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旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA:PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。 相似文献
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为了研究猪圆环病毒2型(PCV2)海南株的分子特征,采用PCR方法从疑似PCV2感染的猪组织病料中扩增基因并进行序列分析.结果表明:8株PCV2海南株均属于PCV2b型,其中7株为PCV2b-1C亚型,1株为PCV2b-1A/1B亚型.PCV2海南株的ORF2基因的长度均为705 bp,编码234个氨基酸.Cap蛋白的抗原表位区发生了一定的变异.8个PCV2海南株的ORF2基因之间核苷酸序列相似性及推导的氨基酸序列相似性分别为95.3%~99.7%和93.6%~100%.海南株与国内分离株(AY682994,AF381175,JX945577,JX682407,AY180397)的核苷酸序列相似性为91.0%~99.9%,推导的氨基酸相似性为91.0%~99.6%.海南株与国外分离株(NC_005148,JQ994268,KJ187306,AF201307,AF454546,AY754020)的核苷酸序列相似性为90.0%~97.0%,推导的氨基酸相似性为88.0%~97.9%.海南株与疫苗株SH的核苷酸序列相似性为98.2%~100.0%,推导的氨基酸相似性为94.9%~100.0%.海南株与疫苗株LG的核苷酸序列相似性为90.6%~91.7%,推导的氨基酸相似性为89.7%~91.0%.这些数据为海南地区PCV2的防控和疫苗株选择提供了理论依据. 相似文献
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为制定合理的猪传染性胸膜肺炎免疫程序和确定仔猪的首免日龄,试验检测产前接种猪传染性胸膜肺炎多价疫苗(Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ型)母猪所产仔猪传染性胸膜肺炎母源抗体消长的规律。结果显示,仔猪Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ型传染性胸膜肺炎母源抗体整体上随日龄的增加而逐步降低,在42~50日龄(Ⅰ型)、28日龄(Ⅶ型)处于抗体保护临界值,抗体阳性率低于合格率;至70日龄(Ⅰ型)、60日龄(Ⅶ型)、35日龄(Ⅱ型)全部转阴。由结果得出,仔猪Ⅰ型传染性胸膜肺炎疫苗的首免时间应在42~50日龄,Ⅶ型在28日龄左右为宜。而仔猪Ⅱ型传染性胸膜肺炎母源抗体的水平和阳性率较低,不能对仔猪产生较好的保护,且多价猪传染性胸膜肺炎疫苗的首免时间不统一,提示还需深入研发猪传染性胸膜肺炎多价疫苗,才能使其达到更好的免疫效果。 相似文献
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Toll样受体(TLRs)在机体的先天性免疫和获得性免疫中作为重要的调节器对病原体的识别发挥着非常重要的作用.TLRs作为一类病原模式识别受体在免疫应答和炎症反应中发挥着重要作用,TLRs信号失调会引起多种疾病.在机体的免疫系统中,先天性免疫作为免疫应答的始动环节,通过抗原递呈细胞(APC)主要以MHC2抗原肽复合物的形式递呈给T细胞来启动获得性免疫应答.获得性免疫应答的启动需要双信号,即特异性抗原的刺激和来自APC的共刺激信号.通过疾病模型发现,TLR信号级联的靶向作用将会给传染性疾病带来新的治疗方案.文章就TLRs与先天性免疫的关系、TLRs的配位子及TLRs在传染性疾病治疗中的靶向作用进行了简单概述. 相似文献
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为了构建Ⅰ型鸭肝炎病毒双拷贝VP1基因的原核表达质粒,试验采用RT-PCR技术扩增鸭肝炎病毒VP1基因,将其连接到克隆载体pGEM-T Easy中得到重组克隆质粒pGEM-T-VP1,阳性克隆质粒经鉴定正确后,分别用BamHⅠ、XholⅠ、BglⅡ进行酶切,重组后得到pGEM-T-2VP1,然后将双拷贝VP1基因亚克隆入原核表达载体pET-30a(+)中,得到重组质粒pET-30a(+)-2VP1。结果表明:得到了含有目的基因的阳性克隆。说明Ⅰ型鸭肝炎病毒双拷贝VP1基因原核表达质粒构建成功。 相似文献
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检测猪戊型肝炎病毒的荧光定量PCR方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
根据GenBank中猪戊型肝炎病毒的ORF2核苷酸序列的保守区域设计合成一对特异性引物,建立了一套SYBRGreen Ⅰ荧光定量PCR检测猪源戊型肝炎病毒(swHEV)的方法,并评价了该方法的灵敏度、稳定性和特异性,同时与常规的RT-nPCR进行对比分析.结果表明,建立标准曲线的相关系数为0.998,斜率为-3.039,Ct值变异系数(CV)在0.17%~1.41%之间,有良好的稳定性.同时在检测猪群常见病中显示出很好的特异性,并且比RT-nPCR更灵敏,适合于swHEV的检测. 相似文献
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针对PRRSV ORF5基因组设计了1对特异性引物,利用RT-PCR的方法,对在南方地区分离的4株PRRSV ORF5基因进行了基因扩增,克隆到pMD18-T载体后测序,获得了4株PRRSV ORF5基因全长603bp的核苷酸序列。利用生物信息学软件对4株PRRSV ORF5基因序列进行了遗传进化分析,结果显示GD1、GD2、GD3、GD4株与美洲型参考株(VR-2332)的核苷酸序列同源性分别为87.1%、87.2%、87.1%和86.9%。利用系统进化树分析表明GD1、GD2、GD3、GD4株均属于美洲型。进一步采用序列分析软件对病毒结构蛋白推导糖基化位点比较,结果表明不同毒株GP5糖基化位点在基序和位置上均有所不同,这可能与毒株的毒力、免疫原性的差异相关,这些为更好地了解PRRSV的分子流行病学特征和抗原变异规律提供依据,同时为研制基因工程疫苗奠定了基础。 相似文献
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为规模猪场制定科学合理的猪传染性胸膜肺炎免疫程序提供依据,试验研究了不同免疫程序对仔猪接种猪传染性胸膜肺炎疫苗免疫效果的影响。结果显示,仔猪经不同免疫程序接种猪传染性胸膜肺炎疫苗后,其免疫效果和增重存在差异。其中,30日龄首免、60日龄二免(G组)的猪传染性胸膜肺炎免疫程序的免疫效果最好,整个试验阶段未发现传染性胸膜肺炎感染猪,且该组猪的增重情况也较好,为112.15 kg;其次是35日龄首免、65日龄二免(A组),38日龄首免、68日龄二免(B组),35日龄首免、75日龄二免(D组),35日龄首免、70日龄二免(E组),35日龄首免、60日龄二免(F组);而42日龄首免、72日龄二免(C组)的免疫效果最差。 相似文献