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【目的】对7个柑橘衰退病毒(CTV)株系进行遗传变异研究,明确寄主甜橙和柚中CTV强弱毒株系p20的变异水平。【方法】运用RT-PCR、克隆及测序等技术建立CTV p20种群,并借助MEGA6构建单倍型系统发育树,运用软件DNAStar对两种寄主中CTV强弱毒种群的遗传结构、变异水平进行分析,运用DnaSP软件对各种群进行单倍型多样性、核苷酸多样性分析和中性检验分析。【结果】构建了7个CTV p20种群,由162条序列构成,包含11个单倍型,单个种群有1个或更多单倍型出现。序列分析发现,来自不同种群的单倍型对应的原始核苷酸序列一致性为88.2%—100.0%,对应的氨基酸序列的一致性为92.3%—100.0%,最低的氨基酸序列一致性发生在CT23-1和CT9-2之间;其中单倍型PeraIAC-4、CT22和CT9-1共有50条序列,对应的原始核苷酸序列一致性为100.0%,属优势单倍型,与标准株系T36亲缘关系较近;单倍型多样性最丰富的是甜橙种群PeraIAC,单倍型多样性为0.800,而单倍型多样性最低的是柚种群CT22,单倍型多样性为0.170;相比柚种群的单倍型多样性(0.170—0.552)和核苷酸多样性(0.00032—0.05919),甜橙种群具有更为丰富的单倍型多样性(0.513—0.800)和核苷酸多样性(0.04208—0.05677)。系统发育树分析表明,来自甜橙的分离株种群结构复杂,甜橙种群中检测到的单倍型与标准株系T30、T36、VT和T3均有相关性;与标准株系T3相距很近的CT31-2与优势单倍型在系统发育树上距离最远,对应的原始核苷酸序列一致性仅为88.3%。中性检验结果表明,CTV甜橙种群趋于平衡或收缩状态,而CTV柚种群除CT23外则趋于扩张状态;其中TR-514Y、CT31和CT23种群的Tajima’s D值、Fu和Li’s D*值以及Fu和Li’s F*值均为正值且达到显著水平,而CT9种群的Tajima’s D值、Fu和Li’s D*值以及Fu和Li’s F*值均为负值且达到显著水平。运用DnaSP软件对各种群进行重组分析表明,在各种群中均未检测到重组事件发生。种群变异分析发现,各种群突变克隆百分比在0—30.8%,碱基突变频率在0—7.706×10~(-4),其中CTV甜橙强毒种群有最高的突变克隆百分比(30.8%),最高的碱基突变频率(7.706×10~(-4)),最多的碱基突变数量(11个)和最多的突变位点(7个);CTV甜橙弱毒种群的突变克隆百分比和碱基突变频率均明显低于甜橙强毒种群,CTV柚弱毒种群的突变克隆百分比和碱基突变频率略低于柚强毒种群。碱基突变类型分析发现碱基突变以碱基替代为主,其中A→G突变为优势类型,仅在柚强毒种群CT3的156和157位点间检测到一个碱基插入突变类型,为碱基A插入,未检测到碱基缺失突变类型。【结论】在寄主甜橙和柚中CTV强弱毒p20种群结构及变异存在差异,CTV甜橙种群有着更复杂的种群结构和更高的种群变异水平,且CTV强毒种群变异更大。 相似文献
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马传染性贫血病毒(EIAV)的毒株DLV是EIAV驴强毒株DV在驴白细胞中传代125代减毒而成.为阐明EIAV 疫苗致弱及作用机理,本研究克隆和分析了减毒过程中第61代毒前病毒基因组DNA.以该代次毒基因组DNA为模板,设计了特异性引物,进行3次LA-PCR(Long accurate PCR)扩增,均获得了7941 bp的DNA片段,并将PCR产物克隆至pMD18-T载体.经PCR鉴定、酶切鉴定及核酸序列测定,得到了16株DLV第61代的全基因组克隆及其基因组核苷酸序列.根据所测序列,对该基因组中各主要基因序列的多样性以及与已发表的我国EIAV强毒辽宁株LV和疫苗株DLV等的相应序列进行了比较分析.本研究结果为进一步探讨马传贫疫苗的致弱机理及免疫保护机制提供了有益的参考数据. 相似文献
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从采自贵州感染了啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid, HSVd)的柑桔植株中抽提总核酸,通过一对鉴别引物,经RT-PCR扩增初步筛选出柑桔木质陷孔病类病毒(Citrus cachexia viroid, CCaVd)。扩增该类病毒的全长核苷酸片段,通过克隆和测序,结果发现,该片段全长298bp,与GenBank中报道的木质陷孔病类病毒分离物同源性达到96%以上。这是中国发生的木质陷孔病类病毒的分子生物学特征的首次报道。 相似文献
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立体视觉技术在森林资源调查中的应用 总被引:4,自引:0,他引:4
将立体视觉应用于森林资源调查是一种全新的手段 ,能高效地对样地进行调查 ,并且为高分辨率遥感图像提供一种获取林分调查因子的技术 .该文从林业环境的实际情况出发 ,探索立体视觉技术应用于森林资源调查的可行技术路线 .针对树干边缘的特点 ,提出了Canny算子检测的树干边缘和外极线约束下、交互式的区域相关立体匹配策略 .采用在中国林业科学研究院院内树林中FUJIFILMFinePix 6 90 0Zoom数码相机拍摄的立体图像对 ,实现了立体视觉技术测量树木点位和胸径 ,并估计了在实验条件下的量测精度 . 相似文献
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研究铜离子胁迫对嗜铁钩端螺旋菌ML-04生理特性的影响.以野生菌嗜铁钩端螺旋菌ML-04和驯化菌嗜铁钩端螺旋菌ML-04-ADP为材料,比较吸附及胞内的总铜含量,驯化菌对闪锌矿的吸附率、zeta电位、傅立叶变换红外光谱、疏水性和氨基酸组成的影响.结果表明:初始时,驯化菌吸附及胞内总铜含量明显高于野生菌,在0.5 mol·L-1CuSO4培养基中培养lh后.驯化菌增加的铜也远比野生菌多,当将驯化菌放入到无铜培养基中培养1h后.总铜含量又显著减少:驯化菌对闪锌矿的吸附率提高了20.76%,驯化菌的等电点从野生菌的4.0提高到5.0.FT-IR结果表明,驯化菌表面产生了更多的蛋白物质.疏水性增强:正十六烷一9K培养基两相分层试验表明,驯化菌和野生菌水相中菌体的数量分别减少了14%和2%:氨基酸组成分析表明,两株菌的蛋白在种类上是有差别的.在高浓度铜离子环境下,驯化菌表面产生更多的蛋白物质,使细菌的疏水性增强.细胞表面的电荷数和等电点发生变化.在pH值2.0时,驯化菌表面带的正电荷大于野生菌,此时闪锌矿带负电荷.静电引力和疏水性的共同作用使驯化菌?闪锌矿的吸附能力大于野生菌对闪锌矿的吸附能力. 相似文献
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