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葡萄全基因组SSR分析和数据库构建 总被引:5,自引:0,他引:5
利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis vinifera L.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR.其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(329%)、30 123(263%)、18 705(163%)、14 566(127%)、3 492(30%)和9 986(87%)个.在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低.SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小.三核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布密度明显高于其他类型的SSR.利用这些SSR序列共设计出80 065(699%)对SSR引物.另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库DGSSR,收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面,网址为http://wwwyaolabshcn/ssr. 相似文献
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利用组织培养技术,研究了不同质量浓度镉(Cd)(0、1、3、5mg/L)对2个葡萄砧木品种(5BB和99R)的生长特性及Cd积累规律的影响。结果表明,随着Cd质量浓度的增加,2个葡萄砧木品种的生物量、株高、根系长度和表面积均呈现下降的趋势,且99R的下降幅度明显高于5BB。随着Cd质量浓度的增加,2个葡萄砧木品种Cd含量明显增加,在试验设置的Cd质量浓度条件下,5BB地上部和根系Cd含量均低于99R。2个葡萄砧木品种对Cd胁迫的反应虽然总体趋势一致,但5BB的生物量、株高和根系形态指标的下降幅度明显低于99R,表明5BB比99R具有较强的耐Cd特性。 相似文献
45.
不同葡萄砧木对矢富罗莎葡萄嫁接苗光合作用的影响 总被引:4,自引:0,他引:4
在避雨条件下,以盆栽试验观察不同砧木(巨峰、1202、5BB、110R、99R、华佳8号、8B和SO4)对矢富罗莎葡萄叶片光合日变化的影响。结果表明,不同葡萄砧木矢富罗莎嫁接苗叶片净光合速率(Pn)的日变化基本呈双峰型曲线。叶片净光合速率日变化存在差异,99R、华佳8号和1202砧穗组合嫁接苗叶片的净光合速率(Pn)明显高于其他组合,最高峰值(11:00时)分别高出对照128.8%、106.0%和77.3%;叶片气孔导度(Gs)值1202、110R、99R和华佳8号组合较高,9:00时分别达到对照的8.5、8.0、7.5和6.5倍;99R、华佳8号、110R和1202组合的叶片蒸腾速率(Tr)显著高于其他组合和对照,巨峰和8B组合居中。 相似文献
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研究了设施栽培中限根对沪油018幼树叶片叶绿素含量、叶片干重的变化特点。结果表明:(1)限根幼树在秋季枝条停长后, 不同限根处理第1~8叶位叶片叶绿素含量均表现为“升—降—升”;相同叶位处理TR2各个叶位单位叶面积叶绿素含量均低于CK和TR1,CK仅在第1、8叶位较TR1高,而其它叶位均低于TR1。(2)测定盛花后19~262d树冠外围枝中部完全展开功能叶的叶绿素变化动态,结果不同限根处理Chla、总叶绿素含量与Chl(a/b)的变化均表现“降—升—降”的变化规律。限根对Chlb的季节变化进程的影响差异明显。(3)不同限根处理下比叶重的季节变化差异明显,但总的呈上升趋势。叶片干重含水量%的季节变化总的呈下降趋势,不同限根处理间的变化动态差异明显。 相似文献
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不同葡萄砧木对矢富罗莎嫁接苗根系形态变化的影响 总被引:2,自引:0,他引:2
在不同品种的葡萄砧木上嫁接矢富罗莎,对1年生苗根系的根长、平均直径、不同直径范围内的根长、表面积、总体积、根尖数、根叉点等进行了比较。结果表明,不同砧木的矢富罗莎嫁接苗根系生长状况存在明显差异,根系总长度以110R砧木最长,达6 842.8 cm,为对照(扦插苗)的372%;根系平均直径以巨峰和1202砧木较大,分别为1.734 4 mm和1.632 1 mm;110R和5BB砧木根系的表面积较大,达到2 603.8 cm2和2 056.6 cm2,而华佳8号和对照根系表面积较小;根系体积以110R、5BB和8B砧木的较大;根叉数、根尖条数和根尖点数以110R为砧木的植株显著高于其他砧木品种的组合,分别为对照的320.5%、359.8%和328.0%。几个不同砧木葡萄品种嫁接矢富罗莎后1年生苗根系的生长量以110R、5BB和8B较大,而华佳8号和对照较小。根系的生长量也影响地上部的生长。 相似文献
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以转菜豆铁蛋白基因的嘎拉苹果4个株系的试管苗为材料,通过定量RT-PCR的方法检测外源和内源铁蛋白基因的转录表达量,结果表明苹果转基因植株外源铁蛋白基因的转录表达量与其插入的拷贝数没有明显的关系,可能受插入位点的影响;同时在铁诱导的条件下,外源铁蛋白基因与内源的铁蛋白基因的转录表达特性一致,转录水平受铁的调控,随着铁诱导时间的延长,其mRNA表达水平逐渐增加。对转基因植株的根、茎、叶3个部位铁蛋白基因的转录表达量研究结果表明,外源菜豆铁蛋白基因与内源苹果铁蛋白基因的mRNA含量均在根部最高,茎次之,叶片最低。 相似文献
49.
GA3和CPPU对维纳斯葡萄果实生长的影响 总被引:7,自引:0,他引:7
维纳斯 (Venus) ,为欧美杂种无核葡萄品种。自引种我国以来 ,表现出成熟早、着色好、适应性强等优点 ,在我国南方地区具有很好的发展前景。但由于其果粒偏小 (一般 3g左右 ) ,使其商品性和规模发展受到限制。GA3和CPPU在多种无核葡萄品种果实的大粒化上有较为广泛的应用 ,本文拟通过试验找到用GA3和CPPU对维纳斯葡萄进行处理的最佳方案。1 材料与方法1 1 材料 试验在南京农业大学牌楼果园葡萄品种园进行。维纳斯葡萄树势中上 ,篱棚架 ,株行距2m× 3m。选择长势相近的植株和果穗作为试材。1 2 方法 设 7个处理 :A … 相似文献
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【目的】OVATE是一类调控植物生长发育的转录抑制因子,对葡萄OVATE基因家族(Vv OFPs)进行生物信息学和组织特异性表达分析,为该类基因的功能研究奠定基础。【方法】根据OVATE保守域蛋白序列(PF04844)对葡萄OVATE基因家族进行鉴定,利用生物信息学方法对葡萄OVATE基因家族染色体定位、基因结构、保守结构域、亚细胞定位等方面进行预测和分析,并分析葡萄和拟南芥OVATE基因家族的进化关系。采用实时荧光定量PCR技术检测Vv OFPs组织表达特性。【结果】葡萄OVATE基因家族包含17个成员,不均匀地分布在11条染色体上,均没有内含子结构,编码115—444个氨基酸,等电点4.55—9.69,均为亲水蛋白;所有蛋白均包含完整的OVATE保守结构域,亚细胞定位主要在细胞核中。根据进化树拓扑结构,将葡萄和拟南芥OVATE蛋白家族聚为六类(Ⅰ—Ⅵ),其中,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ类仅包含两个基因,Ⅰ、Ⅳ、Ⅵ类中Vv OFPs和At OFPs相互交错地聚类在一起;Vv OFPs和At OFPs共包含10个未知基序,保守元件1和2位于OVATE结构域区域,此外,在OVATE结构域外每个类别均包含特有基序。Vv OFPs具有组织表达特异性,12个基因在根、茎、叶、花和果实中均可以检测到表达,其余5个基因仅在特定组织中表达。多数Vv OFPs在根、嫩茎和花中表达量较高,在嫩叶和果实中仅检测到少数基因表达;Vv OFPs在不同发育期表达量存在差异,通常在开花前1周和开花期表达量较高,而花后4周果实中表达量较低。1对旁系同源基因表达模式相似,3对旁系同源基因产生了新的表达模式。【结论】葡萄OVATE结构域序列比较保守,其在不同组织中呈现出多种表达模式,推测其可能参与了葡萄生长发育的调控。 相似文献