京海黄鸡IGF-Ⅰ基因TaiⅠ位点多态性及其与部分生产性能的相关性

本研究旨在检测京海黄鸡胰岛素样生长因子(IGF-Ⅰ)基因5'非翻译区TaiⅠ位点多态性及其与京海黄鸡母鸡生产性状的相关性,为分子标记辅助选择提供相应依据。以京海黄鸡为研究对象,采用PCR-RFLP技术对京海黄鸡IGF-Ⅰ基因TaiⅠ酶切位点进行多态性检测,用最小二乘法分析基因型与京海黄鸡生长及部分产蛋性状。结果显示:在5'UTR(EF488284)的67 bp位置发生A→G的突变,产生3种基因型,CC、CD和DD,京海黄鸡公母鸡等位基因C频率分别为0.647和0.493。经χ2检验,京海黄鸡母鸡在TaiⅠ位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(χ2<χ2 0.05(1)),而公鸡不处于Hardy-Weinberg平衡状态(χ2>χ2 0.05(1))。在京海黄鸡母鸡群体中CC型在8、16周龄以及300日龄体重中均高于CD型和DD型,且CC型12周龄体重显著大于DD型(P<0.05)。可见等位基因C为影响京海黄鸡母鸡体重的优势基因。     

京海黄鸡LYZ基因SNPs检测及其与生长、产蛋性能的联系

旨在探讨溶菌酶(lysozyme,LYZ)基因与生长和产蛋性能的关系。本研究以京海黄鸡育种场培育的慢速J+和常速J-两个品系F2代育种群为试验材料,对鸡LYZ基因外显子进行了SNP检测,分析了LYZ基因与生长和产蛋性能的关系。结果,在京海黄鸡LYZ基因外显子1和2上发现了3个突变位点(G111A、T1426C、C1492T);统计分析表明,AA基因型个体12、16周龄体质量显著高于GG和GA基因型个体,开产日龄小于GG和GA基因型个体(P0.05);TT基因型个体4、8周龄体质量和开产体质量显著低于其他基因型个体,而TN基因型个体4、8周龄体质量和开产体质量显著高于其他基因型个体(P0.05);不同单倍型在4～16周龄体质量和开产体质量差异显著(P0.05);群体遗传学分析表明,3个突变位点的基因型在两品系间差异显著(P≤0.05)。初步推断鸡LYZ基因可能是控制京海黄鸡生长发育的主基因或与主基因紧密连锁。     

京海黄鸡连续3个世代类胰岛素样生长因子-Ⅰ外显子3的多态性研究

以7、8、9世代京海黄鸡母鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术对IGF-Ⅰ基因外显子3多态位点进行研究,并计算基因型、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,A等位基因随着世代数的增加不断减少;3个世代之间基因型分布达到显著(P＜0.05)或极显著(P＜0.01)差异;遗传杂合度随世代数的增加而升高;该位点3个世代均为中度多态。初步推断选留的确对IGF-Ⅰ基因31位点造成了影响,该位点可应用于育种实践中。     

京海黄鸡IGFBP-3基因外显子1和内含子1部分序列多态性及其与生长繁殖性状的相关性

以京海黄鸡母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对IGFBP-3基因外显子1及内含子1部分序列多态位点进行研究,并计算基因型频率、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,在外显子1上没有检测到多态位点,在内含子1上检测到1个多态位点,该位点为中度多态,在160 bp处发生T到G的突变,导致BB、AB型的56日龄体重显著大于AA型(P＜0.05),AA型的11月产蛋数显著大于BB、AB型(P＜0.05)。由此初步推断,内含子1对产蛋及生长发育很可能有一定的促进作用,A为产蛋的优势基因,B为体重的优势基因。     

26岁女大学生毕业不当大学教师 回家养生态鳖

很多大学女生都向往留校工作或当公务员,可这名26岁女生毕业直接留校工作不到半年,就主动提出辞职,原因是工作没有挑战性。而她选择的是回老家养生态鳖,要在生态农业上闯出自己的职场新天地。     

鸡IGF-Ⅰ基因5′非翻译区TrulⅠ、TaiⅠ多态位点的发现

研究采用测序和PCR-RFLP技术对京海黄鸡、AA鸡和尤溪麻鸡IGF-Ⅰ基因5′非翻译区(EF488284)进行多态性检测。结果表明:在5′非翻译区共发生2个SNP突变位点。43bp位置发生A→G的突变导致TurlⅠ酶切位点发生改变,67bp位置发生A→G的突变导致TaiⅠ酶切位点发生改变。PCR-RFLP结果显示2个突变位点完全连锁,产生AA/CC、AB/CD和BB/DD3种基因型。等位基因和基因型在3个品种中分布不一致,AA鸡为纯合型(AA/CC),在京海黄鸡和尤溪麻鸡中出现3种基因型,可以作为新的标记位点进一步研究。     

