拷贝数变异的研究方法及其在畜禽中的研究进展

拷贝数变异(copy number variation,CNV)是近年来发展起来的和SNP互补的一种重要的基因组遗传变异形式。它不仅与畜禽的疾病及发育异常有关,还与许多体型外貌特征及经济重要性状相关联。联合使用SNP和CNV这两种遗传标记,将为深入理解畜禽复杂性状的分子机制和遗传基础提供新的思路,并在标记辅助育种中有着广阔的应用前景。全基因组范围内的CNV研究的技术方法主要有比较基因组杂交芯片(CGH)、高密度SNP分型芯片及基于近年来正在兴起的新一代测序技术的全基因组重测序,对于已经检测出的CNV,根据序列特点可以采用基于PCR和杂交的技术方法对其基因型进行判定。2008年以来,利用CGH芯片、高密度SNP芯片和新一代测序等技术对畜禽的基因组CNV开展了一系列研究。本文综述了目前全基因组范围内CNV检测方法及特定CNV的分型方法,并列举了CNV在畜禽中的所取得的一系列研究进展,为从事同类研究的人员提供一定的参考资料。     

性别对配套系商品猪生长性能及胴体肉品质影响

选择体重30 kg左右的杂交商品猪92头,公猪去势,母猪不去势,研究性别对猪只生长肥育性能、胴体性能和肉品质的影响。结果表明:公猪组与母猪组相比,30~100 kg期内增重和平均日增重分别提高5.86%(P<0.01)和6.87%(P<0.01);平均背膘厚和皮脂率分别提高27.76%(P<0.01)和20.46%(P<0.01);大理石纹评分和肌内脂肪分别提高11.56%(P<0.05)和7.25%(P>0.05)。母猪组与公猪组相比,眼肌面积增加20.51%(P<0.01);瘦肉率提高5.32个百分点(P<0.01);熟肉率提高1.10%(P>0.05)。性别对猪只的生长肥育性能和胴体性能有显著的影响,对肉质的影响不明显。     

不同性别烟台黑猪肥育性能及胴体肉品质比较

研究测定了不同性别烟台黑猪的生长肥育性能、胴体性能及肉品质.结果表明,生长性能以烟台黑猪阉公猪较高,平均日增重比烟台黑猪母猪提高9.42％(P＞0.05);不同性别烟台黑猪的胴体性能和肉质性状除骨骼率和肌肉蛋白质含量差异显著外,其他指标差异不显著.其中,骨骼率以烟台黑猪母猪最高,比烟台黑猪阉公猪提高9.88％(P＜0.05);肌肉蛋白质含量都以烟台黑猪阉公猪较高,比烟台黑猪母猪提高3.11％(P＜0.05).背最长肌17种氨基酸中除苏氨酸、异亮氨酸和亮氨酸含量组间差异显著外,其他14种氨基酸差异不显著.其中,烟台黑猪阉公猪苏氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、氨基酸总量、鲜味氨基酸含量、必需氨基酸含量和必需氨基酸占总氨基酸的比例分别比烟台黑猪母猪提高6.96％ (P＜0.05)、4.67％ (P＜0.05)、5.88％(P＜0.05)、3.36％ (P＞0.05)、2.23％ (P＞0.05)、4.32％(P＞0.05)、0.92％(P＞0.05);4种脂肪酸含量组间差异不显著.     

ZFD专门化品系猪主要选育性状相关分析*

 试验应用SPSS150软件的Canonical correlation模块的Cancorr程序对247头ZFD专门化品系猪主要选育性状进行典型相关分析,筛选起主要作用的性状,以更有效指导育种工作。ZFD专门化品系猪的主要选育性状典型相关分析结果表明：体重性状、体尺性状、100kg体重校正日龄和背膘厚3组性状间均存在较强相关。体重性状与体尺性状间、体重性状与100kg体重校正日龄和背膘厚间的第一典型相关系数均达极显著相关水平(P＜0.01),分别为0.891和0.925,占总相关的95.90%和99.00%;体尺性状与100kg体重校正日龄和背膘厚间的第一、二典型相关系数均达显著相关(P＜0.05),第一典型相关系数为0.841,占总相关的96.09%。分析表明,12项选育性状中6月龄体重、6月龄体长、胸围、100kg体重校正日龄起主要作用。     

