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[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。 相似文献
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随着工业化和城市化过程的加快,生活节奏的提速,越来越多的城市人选择了乡村旅游。我国的乡村旅游正处于快速发展时期。本文以山东省聊城市为例,重点介绍了聊城市发展乡村旅游条件、优势、现状以及发展模式,并对其发展过程中存在的问题进行了分析,提出了相应的可持续发展对策。 相似文献
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一、太子参的生长特性太子参是越年生植物,宿根性草本植物。具有15℃以下低温发芽特性,属秋季栽种,冬季生根,春季先开花,后长苗。较适宜温和、凉爽、湿润的气候,生长于500—800米海拔之间的低山地带,怕高温和阳光暴晒,一般年平均温度在10—20℃最适宜太子参的生长,气温超过30℃,植株生长停滞。二、栽培技术1.品种。目前,本区太子参栽培品种主要有2个:①柘参1号。叶片卵形,全缘,无波状;雄蕊数2枚或10枚;种根芽白色;块根纺锤形,淡黄色,较大;适合在海拨600米以上砂质壤土或新开垦地种植。该品种中感 相似文献
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1陆良县奶山羊发展中存在的问题1.1奶山羊良种覆盖率低,平均生产性能差根据2006年奶山羊普查,全县乳用羊只存栏72836只,占羊存栏数的50.2%。其中改良程度较高的31489只,占乳用羊的43.2%,杂交一代奶山羊38867只,占53.4%,圭山羊2480只,占3.4%。 相似文献
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根据林业技术专业需要,以培养学生的综合素质和专业实践技能为主线,从教学内容、教学方法与手段、实践教学和考核方法等方面进行了改革探索与实践,取得了较好的效果。 相似文献