苏尼特羊全基因组选择信号检测

【目的】选择信号是物种在进化过程中,经历长期的自然和人工选择在基因组上所留下的印迹。选择信号检测不仅能反映选择对品种培育的作用,还可以作为重要经济性状QTL定位的一个有效方法。苏尼特羊是中国内蒙古地区一个优良的地方绵羊品种,适应于恶劣的戈壁自然环境条件。对苏尼特羊全基因组选择信号检测,不仅能够寻找受正向选择（positive selection）相关的候选基因,揭示重要经济性状的遗传机制,还能为苏尼特羊品种培育过程中受正向选择的性状所经历过长期的人工选育提供遗传学证据。【方法】基于Illumina Ovine SNP50K芯片利用基于单倍型信息的单倍型积分值（integrated haplotype score, iHS）方法对苏尼特羊进行全基因组选择信号检测。首先对SNP芯片数据进行经过质控和单倍型推断后,共剩余42 616个SNP标记用于连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）分析和单倍型推断。然后按照祖先等位基因信息进一步筛选后得到30 537个SNP标记估计用于选择信号检测iHS值,并再以500kb长度作为为一个窗口进行划分一个选择区段,计算窗口内iHS均值,然后进行显著性检验。对具有显著|iHS|值的选择区段基因组区域进行基因注释,并对所检测的候选基因进行GO富集分析。【结果】构建了苏尼特羊的连锁不平衡衰减图谱,发现LD值随着两标记间距离的增大而减小,但也发现某些远距离标记之间存在较高水平的连锁不平衡。通过iHS方法在全基因组范围内共检测到204个具有选择信号的基因组区段,这些区段内与845个候选基因紧密相关。其中有与绵羊角的缺失相关的RXFP2基因,调控一系列控制绵羊毛色基因的ASIP,参与机体神经系统发育的HTR4和SOX10,与胚胎时期神经嵴发育密切相关的SOX10,可以激活骨调控中转录因子12进而调节骨骼发育的E2F2,对骨骼与肌肉的发育和形成相关的PLA2G6,促进核糖体蛋白合成的RPL7基因,与绵羊肺气肿相关性的POL,以及调节机体的先天性免疫功能和适应性免疫应答反应的MATR3。此外,还包括与神经系统发育和疾病相关的ZWINT、PPP1R1B、GPR98、LUC7L3、CAPZA1和MYT1L等。通过生物信息学分析发现与生物学过程相关的有24个GO条目、分子功能相关的有4个GO条目,和细胞组分相关的有3个GO条目。这些GO条目主要与蛋白质合成、大分子物质代谢降解过程和蛋白质的靶向运输、分子活性和核糖体组分以及在核糖体亚基相关。【结论】构建了第一张中国绵羊品种的连锁不平衡图谱和全基因组选择信号图谱。在全基因组范围内检测到与选择相关的重要经济性状的候选基因,其中部分候选基因在绵羊驯化过程中具有非常重要的意义,为进一步了解绵羊的人工选择过程提供了重要的参考依据,也为中国绵羊品种的培育提供了理论基础。     

乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58; GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ²适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25),其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT 为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6 种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05）,在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。     

绵羊PDGF-D基因多态性与尾型的关联

旨在研究血小板源性生长因子-D(platelet-derived growth factor-D, PDGF-D)与绵羊尾型的关系,寻找可用的分子标记,同时对前期的研究结果进行验证。本研究在533只绵羊(湖羊、藏羊、杜泊×湖羊杂交羊)试验群体中,选取藏羊、湖羊两个品种各30个个体的血液样本,等量混合分别构建两个DNA混池,对PDGF-D基因的外显子及其上下游1 000 bp扩增,目的片段测序分析后,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点进行基因分型,Haploview4.1软件对突变位点进行连锁不平衡分析,使用SPSS19.0软件对PDGF-D基因SNP位点与尾型性状进行关联分析。结果显示,在PDGF-D基因及其上下游1 000 bp共找到6个突变位点,其中rs5、rs27、rs28与尾长、尾宽及尾周长均相关,rs6、rs19仅与尾长相关,rs13与尾宽、尾周长均显著相关(P<0.05)。连锁不平衡分析结果表明,rs6～rs13之间存在强连锁;组合基因型与尾型关联分析结果显示,CCGG型个体无论是在尾长、尾宽还是在尾周长上,其平均值均显著(P<0.05)或者极显著(P<0.01)低于其他组合基因型,但在群体中的数量较少。结果表明,PDGF-D基因对绵羊的尾型有着较为显著的影响,其SNP位点作为分子标记对于绵羊尾型选育工作有着一定的指导意义,可考虑将CCGG型作为筛选小尾绵羊的潜在分子标记,但是该基因型个体在群体中所占的比重较小,可适当增强人工选育以扩大数目。     

不同鸡种TLR1和TLR2基因SNP检测分析

本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。