,对高加索三叶草的根茎系统进行三代转录组测序,检测到79424条Unigene,序列总长为167351.88kb,进一步分析得到48235个SSR位点,平均3.47 kb出现一个SSR.高加索三叶草转录组的SSR类型丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复SSR数量最多,分别占SSR总数的45.8％和22.6％,其次是复杂SSR序列占比为15.2％、二核苷酸重复占比为12.8％、四核苷酸重复占比为2.1％、六核苷酸重复占比为0.9％和五核苷酸重复占比为0.6％.本研究对高加索三叶草转录组数据SSR位点信息进行分析,为三叶草属种质资源鉴定和分子标记辅助育种提供更多的标记资源.     

基于SSR标记的四川移栽野生大茶树的遗传多样性

为四川大邑移栽野生大茶树种质资源的综合利用与科学保护提供参考,采用GPS定位对四川移栽野生大茶树种质资源进行编号与拍照,并对其相关性状进行调查和叶芽采集,利用9对SSR核心引物对41份野生大茶树种质资源进行全基因组基因分型及遗传多样性和亲缘关系聚类分析。结果表明:9对SSR引物在41份野生大茶树种质资源中共检测到41个等位基因和75种基因型,每对引物检测到3~7个等位基因,平均4.6个,4~18种基因型,平均8.33种。PCR扩增条带的基因多样性指数、扩增位点的多态性信息指数和杂合度分别为0.501 7~0.713 0、0.443 1~0.761 0和0.561 0~0.731 7,平均分别为0.624 9、0.571 6和0.577 2。在遗传距离为0.28处,UPGMA聚类方法将41份移栽野生大茶树种质资源分为4类。Ⅰ类包含CDDY5和CDDY9,Ⅱ类包含CDDY24和CDDY32,Ⅰ类和Ⅱ类均占群体样本总数的4.8%;Ⅲ类包含CDDY40、CDDY37、CDDY38、CDDY35和CDDY8,占群体样本总数的12.1%;Ⅳ类包含CDDY14、CDDY15和CDDY28等32个材料,占群体样本总数的78%。移栽野生大茶树具有丰富的遗传多样性,建议筛选具有当地特色的部分野生大茶树进行驯化栽培,并对其进行合理科学利用与保护。