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【目的】利用生物信息学手段,对毛果杨(Populus trichocarpa)RAV/PLC基因编码蛋白质结构和特征进行预测。【方法】以PLC(Phospholipases C)为关键字在Phytozome数据库搜索毛果杨磷脂酶C基因序列,以RAV/PLC基因及其蛋白质序列为研究对象,利用多种生物信息学分析工具对其基因结构及蛋白功能进行分析。【结果】在毛果杨PLC编码基因中发现了一个可编码RAV和PLC结构域的特殊基因,该基因在Phytozome数据库中编号为Potri.018G109200,ORF区域长度为1 650 bp,编码549个氨基酸,预测分子量为62.72338 ku,理论等电点为9.16;该基因在茎中表达量最高,芽中表达量其次之根和叶中表达量较低。其编码蛋白包含1个AP2结构域、1个B3结构域和1个PLC-X结构域,AP2/B3结构域和PLC-X结构域之间可能存在一个跨膜区;启动子元件分析表明,RAV/PLC基因可能与光应答及激素应答相关;String软件预测RAV/PLC基因可能与MYB103、WRKY49、ABI5、DXS2存在功能关联;KEGG分析表明,该基因主要与RAV转录因子信号通路有关;同时利用同源建模方法获得了RAV/PLC的完整三维模型。【结论】通过对RAV/PLC基因结构和蛋白功能预测,为该基因克隆及参与信号通路分析提供参考。 相似文献
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根据GenBank中公布的雪貂(登录号:EF405957)、大熊猫(登录号:XM_002930310)、家犬(登录号:CFU42219)及猫(登录号:AY959314)的酪氨酸酶(tyrosinase, TYR)基因DNA序列保守区域,设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定了短毛黑水貂、红眼白水貂和米黄色水貂的TYR基因外显子1部分序列,并对该序列进行了BLAST鉴定及变异位点分析,基于该基因编码氨基酸序列构建了16个物种的系统进化树。结果表明,测定的3种毛色水貂TYR基因序列长度均为796 bp,包括795 bp的外显子1和1 bp 5'UTR,共检测到5个单一突变位点:g.A34G、g.T138A、g.T248C、g.A545G和g.C765A,包含4个错义突变:g.A34G(p.Ser12Gly)、g.T248C(p.Val83Ala)、g.A545G(p.Tyr182Cys)和g.C765A(p.His255Gln),1个移码突变分别出现在短毛黑水貂和红眼白水貂个体间:g.T138A(p.Cys46*),获得TYR基因GenBank登录号分别为:短毛黑水貂(KJ198847)、红眼白水貂(KJ658343)和米黄色水貂(KJ152769)。水貂与雪貂、大熊猫、家犬、猫、家兔、猪、羊驼、山羊、绵羊、牛、人、猕猴、黑猩猩、原鸡和日本鹌鹑的TYR基因核苷酸序列同源性为72.8%~98.6%,相应氨基酸序列同源性为75.0%~98.1%。TYR基因分子进化树显示水貂与雪貂遗传关系最近,分化时间约为1000万年前,且与原鸡和日本鹌鹑亲缘关系最远。该结果为进一步开展TYR基因多态性与水貂毛色表型的相关性研究奠定了生物信息学基础。 相似文献
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苹果果实发酵液对草莓防御酶系活性及抗病性的影响 总被引:4,自引:1,他引:3
摘 要:【研究目的】探讨苹果果实发酵液诱导草莓对灰霉病产生抗性的作用。【方法】用四个处理喷施草莓,5天后接种灰霉病病菌,接菌6d后测定不同处理草莓的抗病性和防御酶系的活性,同时测定过氧化物酶、多酚氧化酶及β-1,3-葡聚糖酶在接种后12d内的动态活性变化。【结果】Tr2处理后,草莓的抗病指数达到34.6%,显著高于对照,其他处理差异不显著。喷施Tr1、Tr2、Tr3可使POD、 PPO酶活性高于对照,β-1,3-葡聚糖酶活性较早出现。【结论】苹果果实发酵液100倍稀释液和0.02mol/mL水杨酸混合喷施诱导草莓对灰霉病产生抗性效果较好,单独喷施苹果果实发酵液100倍液效果不明显。 相似文献
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为全面评估养殖和野生双齿围沙蚕(Perinereis aibuhitensis)作为亲虾饵料的营养价值和安全性,本研究分别对山东沿海养殖和野生双齿围沙蚕的基本营养成分、氨基酸和脂肪酸含量、常见重金属含量和白斑综合征病毒(WSSV)及对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)携带情况进行了检测和对比分析。结果表明,养殖沙蚕的脂肪含量显著高于野生沙蚕中含量(P0.05),粗蛋白、水分、灰分含量无显著性差异(P0.05);两种沙蚕中的对虾必需氨基酸/总氨基酸(EAA/TAA)均在40%左右,对虾必需氨基酸/非必需氨基酸(EAA/NEAA)均在60%以上,符合FAO/WHO关于高品质蛋白的标准,依据两组沙蚕的氨基酸评分(AAS)和化学评分(CS),养殖沙蚕的第一限制氨基酸含量高于野生沙蚕含量;养殖沙蚕的不饱和脂肪酸(UFA)和高度不饱和脂肪酸(HUFA)的含量分别为(66.15±3.77)%和(54.11±2.58)%,均显著高于野生沙蚕的含量[(56.13±6.60)%、(43.28±5.50)%](P0.05);对常见重金属铬(Cr)、铜(Cu)、镉(Cd)、铅(Pb)、砷(As)、汞(Hg)的检测发现,养殖沙蚕重金属的含量明显低于野生沙蚕的含量(P0.05),且野生沙蚕中As的含量严重超标;在对虾常见携带病毒WSSV和IHHNV检测中,养殖沙蚕均呈现阴性,而野生沙蚕IHHNV呈现阴性,WSSV呈现阳性,说明野生沙蚕可能携带WSSV。从营养价值、饵料安全性以及生态环境保护角度考虑,养殖双齿围沙蚕作为亲虾饵料的效果明显优于野生双齿围沙蚕。 相似文献
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2008年4月是棉花的适宜播期,而我镇在这段时间内气温偏低,并且出现了大风阴雨天气。按照棉花生理学特征,在这种低温大风天气下,保证播下种的棉花能正常出苗,是绝对不可能的。但是我镇部分农户使用锦华种衣剂包衣的棉种不但未发生烂种、烂芽,反而出苗率和保苗株数都比往年提高,达到一播全苗。这次用锦华种衣剂处理棉种后的出苗效果,使农户看到了实效,效果好才是硬道理。我相信我们全连今后将会大面积推广使用。 相似文献