不同屠宰体重鲁农Ⅱ号猪屠宰性能与肉质性状的相关分析

研究测定94-108 kg体重阶段28头鲁农Ⅱ号猪的胴体品质和肉质特性,以分析鲁农Ⅱ号猪胴体、肌肉品质随体重的变化规律及其相关程度,为确定适宜上市屠宰体重提供依据.结果表明,鲁农Ⅱ号猪在98-100 kg阶段屠宰瘦肉率最高为61.63%,分别比其它3组(94～96kg组、102～104 kg组、106～108 kg组)提高0.75%(P>0.05)、2.32%(P>0.05)和3.37%(P>0.05).在102～104 kg阶段屠宰肉品质优良,肌肉pH值6.10,肉色和大理石纹评分分别为3.14和3.50,肌内脂肪含量较高为3.21%,肌肉失水率较低为15.95%.胴体和肉质性状间相关程度有强有弱,相关系数有正有负.相同性状间有较强的正相关,相反性状间有较强的负相关.在94～108 kg阶段,除胴体重、平均背膘厚、骨骼率、大理石纹、肌内脂肪、蛋白质与体重之间呈极显著或显著的回归关系外,其它各项指标与体重间的线性相关不明显.综合分析试验结果认为,鲁农Ⅱ号猪配套系商品猪适宜上市屠宰体重为100～104 kg.     

莱芜猪肉质特性研究

为研究莱芜猪的优良肉质特性,本试验以生长速度快、肉质欠佳的杜洛克和大约克做对照,结果表明:莱芜猪肌肉嫩度、肌内脂肪含量、肌肉鲜味氨基酸、必需氨基酸、饱和脂肪酸和单不饱和脂肪酸显著高于杜洛克和大约克,而莱芜猪肌纤维直径和系水率则显著减少.     

杜洛克猪专门化品系选育研究

杜洛克猪专门化品系是以丹系杜洛克为育种素材,采用不完全闲锁的群体继代选育法,运用最佳线性无偏估计（BLUP）法、综合选择指数和分子标记辅助选择（MAS）等育种新方法,主选日增重和活体背膘厚等性状。经5个世代选育,产仔数达10．48头,产活仔数9．85头;肥育期日增重831g,料重比2．55：1,活体背膘厚11．83mm;瘦肉率69．5％,肌内脂肪为2．95％,主选性状全面达到或超过育种目标,成功培育了一个高性能的专门化父本新品系（ZFD系）。     

芯片和重测序在猪遗传结构研究中的应用比较

旨在比较芯片与测序SNP分型技术、标记密度对遗传多样性、系统发生树和近交系数等分析结果的影响，探讨遗传结构分析中低成本、高效的分型方法和适宜的SNP密度。本研究以35头枣庄黑盖猪的CAUPorcineSNP50芯片数据和重测序数据为基础，以重测序数据为“原材料”构建了随机34K、均匀34K、均匀340K和均匀3 400K 4个SNP面板，利用CAUPorcineSNP50芯片和各SNP面板的SNP标记分析了枣庄黑盖猪的遗传多样性、系统发生树和基因组近交系数。结果表明：1)利用芯片SNP标记分析的观察杂合度(observed heterozygosity,H_O)(0.385 9 vs. 0.320 0～0.324 1)、期望杂合度(expected heterozygosity,H_E)(0.381 3 vs. 0.333 5～0.334 6)、遗传距离(0.305 7 vs. 0.279 8～0.280 6)等遗传多样性指标值均高于各测序SNP面板，利用芯片SNP标记构建的系统发生树与各测序SNP面板存在较大不同，这可能是由于芯片设计中倾向于选...     

杜长大商品猪胴体性能及肉品质测定

研究测定了杜长大商品猪的胴体性能及肉品质。结果表明,试验猪的胴体瘦肉率较高为65.82%,肉色和大理石纹评分分别为3.50和3.05,背最长肌中鲜味氨基酸含量占总氨基酸比例及不饱和脂肪酸含量都较高,分别为79.18%和57.52%。     

枣庄黑盖猪亲缘关系分析及分子系谱构建

枣庄黑盖猪核心群种猪主要从不同农户搜集而来,个体之间亲缘信息不详。该研究利用全基因组范围内高密度的SNP标记,对枣庄黑盖猪核心群进行亲缘关系分析和分子系谱构建。结果表明,枣庄黑盖猪个体对亲缘系数分布很不均匀,部分个体对的亲缘系数较大,选配时需要格外注意避开。基于系统发生树和公猪的分布情况,把枣庄黑盖猪划分成8个家系。家系内个体对亲缘系数(0.140 0～0.340 7)明显大于群体内个体对亲缘系数(0.103 2),特别是家系4(0.340 7)和家系1(0.323 6)的亲缘系数较高。制定配种计划时,应让不同家系间个体交配,避免同一家系内的个体交配。文章从基因组水平揭示了枣庄黑盖猪群体结构、构建了分子系谱,为枣庄黑盖猪种群保护及下一步选育利用提供了分子水平的参考。