福建省新发猪圆环病毒3型流行病学调查及遗传变异分析

猪圆环病毒3型(PCV3)是新发现的一种猪圆环病毒,该病毒可以引起猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、母猪繁殖障碍和全身多器官的炎症反应。为了解福建省PCV3流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律,本研究采集福建地区规模化猪场120份临床表现繁殖障碍和呼吸道疾病的组织样品,采用PCR方法对其进行PCV3检测。结果显示福建省猪场PCV3的感染率为12.5%。对福建省5株PCV3全基因组进行序列分析,结果显示,5株PCV3间核苷酸同源性为98.2%~99.6%,与国内PCV3分离株的核苷酸同源性为97.6%~100%,与美国分离株(PCV3-US/MO2015、PCV3-US/MN2016、PCV3-US/SD2016、PCV3 2164和PCV3 29160)的核苷酸同源性为97.8%~99.3%,而与PCV2的核苷酸同源性为43.8%~44.1%,与我国蝙蝠圆环病毒的核苷酸同源性为49.2%~51.1%。PCV3系统进化树结果显示,福建省5株PCV3处于3大亚群,1株属于3a亚群,1株属于3b亚群,3株属于3c亚群。其氨基酸序列分析显示PCV3 Cap蛋白比较保守,仅存在个别位点的氨基酸突变。本研究为福建省PCV3的分子流行病学、疫苗研究和有效防控提供实验依据。     

液体培养法与qPCR法对检测猪鼻支原体灵敏度比较

为了比较《中国药典》已收录但相当耗时的液体培养法和未收录但相对快速的荧光定量PCR(qPCR)法对支原体检测的灵敏度，试验分别在猪鼻支原体生长的对数期（48 h）、稳定期（96 h）和衰亡期（144 h）取样，将样品10倍系列稀释后，使用液体培养法和qPCR法对各个稀释度进行检测（两种方法的样品加入体积分别为0.5 mL和5μL），以比较二者的灵敏度。结果显示：在存活支原体占比高的对数期和稳定期，液体培养法比qPCR法的检测灵敏度高约100倍；而在死亡支原体占比大幅增加的衰亡期，结果则相反，qPCR法反而比液体培养法的检测灵敏度高约1 000倍。当把对数期样品高速离心浓缩约100倍后再用qPCR法检测，其检测灵敏度比浓缩之前提高了约100倍。上述结果表明：影响液体培养法和qPCR法相对灵敏度的主要因素是各自体系中不同的样品加入体积和样品中存活支原体的比例，而由于前一因素导致的两种方法灵敏度的差异，可以通过高速离心浓缩的方法缩小，使两种方法的相对灵敏度基本相同。     

基于全基因组分析2017—2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征

通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析，从而了解PRRSV流行情况及基因组特征，为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清，进行病毒分离鉴定，采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增，应用DNAstar 7.0软件进行序列分析，使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析，并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14 938～15 439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%～99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%～99%和59.8%～60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗...