山羊Agouti基因第1内含子T128缺失在中国主要地方山羊品种中的变异

Agouti基因在哺乳动物毛色形成过程中扮演着很重要的角色,通过对山羊Agouti基因序列测定发现第1内含子T128缺失位点,利用PCR-RFLP技术检测该位点在国内10个山羊品种中的多态性,并将其与毛色进行相关性分析。结果表明,T128位点存在2个等位基因A（不缺失）和B（缺失）,产生3种基因型AA、AB和BB,其中AB基因型在白色山羊品种中占优势（76.14%）,AA基因型在棕褐色山羊品种中频率较高（77.41%）,BB基因型是黑色山羊品种的优势基因型（87.92%）,推测该位点可能在山羊毛色形成过程中发挥一定作用。T128缺失位点在10个山羊品种的平均期望杂合度仅为0.471 8,基因流为0.319 0,遗传分化系数为0.439 3,表明这10个山羊群体间遗传分化程度较低,遗传多样性相对贫乏。     

牛、绵羊和山羊染色体同源性分析及山羊部分毛色候选基因染色体电子定位

旨在为牛科物种进化和山羊毛色基因染色体定位研究提供更多的理论依据.利用GOATMAP DATA-BASE和NCBI生物学数据库查询牛、山羊和绵羊常染色体上的标记,然后用Phylogenetic Computer Tools与进化树软件Phylip进行牛、绵羊和山羊染色体同源性分析;利用比较基因组学和生物信息学方法对山羊部分皮毛颜色候选基因进行定位.结果表明,山羊、牛和绵羊染色体具有较高的同源性,相应同源染色体间相似性系数在0.000 0～1.000 0;结果,山羊皮毛颜色候选基因Myo5a,Brca1、Sox10、Zic2、kit、Snai2、Wnt3a和Tyrp1分别电子定位于山羊10、17、5、12、6、14、7和8号染色体上.     

14个物种RPSA基因编码区生物信息学分析

采用生物信息学方法比较分析了大熊猫、牛、家犬、马、原鸡、人、猕猴、小家鼠、兔、绵羊、黑猩猩、毛猩猩、褐家鼠和野猪RPSA基因编码区(CDS)的遗传多样性,并对该基因编码的氨基酸序列、蛋白质二级结构和结构功能域进行预测和分析。结果表明,在来自14个物种的84条基因序列中检测到338个多态位点,共发现42种单倍型,物种间及物种内RPSA基因编码区存在较丰富的遗传多样性。RPSA基因编码蛋白质等电点均低于6,呈酸性;蛋白质二级结构的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,有一个保守结构域。     

强化生物统计课程实践教学,培养综合素质畜牧人才

生物统计是概率论和数理统计原理在生命科学研究中的应用,是一门应用数学,是畜牧专业学生能力培养的一门专业基础课。课程理论性和实践性并重,教学过程中应从课上案例教学、课后习题练习、计算机操作实验、课下文献阅读、实验内容考核等多环节强化学生实践能力,培养学生综合素质。     

独立样本t检验的Excel和SPSS分析

以独立样本t检验的Excel和SPSS分析为例，解释说明随机设计两样本数据的推断分析过程，以试验研究中两个处理的比较分析结果来解决实际的问题。针对两独立样本t检验来说，运用Excel工具所得的数据结果更加的完整和准确但是操作复杂，运用SPSS工具操作简单方便但是数据却没有Excel所得出的精准，由此说明，采用独立样本t检验的Excel和SPSS2种分析工具时应根据实际情况来选择。     

酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测

酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)是酪氨酸酶家族成员之一,也是第一个成功克隆的色素基因。为了探究选择压力对TYRP1基因在生物进化过程中的影响。本研究利用NCBI下载不同物种TYRP1基因编码区核苷酸及其蛋白序列,通过Clustal X对TYRP1基因编码蛋白序列进行比对,利用Pal2nal在线工具生成密码子多序列比对,DAMBE软件判断该碱基替代饱和度适合构建系统树后,利用最大似然法和PAML软件分别分析不同物种TYRP1基因的亲缘关系和选择压力。结果表明,TYRP1基因进化与哺乳动物的进化分类最为接近,位点模型检测表明TYRP1基因在适应性进化中主要受负选择的约束,而且在进化过程中曾承受正选择作用,共检测到13个正选择位点。本研究从分子进化的角度分析了TYRP1基因的生物进化模式,为该基因结构和功能的研究提供了新的思路。     

