UCP基因多态性及与黑安格斯牛生长性状的关联分析

解偶联蛋白(uncoupling protein,UCP)在动物机体能量代谢和脂类代谢方面发挥着重要作用。为探讨UCP2和UCP3基因作为黑安格斯牛生长性状候选基因的可能性,及寻找与黑安格斯牛生长性状相关的分子标记,本研究以宁夏地区739头黑安格斯牛(Bos taurus)为研究对象,利用Sequenom SNP分型技术,对UCP2和UCP3基因进行SNP分型,研究其多态性,并分析其多态位点不同基因型与黑安格斯牛生长性状的关联性。通过遗传多态性分析发现,4个SNPs(UCP2-655、UCP3-5465、UCP3-7921和UCP3-8018)均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),除UCP2-655位点属于中度多态外(0.25PIC0.5),其余3个位点均属于低度多态(PIC0.25);利用Popgene32软件对4个位点的等位基因频率和基因型频率进行分析发现,UCP2-655位点优势等位基因A的频率为0.809;UCP3-5465位点优势等位基因G的频率为0.907;UCP3-7921位点优势等位基因G的频率为0.978;UCP3-8018位点优势等位基因C的频率为0.978;关联性分析结果表明,在本实验群体中,UCP3-5465位点对黑安格斯牛管围的效应达到显著水平(P0.05),GG型个体均值在管围方面显著高于AA型和AG型个体均值。UCP3-7921位点和UCP3-8018位点对黑安格斯牛体重的效应均达到显著水平(P0.05),UCP3-7921位点GG型个体均值在体重方面显著高于GC型个体均值,UCP3-8018位点CC型个体均值在体重方面显著高于CT型个体均值。综上,UCP3基因对黑安格斯牛部分体尺性状有显著影响,可以尝试将UCP3基因作为影响黑安格斯牛生长性状的主效基因,为黑安格斯牛选育工作提供理论依据。     

奶牛A2型β-酪蛋白基因多态性及其与产奶性状、乳房性状育种值的关联分析

为了探讨A2型β-酪蛋白基因作为中国荷斯坦奶牛产奶性状和乳房性状候选基因的可能性,试验以467头中国荷斯坦奶牛为研究对象,采集血液样本,采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)方法对宁夏地区荷斯坦奶牛A2型β-酪蛋白基因多态性进行研究,并与奶牛产奶性状和乳房性状育种值进行关联分析。结果表明：从467头中国荷斯坦奶牛中共检测到2种A2型β-酪蛋白等位基因A1和A2,3种基因型A1A1、A1A2和A2A2。中国荷斯坦奶牛A2型β-酪蛋白基因未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),呈中度多态(0.25相似文献   

宁夏地区安格斯牛育种目标性状确定及边际效益分析

旨在确定安格斯牛的育种目标性状及其相对经济重要性.本研究结合现有的育种和生产条件,利用差额法计算安格斯牛生长发育性状、繁殖性状和胴体性状的边际效益,确定各性状的相对经济重要性,并分析市场价格变化对目标性状边际效益的敏感性.结果表明:1)确定的3类安格斯牛育种目标性状中,生长发育性状,繁殖性状和胴体性状的相对经济重要性之...     

静原鸡AK1基因序列分析及真核表达载体的构建

目的 探究宁夏地方品种静原鸡前期转录组测序筛选出的AK1基因编码蛋白的结构与功能,构建其真核表达载体。方法 根据GenBank上已公布的原鸡AK1基因序列,针对其CDS区设计特异性引物,通过克隆测序对AK1基因CDS区SNPs进行快速筛查,构建AK1基因的真核表达载体,并进行编码区生物信息学功能分析。结果 AK1基因编码区全长585 bp,编码194个氨基酸;AK1蛋白无跨膜结构域,存在2个CpG岛,18个磷酸化位点,10个抗原表位,为稳定的水溶性蛋白,空间结构以α–螺旋和无规则卷曲为主。亚细胞定位结果显示,AK1蛋白主要位于细胞质内;GO富集分析发现,AK1基因同样富集在细胞质中,与亚细胞定位结果一致。基因共表达分析发现,在与AK1互作的基因中,AK1与AMPD1、PKM2基因存在共表达,共表达系数分别为0.116和0.063。成功构建出AK1-pEGFP-N1载体。结论 该研究结果为后续AK1蛋白功能以及AK1作为肌苷酸相关基因的深入研究提供了科学依据。     

