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鸭的基因组序列虽已释放,但其基因组信息,尤其是转录组信息仍需进一步开发。文章利用转录组测序分析了鸭的腹部脂肪组织转录组特征。共获得203 200 984个高质量测序数据,鉴定出18 464个基因表达(RPKM≥1),其中96.9%的基因RPKM值小于1 000。15 070个基因发生了可变剪切,剪切次数为35 913次。统计可变剪切类型发现,内含子保留所占比例最低,占所有可变剪切类型的1.17%,而第一外显子可变剪切、末端外显子可变剪切、外显子跳跃依次是3种比例最高的可变剪切类型,比例分别为45.92%, 43.67%和6.23%。此外,利用这批转录组数据共检测出229 276个SNPs,其中转换是最主要的突变类型,占所有SNPs的73.28%。对SNP所在基因进行功能注释(GO)发现,这些基因涉及细胞组分、分子功能、生物学过程3大功能类别中广泛的生物功能,表明该研究开发的SNPs较为全面;通路分析(KEGG)发现,SNPs所在基因除了富集于脂类、能量代谢相关通路,更多的基因则富集于癌症、免疫以及内分泌系统相关的通路上,表明脂肪组织除了是能量储备组织,同时也是重要的免疫、内分泌组织。这些数据拓展了鸭的遗传信息,建立的SNPs数据库将有助于鸭分子标记辅助育种及功能基因定位。与癌症、免疫相关的SNPs可为癌症及免疫学研究提供候选遗传标记。 相似文献
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利用抗草甘膦亲本89-05-3与敏感草甘膦亲本89-13杂交后获得F2代群体,采用BSA法,以上述F2代为定位群体,利用抗、感亲本和抗、感池筛选10对SSR引物.结果袁明:3对引物BM143、BM156、BM164均能在抗、感池间扩增出多态性条带,用Mapmaker 3.0软件作图,将该抗草甘膦基因初步定位在引物BM156和BM164之间,遗传距离分别为3.3 cM和4.4 cM,并暂命名为EPSPS2.该研究结果为莱豆抗性育种以及抗草甘膦基因的精细定位和图位克隆奠定了基础. 相似文献
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腐霉枯萎病菌毒素在坪草抗病性筛选中的应用研究 总被引:4,自引:3,他引:4
为了快速鉴定坪草的抗病性,本研究利用坪草腐霉枯萎病菌毒素对坪草进行了抗病性鉴定。根、茎抑制率试验表明,多年生黑麦草中英斯派对该毒素的敏感性最强,10倍液对其根、茎抑制率分别为46.3%和86.1%。而草地早熟禾的抗性最强,其中阔雅对该毒素的敏感性最低,10倍液对根、茎抑制率分别为5.5%和30.1%。活体、离体生物测定结果表明草地早熟禾对腐霉病抗性最强,表现为1级,属于抗性品系,其次为高羊茅,为2~3级,匍匐剪股颖为3级,属于敏感品系,多年生黑麦草为3~4级,属于较敏感品系,综合评定阔雅和英斯派分别为抗病和感病品种。对抗、感品种进行防御酶类(SOD、POD、CAT)比活变化测定,结果显示,阔雅出现活性峰的时间要比英斯派早12~36 h,而且阔雅细胞内SOD、POD、CAT的比活分别比英斯派高38.8%,59.1%和89.5%。 相似文献
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通过RACE-PCR首次克隆获得了普通小球藻(Chlorella vulgaris)中八氢番茄红素合成酶编码基因psy 的cDNA全长序列.该序列全长1 605 bp,包括1 245 bp开放阅读框,编码415个氨基酸.氨基酸序列对比及系统发生分析表明其与其他物种的PSY蛋白具有同源性,与绿藻聚为一支,与小球藻(Chlorella variabilis)、原壳小球藻(Auxenochlorella protothecoides)和佐夫色绿藻(Chromnochloris zofingiensis的遗传距离最近(分别为0.173、0.188和0.239),并具有较高的相似性(81% ~ 84%)和一致性(69% ~ 76%).亚细胞定位预测表明普通小球藻PSY前45个氨基酸残基为叶绿体转运肽,可能引导翻译后的肽链进入叶绿体.保守区块、特征基序分析及三维建模显示,序列中具有多个潜在的蛋白质修饰位点,以及PSY蛋白的保守区块和特征基序,包括两个保守的底物-镁离子结合位点和两个活性位点遮蔽残基,用于结合底物及保护催化反应中间产物;普通小球藻PSY蛋白中还具有一个特异的底物-镁离子结合位点,其活性和功能还未知.总之,研究结果揭示了普通小球藻psy基因的cDNA全长序列及可能的蛋白质序列结构特性,结果可为构建过表达载体,提高类胡萝卜素产量提供相关信息. 相似文献
960.