中国部分家鸭PRL基因内含子核苷酸多态性分析

该研究旨在探讨中国重点保护鸭品种催乳素(PRL)基因内含子1和2的单核苷酸多态性(SNP)水平。利用PCR-SSCP和测序的方法检测了8个地方鸭种共476个个体的PRL基因内含子1和内含子2的单核苷酸多态性,分析了不同群体的等位基因频率和基因型频率,并对其遗传特性进行了统计。结果表明:所检测的8个地方鸭种在PRL基因内含子1上均呈现多态,比较测序结果发现位于PRL基因内含子1的383 bp位置有A/C突变;除连城白鸭外,其他各群体中等位基因A均为优势等位基因;除连城白鸭和绍兴鸭外,其他各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。5个鸭种在PRL基因内含子2上存在多态,绍兴鸭、北京鸭和高邮鸭没有发现多态,位于PRL基因内含子2的2 297 bp和2 356 bp位置发生了A/T和G/T的碱基突变;除建昌鸭外,其他鸭群的等位基因D的基因频率较高,而且北京鸭、绍兴鸭和高邮鸭中只发现等位基因D。Hardy-Weinberg平衡适合性检验结果表明,各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。从各个品种的经济类型和群体基因型频率的分布情况来看,PRL基因多态性可能与品种受到的人工选择和自然选择有关。     

5个地方鸡种肌肉脂肪酸相对含量比较及因子分析

以5个地方鸡品种白耳鸡(BAI)、狼山鸡(LAN)、萧山鸡(XIS)、北京油鸡(YOU)、泰和乌骨鸡(TAI)为研究对象,比较品种间13项肌肉脂肪酸组成指标的相对含量的差异,并对13项脂肪酸组成指标进行因子分析和系统聚类分析.结果表明,泰和乌骨鸡的饱和脂肪酸相对含量最高(44.96%),其次为狼山鸡(43.26%)、北京油鸡(38.98%)、萧山鸡(38.56%)、白耳鸡(34.40%),其中泰和乌骨鸡、狼山鸡与白耳鸡相对含量之间存在显著差异(P0.05).白耳鸡的不饱和脂肪酸相对含量最高(63.99%),其次为北京油鸡(59.76%)、萧山鸡(59.45%%)、狼山鸡(55.34%)、泰和乌骨鸡(54.43%),其中白耳鸡与泰和乌骨鸡、狼山鸡相对含量之间存在显著差异(P0.05).白耳鸡的必需脂肪酸相对含量最高(6.76%),且与狼山鸡(3.84%)、泰和乌骨鸡(4.17%)间存在显著差异(P0.05),但与萧山鸡(5.98%)、北京油鸡(6.72%)之间差异不显著(P0.05).主成分分析获得的前3个主成分可以解释全部变异的94.865%,其中第1、2、3主成分分别解释总变异的58.632%、22.479%和13.754%.将5个地方鸡种归入三大类,萧山鸡、狼山鸡和北京油鸡聚为一类,白耳鸡、泰和乌骨鸡分别形成独立分支.     

A-FABP和H-FABP[WTHZ]基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量（IMF）的效应分析*

 研究采用PCR SSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

PURH基因对鸡肉肌苷酸含量的遗传效应及其表达

以鸡氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶/次黄嘌呤核苷酸环水解酶基因（PURH）为影响肌肉肌苷酸（IMP）含量的侯选基因,以鸡（Gallus gallus）5个品种为材料,采用PCR-SSCP与测序相结合的方法对PURH基因所有外显子及部分内含子区域进行单核苷酸多态性（SNPs）检测;同时采用实时荧光定量PCR方法对PURH基因在白耳鸡不同组织中的发育性表达进行了初步研究。结果共发现2个单核苷酸多态性位点,分别为外显子9中的A8023T突变和外显子16中的T17446C突变,仅T17446C位点的多态性与肌肉肌苷酸含量存在显著的关联,两个位点单倍型的效应要高于单个基因型的效应,推测PURH基因可能是影响IMP含量的主效基因或与主效基因相连锁,以单倍型作为鸡肉质性状的潜在的分子标记更有优势。在白耳鸡不同生长阶段不同组织中均检测到PURH mRNA的表达,其表达量呈明显的时序性变化,提示PURH基因的表达对肌苷酸的沉积具有一定程度的影响。     

运用模型分类法分析9个地方鸡品种间遗传结构和亲缘关系

以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的 Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布.结果表明:Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异.Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种(包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡)和重体型的鸡种(包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合.9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中.     

鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因适用性进化分析

采用反转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）方法，以肝脏总RNA为模板，对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因（ADSL）编码区序列进行克隆和测序；并结合Gen—Bank中已提交的家鸡、鱼类、哺乳动物和人类等ADSL基因序列，采用基于最大似然法的密码子置换模型分析ADSL基因编码区序列在进化过程中承受的选择压力。结果RT—PCR方法准确获得了泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡ADSL基因编码区序列，全长为1380bp。“分支特异模型”检验结果表明，ADSL基因在不同物种进化过程中较为保守，未受到正选择作用。鸡ADSL基因序列的“位点特异模型”检验未发现正选择位点。研究结果有助于了解鸡ADSL基因的结构及进化历程。     

鸡肉嫩度候选基因CAPN1多态性的检测研究

建立基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡肉嫩度候选基因钙蛋白酶I (CAPN1)基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种-清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异.用PCR-LDR方法检测CAPN1 2546、CAPN1 3535和CAPN1 9950的基因型作单倍型分析,进行各组间基因型分布和等位基因频率x2检验.结果CAPN1 2546位点未检测到多态,其他两个位点的结果同直接测序分型结果一致,其基因型分布在不同品种中均存在差异,并且在CAPN1 3535位点上达到显著水平,两个位点的单倍型分布在不同品种间也存在较大差异.     

A-FABP和H-FABP基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量(IMF)的效应分析

研究采用PCRSSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

PRL和POU1F1基因及基因聚合对白耳鸡产蛋数的效应分析

以PRL和POU1F1为影响鸡产蛋数的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡PRL基因调控区和POU1F1基因外显子3区域的单核苷酸多态性,并分析PRL、POU1F1基因多态位点和两基因聚合基因型与72周龄产蛋数的关联。结果表明:PRL调控区的插入/缺失基因型AA型和POU1F1基因exon3的突变(A5331T)基因型CC型与72周龄产蛋数显著相关(P0.05),AA、CC型对产蛋数的加性效应分别为3.65和3.57。聚合基因型AACC型个体72周龄产蛋数(除AACD型外)与对照组比较差异显著(P0.05)。两基因间的互作效应并不显著(P0.05)。     

GARS-AIRS-GART基因编码区多态性和鸡肉IMP含量的相关性

以鸡GARS-AIRS-GART基因为侯选基因,隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡为实验材料,采用PCR-SSCP法对GARS-AIRS-GART基因所有外显子进行SNPs检测.结果在外显子3、4和21中各发现了一个单核苷酸多态性位点.方差分析结果表明:外显子3和外显子21的基因型与IMP含量之间不存在显著关联;外显子4中的6 545处的C→A突变位点对胸肌IMP含量的影响在不同鸡种之间的表现不完全一致.在隐性白羽鸡、萧山鸡和白耳鸡群体中,三种基因型个体之间的IMP含量差异均不显著.在丝羽乌骨鸡和藏鸡群体中,AA型个体的IMP含量显著高于AC型和CC型,推测该位点的基因型效应可能是其等位基因与丝羽乌骨鸡、藏鸡群体中的特殊遗传背景之间存在交互作用,或者是与影响肌肉IMP含量的QTL之间存在着暂时的连锁不平衡的缘故.