陇东肉牛PON1基因结构与功能的生物信息学分析

为阐明陇东肉牛对氧磷酶1(paraoxonase 1,PON1)基因的结构与功能,本研究运用PCR扩增陇东肉牛PON1基因所有外显子序列并测序,通过Seqman软件完成序列拼接,结合生物信息学方法预测和分析其碱基组成、开放阅读框及编码蛋白的理化性质、原子组成、氨基酸残基数、亲水性和疏水性、分子质量、等电点、二级结构、高级结构等。结果显示,陇东肉牛PON1基因CDS区序列全长1 068bp,编码355个氨基酸残基,其中数目最多的为亮氨酸(Leu),数目最少的为半胱氨酸和色氨酸(Cys和Trp)。碱基组成中A+T含量(56.55%)高于G+C含量(43.26%)。与GenBank中牛PON1基因序列(登录号:EU289337)比对分析发现,在PON1基因外显子4、6、8、9中存在突变,但均未导致氨基酸发生变化,为同义突变。PON1蛋白的原子组成是C1810H2796N454O533S12,分子质量为39.83ku,理论等电点为5.24,为稳定的水溶性蛋白质。PON1蛋白二级结构中无规则卷曲、延展链、α-螺旋和β-转角分别由159、116、55和25个氨基酸构成,最终形成了以无规则卷曲和延展链为主的混合型。PON1蛋白的疏水性结果表明,第8位苏氨酸(Thr)疏水性最强(最高分值2.878),第299位脯氨酸(Pro)亲水性最强(最低分值-2.222)。本试验结果为深入研究陇东肉牛PON1蛋白功能及探讨PON1基因突变对甘肃地方肉牛胴体、肉质性状的影响奠定基础。     

静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究

为确定静原鸡ELOVL5基因遗传变异位点,探讨其遗传特性,本研究利用单链构象多态性分析(PCR-SSCP)及DNA测序技术对静原鸡ELOVL5基因进行多态性检测。结果表明,静原鸡ELOVL5基因exon2和exon5均无多态性;在intron2扩增片段上共检测到1个SNP位点(g.88620433+1683G>A),其表现为2种基因型(AA、AG)。其中AA为优势基因型,基因型频率为0.84,A为优势等位基因,基因频率为0.92。在248个静原鸡群体中未发现纯合GG型个体。群体遗传学分析表明,该位点纯合度较高(0.84),PIC为0.14(PIC<0.25),呈低度多态。卡方适合性检验结果表明,静原鸡ELOVL5基因intron2突变未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。综上,静原鸡ELOVL5基因intron2多态性较低,exon2和exon5未发生变异。     

奶牛乳脂代谢关键miRNAs的筛选及鉴定

旨在探究影响中国荷斯坦奶牛乳脂代谢过程的关键miRNAs及靶mRNAs。本研究选择泌乳中后期(150～220 d)的第一胎次且乳脂率具有极端差异的8头宁夏荷斯坦奶牛,根据乳脂率的差异分为两组：高乳脂组和低乳脂组,每组4个重复。采集8头奶牛的奶样分离乳腺上皮细胞,进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出差异表达miRNA-mRNA并与乳脂率进行相关性分析。通过实时荧光定量PCR验证miRNAs和mRNAs表达。结果表明,8个small RNA(sRNA)文库测序获得11 976 914～16 235 680的clean reads,占总raw reads的比例均在97%以上,Q30达到91%以上,sRNA片段长度主要分布在21～24 nt。在高乳脂组和低乳脂组间共鉴定了34个差异表达miRNAs(16个上调,18个下调)。GO和KEGG富集分析表明,差异表达miRNAs的靶基因在细胞内信号转导、单一生物体过程、激酶结合和磷酸转移酶活性等功能条目显著富集,并且显著富集到TNF信号传导途径、MAPK信号传导途径、Ras信号传导途径、Rap1信号通路和催产素信号传导途径等乳脂代谢相关通路。通过m...     