山羊PRNP基因启动子转录活性研究

【目的】分析山羊PRNP基因启动子活性区域,旨在筛选调节朊蛋白表达水平的关键区域或转录因子,为阐明山羊PRNP基因的表达调控提供理论依据,并为从遗传学角度降低朊蛋白病的发生提供思路。【方法】以山羊PRNP基因序列（GenBank登录号：EU870890）为模板,设计特异性引物,扩增山羊PRNP基因5′侧翼区片段,并将扩增片段克隆至pEASY-T3载体,鉴定为阳性的克隆进行测序;利用生物信息学方法和在线工具进行启动子区域和转录因子结合位点的预测;利用缺失突变技术扩增启动子区不同长度的片段11个,并克隆至pEASY-T3载体后,鉴定为阳性的质粒和pGL3-Basic载体分别用限制性内切酶Mlu I和Bgl II进行酶切,并回收酶切产物;利用T4连接酶进行目的片段与pGL3-Basic连接,鉴定为阳性的荧光素酶报告基因重组质粒进行测序,并提取无内毒素质粒,用脂质体转染法瞬时转染至SH-SY5Y细胞,转染48h后,利用双荧光素酶检测试剂盒进行各缺失突变重组质粒在细胞内的启动活性检测。【结果】成功克隆了山羊PRNP基因5′侧翼区片段,长度为2 332 bp,且该片段含有预测的启动子活性区域、保守的motifs和多个转录因子的结合位点;成功克隆了11个含有不同长度启动子的片段,并与荧光素酶报告基因连接,并构建了目的片段与荧光素酶报告基因的重组质粒;转染时脂质体与DNA的比例为1﹕0.5,萤火虫荧光素酶载体与海肾荧光素酶比例为50﹕1;山羊PRNP基因5′侧翼区存在着核心启动子,启动子活性最强的区域为-519-+82 bp,且在-220-+59 bp这一区域存在着正调控元件,外显子1对启动子活性中起重要的调控作用;4个motifs可能为正调控元件结合位点;在强启动子活性区存在10个Sp1结合位点,2个AP-2 alpha结合位点和1个AP-1结合位点;山羊PRNP基因motif 3和motif 4分别预测为转录因子Foxp3和COE 1的结合位点。【结论】确定了山羊PRNP基因启动子的核心区域（-519-+82bp）,外显子1对启动子活性起重要的调控作用。     

把握生物统计课程脉络 培养畜牧高级人才——谈生物统计课程的假设检验

假设检验是畜牧兽医类专业生物统计课程的核心内容,如何把握课程脉络,把假设检验的理论、方法讲解透彻,让学生轻松地掌握统计学原理,并能在生产实践中灵活运用,是生物统计课程教学的基本目标。在教学基本目标实现的基础上,使学生产生强烈的求知欲望,树立正确的专业意识,培养学生的统计思维,培育创新型的畜牧高级人才,是统计课程教学的总体目标。生物统计学建立在数理统计和概率论基础之上,具有数学课程的性质,如何把数学的逻辑原理转化为畜牧专业语言,是学生能够轻松学习统计原理、     

不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析

采用生物信息学的方法分析了褐家鼠、小家鼠、野猪、猿、猕猴、狨、人、毛猩猩、黑猩猩、犬、牛、家马、大熊猫13个物种Oct-1基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在13个物种45条基因序列中共检测到481个多态位点,生成20种单倍型,Oct-1基因序列编码区种内、种间存在丰富的遗传多样性。Oct-1蛋白不具有导肽,N端无信号肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋。