狂犬病病毒微滴式数字PCR检测方法的建立

为了建立可绝对定量狂犬病病毒(RABV)的微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本试验根据RABV基因组起始区域设计引物和探针,继而优化引物和探针浓度以及退火温度,并对建立的ddPCR方法的灵敏度、特异性和重复性进行分析。结果显示：ddPCR方法的最佳引物和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃;ddPCR方法的标准曲线相关系数(R²)为0.999,呈现良好的线性关系;灵敏度高,最低可检测到3.37 copies/μL;特异性良好,与常见犬病原无交叉反应;重复性好,检测结果稳定。临床样品的检测结果显示,本试验建立的狂犬病病毒ddPCR方法与实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)方法的符合率为100%。结果表明,本试验建立的狂犬病病毒微滴式数字PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于狂犬病病毒的绝对定量检测。     

2017年上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒全基因进化分析

为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;6株分离株均有8处糖基化位点;受体结合位点除198位和202位有变异外,其它位点均保守,226位氨基酸均为L,228位氨基酸均为G,因此具有与哺乳动物唾液酸α2-6受体结合的特征;所有分离株HA基因核苷酸同源性为93.4%~99.9%,氨基酸同源性为93.8%~99.5%,HA基因进化树显示上述6株分离株均属于近几年在中国鸡群中流行的h9.4.2.5分支;从8个基因片段组成方式分析这6个毒株属于G57基因型.本研究结果为H9N2亚型AIV的防控和疫苗研制提供了科学参考.     

基于环介导等温扩增技术的微流控芯片在宠物疫病检测中的应用展望

环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术与微流控芯片技术相结合,可实现对宠物疫病病原体的快速检测,具有高通量、特异性强、灵敏度高、操作简单、即时检测等优点.基于LAM P的微流控芯片应用于宠物疫病检测,可显著提高宠物疫病的病原学诊断能力和效率,成为宠物...     

上海市三株H9N2鸭禽流感病毒全基因遗传进化分析

为了解上海市鸭群中H9N2亚型禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）的遗传变异特征,以及与疫苗株A/Chicken/Shan dong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离,对2007年和2009年分离自上海市鸭气管和泄殖腔样品采用荧光RT-PCR检测,将H9亚型禽流感病毒核酸阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定血凝素（haemagglutin,HA）亚型,随后进行了全基因测序,并结合GenBank中的相关序列进行遗传进化分析。结果表明：3株分离毒株为H9N2亚型鸭禽流感病毒,HA蛋白裂解位点的氨基酸组成为PARSSRGLF,符合低致病性禽流感病毒特征,均属于经典的H9N2 Ck/Bei群系;NA基因均属于Y280系;NP、PA基因和A/Goose/Guangdong/1/1996（H5亚型）归为一群;PB2和M基因属于Qa/HK/G1/97系;NS基因仍为Ck/Bei系;2007年的分离株和2009年的分离株在PB1基因上分属不同亚群。3株病毒的HA1基因与疫苗株A/Chicken/Shandong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离均大于7%。由此可见,3株鸭H9N2亚型毒株可能是由不同禽流感病毒基因亚群间发生自然重排的产物,现有疫苗对分离株的保护性需要进一步评估。     

一株类禽型H1N1猪流感病毒的进化分析与分子特征

2017年12月,上海市一养殖场饲养的猪出现咳嗽、呼吸困难、发热及迅速转归等病症。将猪鼻拭子接种鸡胚进行病毒分离,对血凝试验阳性样品在SPF鸡胚上进一步纯化、增殖,分离到1株猪流感病毒(A/swine/Shanghai/1205/2017)。采用RT-PCR对分离毒株进行全基因组扩增测序,利用DNAstar软件,对测序基因片段进行整个阅读框的核苷酸序列同源性比对分析,并用MEGA6绘制遗传进化树并分析氨基酸位点。结果显示:分离毒株为H1N1亚型,其8个基因片段均属于类禽型H1N1进化分支,没有出现不同基因型流感病毒片段之间的重组;分离株HA蛋白的裂解位点序列为PSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子特征。本毒株的分离鉴定为分析我国大陆地区的猪流感流行状况和分子特征提供了参考。     

上海市犬瘟热、犬细小病毒病感染状况调查

为及时了解上海市犬瘟热、犬细小病毒病的流行趋势,采用实时荧光PCR方法对106份宠物门诊的疑似样品、232份临床健康犬样品进行病原学检测。检测结果为:疑似样品检出中,犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)阳性率为50.0%,犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)阳性率为72.6%;临床健康犬的样品中,CDV的阳性率的4.74%,CPV的阳性率3.88%。检测结果反映了上海市犬瘟热、细小病毒在宠物群体中的感染情况,为这些宠物疫病的预防工作提供了科学数据。     

犬瘟热病毒RT—PCR检测方法的建立及其临床应用

本研究针对犬瘟热病毒特异保守的F基因设计一对引物,建立了犬瘟热病毒进行快速检测的RT—PCR方法。通过特异性、敏感性试验以及PCR产物的序列分析试验,证实本研究建立的RT—PCR检测方法具有敏感性高、特异性好的特点。使用该方法从宠物门诊送检的52例疑似病料中共检出阳性样本34份,阳性率为65．38％,说明该方法可用于为CDV临床快速诊断及流行病学调查。     

上海地区猪场饲养环境中大肠杆菌O157∶H7的监测

大肠杆菌O157：H7出血性肠炎是近年引起世界广泛关注的肠道传染病。自1983年美国Riley等首次报道大肠杆菌O157：H7出血性肠炎以来,相继在英国、加拿大、日本等国出现暴发性流行病例。大肠杆菌O157：H7是肠出血性大肠杆菌（EHEC）的一个主要血清型,牛、羊、     

副猪嗜血杆菌上海株的分离鉴定及耐药特性的研究

从送检的病猪内脏中分离到4株副猪嗜血杆菌疑似菌株,经过培养菌落及镜检形态观察、V因子依耐性试验及卫星生长现象、溶血性检查、生化特性以及特异的PCR检测,对其做了准确的鉴定,均为副猪嗜血杆菌。将4株分离株PCR扩增产物进行测序分析并与GenBank中报道的部分副猪嗜血杆菌的同源性达到97.3%~100%。药敏试验结果表明分离菌株已对新生霉素、阿米卡星、林可霉素、红霉素和庆大霉素等抗生素产生了较强的耐药性,仅阿奇霉素、头孢拉定、菌必治、先锋必、氧氟沙星和呋喃妥因等药物抑菌效果较好。     

狂犬病病毒LN34基因假病毒核酸国家标准物质的研制

LN34基因作为狂犬病病毒核酸诊断的首选基因已被广泛应用,但检测活动中涉及生物安全要求以及缺少相应的核酸标准物质,导致很难对现有核酸诊断方法进行有效评价。本研究以慢病毒为表达载体,制备了含有狂犬病病毒LN34基因的假病毒核酸标准物质,并对该标准物质开展了均匀性、稳定性评估以及数字PCR法定值、不确定度分析和临床试用。结果显示：制备的标准物质定值为(1.33±0.23)×10⁴拷贝/μL,样品均匀;-20℃条件下可稳定保存6个月,4℃可稳定保存9 d,25℃可稳定保存1 d。本标准物质的研制为相关实验室开展量值溯源、能力验证、质量控制、方法评价、试剂选择等工作提供了技术支撑。