静原鸡ELOVL2基因内含子4多态性分析

为了明确静原鸡ELOVL2基因的遗传特性,试验采用PCR-SSCP技术对静原鸡ELOVL2基因内含子4遗传多样性进行检测。结果表明:在ELOVL2基因内含子4扩增片段上共检测到4种基因型、3种等位基因、2个SNPs位点。其中A和B为优势等位基因(0.47),基因型AB为优势基因型(0.42);静原鸡ELOVL2基因内含子4遗传纯合度与杂合度基本相同,且偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。说明静原鸡ELOVL2基因内含子4序列突变程度较高且呈中度多态,杂合子或纯合子无明显优势。     

静原鸡ELOVL2基因遗传多态性研究

为了探讨静原鸡极长链脂肪酸延伸酶蛋白2（elongation of very-long-chain fatty acids 2，ELOVL2）基因的遗传特性，确定核苷酸的变异位点，本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2基因进行多态性检测。结果显示，静原鸡ELOVL2基因外显子6无多态性，内含子2和6呈中度多态。在ELOVL2基因内含子2扩增片段上共检测到5种基因型：A₂A₂、B₂B₂、C₂C₂、D₂D₂和A₂C₂，4种等位基因：A₂、B₂、C₂和D₂，其中A₂为优势等位基因（0.62），A₂A₂基因型为优势基因型（0.54）；3个SNPs位点：g.63372228+4918G > A的转换、g.63372228+5024T > C的转换和g.63372228+4928C > A的颠换。在E2e6I6扩增片段上共检测到3种基因型：A₁A₁、B₁B₁和A₁B₁，2种等位基因：A₁和B₁，其中A₁为优势等位基因（0.67），A₁A₁基因型为优势基因型（0.54），等位基因B₁存在g.63388000+748G > C的颠换。群体遗传学分析发现，静原鸡ELOVL2基因内含子2、6遗传纯合度均较高，且偏离了Hardy-Weinberg平衡（P < 0.05）。本研究结果表明，静原鸡ELOVL2基因内含子2和6序列突变较高，且呈中度多态，表现出纯合子优势，外显子6上无突变。     

基于转录组测序挖掘奶牛乳脂代谢关键候选基因

旨在对高、低乳脂率奶牛乳腺上皮细胞(BMECs)转录组测序的mRNA表达谱数据进行深入分析,挖掘影响奶牛乳脂代谢的关键候选基因。本研究采用Illumina PE150方法对乳脂率具有极端差异的荷斯坦奶牛(高、低乳脂组各4头)的BMECs进行转录组测序,以P<0.05和|log₂FoldChange|≥1.5为阈值筛选差异表达基因,并利用KOBAS在线网址进行功能富集分析,最后通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析测序结果的准确性及乳脂代谢相关差异表达基因的组织表达谱。结果表明,在高、低乳脂组之间共发现578个差异表达基因,包括332个上调差异表达基因,246个下调差异表达基因。功能富集分析共确定了包含生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)的366个显著富集的GO条目(P<0.05),其中与脂代谢密切相关的GO条目有长链脂肪酸的运输、脂肪细胞分化的正向调节、乳腺肺泡发育、花生四烯酸的结合等。差异表达基因显著富集到47条KEGG通路(P<0.05),参与脂代谢的通路有15条,分别为脂肪细胞内脂解的调节、磷脂酶D信号通路、河马...