转录组数据分析与功能基因挖掘

高通量测序技术的不断发展和应用,为挖掘重要功能基因提供了转录组分析方法,但如何利用海量测序数据准确、高效地挖掘功能基因,仍是转录组学分析方法研究的重要瓶颈。本文综述了RNA-seq数据质量控制与读段定位、基因组注释、转录本拼接、表达水平评估、差异表达分析等环节分析方法,比较了数据分析常用软件、算法和数据库等的性能和适用范围;同时,又综述了蛋白调控互作网络和加权基因共表达网络等差异表达基因的功能分析方法。转录组分析正在从只利用物种内信息挖掘差异基因,向引入其他物种参考系进行目标物种功能基因挖掘分析方向发展。结合同源基因预测候选基因法、选择信号法、极端数据法、GO注释和KEGG富集分析法及BSR-Seq(bulked segregant RNA-Seq)法等鉴定方法,使分析结果更加科学可靠。随着测序技术和数据分析方法不断进步、数据库资源不断完善,测序数据中隐含的基因表达调控和生命规律将会逐渐得到准确、深入揭示。     

环剥对火炬树克隆分株光合特性及生长状况的影响

以1a火炬树克隆分株为研究材料,采用人工环剥的方法(距地面10cm - 12cm,环剥宽度约为10cm)模拟平茬干扰处理,比较分析火炬树克隆分株的光合参数及形态生长指标的差异.结果表明:(1)环剥7d与同期对照相比,火炬树克隆分株的光合参数差异显著(P =0.042 ＜0.05),最大净光合速率下降68％,光补偿点升高129.8％,暗呼吸速率上升53.04％.(2)环剥处理7d,1a火炬树克隆分株的芽高、叶高分别降低50％和43.2％,前端水平侧根直径和后端水平侧根直径分别减少10.92％和7.96％.(3)环剥处理15d后,自环剥以上部位枝叶出现枯亡现象,而下部萌发新叶,1a火炬树克隆分株的净光合速率和表观量子效率等与同期对照相比,差异性不显著(P=0.498 ＞0.05),火炬树生理生长状况趋于正常.表明环剥对1a生火炬树克隆分株的抑制作用是暂时的.