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【目的】对大麻中磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein, PEBP)进行鉴定和生物信息学分析,为PEBP基因家族调控大麻的生长发育及开花奠定基础。【方法】以拟南芥PEBP家族基因作为参考序列,利用NCBI、MEME、TBtools等生物信息学工具对已有的大麻基因组数据进行筛选并鉴定大麻PEBP基因。【结果】从大麻基因组中共筛选出12个PEBP基因,分为FT-LIKE、TFL-LIKE、MET-LIKE三个亚家族,均为亲水性蛋白,分布于细胞质与细胞核中;motif1-motif5为大麻PEBP基因的特征基序,定位在7条染色体上。大麻PEBP基因含有2个外显子及2个以上内含子,其启动子主要含有光反应顺式调节元件、各类激素顺式调控元件,编码蛋白主要由无规则卷曲构成。【结论】共鉴定出12个CsPEBP基因家族成员,通过motif分析、多物种构建进化树,确定大麻PEBP基因具有高度保守性,并预测和分析其潜在的分子功能。 相似文献
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渠道衬砌几个问题的探讨 总被引:1,自引:0,他引:1
1 U形渠与梯形渠、矩形渠衬砌工程量的分析比较在相同的流量、比降、糙率条件下 ,U形渠比梯形渠和矩形渠节省多少衬砌工程量 ,教科书和有关资料没作回答。本文试图作较系统的量的分析比较 ,这也是推广U形渠的主要依据和关键问题所在。设U形渠和梯形渠、矩形渠的衬砌厚度相同 ,在一定的流量、比降、糙率条件下 ,比较U形渠、梯形渠、矩形渠的衬砌工程量 ,等于它们的湿周比较。1.1 U形渠的水力计算公式水深h =12 +β D过水断面W =π8+β D2湿周 χ =π2 +2 β D水力半径R =wχ =π8+β D/π2 +2 β谢才系数C =R1/ 6/n断面平… 相似文献
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六出花基因组DNA的提取 总被引:1,自引:0,他引:1
通过采用Doyle CTAB改良方法Ⅰ、Doyle CTAB改良方法Ⅱ、Doyle CTAB改良方法Ⅲ、Doyle CTAB改良方法Ⅳ、SDS(十二烷基硫酸钠)法和高盐沉淀法对六出花叶片基因组DNA进行提取,经紫外分光光度计分析及琼脂糖凝胶电泳检测对所提取DNA的浓度、纯度、产率进行比较分析,结果表明:提取DNA质量效果最好的方法是Doyle CTAB改良方法Ⅲ,得到的DNA产率为4 081.7 μg/g,其电泳条带也最为清晰;而提取DNA质量效果最差的方法是Doyle CTAB改良方法Ⅳ,其产率为723.3 μg/g. 相似文献
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对汉麻Alfin-like转录因子家族进行鉴定和生物信息学分析,为Alfin-like转录因子调控汉麻生长发育及抗性奠定基础。通过利用拟南芥Alfin-like转录因子蛋白序列作为模板,利用TBtools、MEGA等生物信息学工具分析汉麻全基因组数据。在汉麻基因中共鉴定出5个CsALs基因,对其进行了理化性质分析、亚细胞定位、保守基序、基因结构、染色体定位、顺式元件、共线性分析、进化分析及聚类分析等基础分析。结果表明:鉴定的5个汉麻AL转录因子均含有DUF3594结构域(PAL结构域)和PHD手指状结构域;经理化性质分析得出,CsALs蛋白质长度在239~256 aa之间,等电点在4.97~5.31之间,亲水性为-0.809~-0.623,属于酸性亲水蛋白;CsALs基因分布在4条染色体上,亚细胞定位发现AL转录因子均定位在细胞核;上游2 000 bp启动子元件分析与光响应、胁迫响应和激素相关;根据与拟南芥、大豆、水稻、玉米、烟草等系统发育分析共分为B、E、F 3个亚族;热图聚类分析表明CsALs基因在汉麻中具有较高表达。 相似文献
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【目的】基于GBS(Genotyping-by-sequencing)高密度遗传图谱初步定位结果,通过图位克隆方法对西瓜果形基因进行精细定位,并开发功能性分子标记,有助于全面研究果形基因的功能及分子标记辅助选择育种。【方法】利用114份纯合西瓜品系全基因组重测序数据及其果形指数表型进行GWAS(genome-wide association study)分析,结合GBS高密度遗传图谱初步定位结果确定果形基因候选区段,以商业小型西瓜品种纯化所得品系K2(椭圆形、FSI=1.54±0.13)和L1(圆形、FSI=1.11±0.07)为材料构建F2群体,通过开发分子标记对果形基因ClFSI进行精细定位,根据西瓜参考基因组‘97103’v1注释信息确定候选基因,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行验证。【结果】利用1 152份F2群体,最终将ClFSI精细定位于3号染色体的FMFSI-1与FMFSI-2标记之间物理距离约63 kb区间内,共包含5个注释基因。其中Cla011257属于已报道与控制果实纵径和果形相关的SUN基因家族。经测序分析发现,西瓜椭圆形品系K2在该基因第3外显子上存在两个非同义突变位点Chr3:26846636 G-A和Chr3:26847041 G-A(‘97103’v1),分别导致天冬酰胺(Asn)替换为天冬氨酸(Asp)和谷氨酸(Glu)替换为赖氨酸(Lys),并利用Chr3:26847041突变位点开发功能性分子标记FSICAPS-2。qRT-PCR分析表明,K2(椭圆形)与Charleston Gray(细长形)中候选基因表达量无显著性差异,但均显著高于L1(圆形)。【结论】本研究将控制西瓜果形的ClFSI精细定位于3号染色体63 kb区间内,推测Cla011257为最终目的基因,Chr3:26847041和Chr3:26846636突变位点是导致果形不同程度伸长的重要位点,并开发了可以同时鉴定Cla011257多种突变类型的功能标记FSICAPS-2。 相似文献
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为了建立大葱组培高频再生体系,以‘铁杆大葱’的成熟胚为材料,探讨培养基种类、植物生长调节剂浓度等因素对大葱成熟胚愈伤组织诱导及再生的影响。结果表明,MS培养基适合大葱成熟胚愈伤组织诱导,大葱成熟胚愈伤组织诱导最适宜的培养基为MS+2,4-D (2~3 mg/L)。大葱成熟胚愈伤组织分化培养最适培养基为MS+6-BA (1.0 mg/L)+KT (1.0 mg/L)+NAA (0.1 mg/L),分化率达90%;对分化的再生苗移植于1/2 MS培养基上进行生根及壮苗培养,生根率达到100%,炼苗移栽后小苗的成活率达到90%以上。本研究为进一步优化大葱再生体系提供了依据,为后续大葱的遗传转化的研究起了推动作用。 相似文献
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低温胁迫对高羊茅生长影响的研究 总被引:6,自引:1,他引:6
以高羊茅Festuca arundinacea草坪草为材料,设置3种低温处理:-6、5和0 ℃处理8 h,并以室温为对照,然后测定过氧化氢酶(CAT)活性、电解质渗透率、可溶性糖含量、脯氨酸含量和叶绿素含量等生理指标。结果表明,在5 ℃下, CAT的活性在胁迫4 h时活性最大;当温度为0与-6 ℃时,酶的活性随着胁迫时间的延长而急剧下降,温度越低,下降越快。叶绿素含量随着胁迫时间的延长而下降,温度越低下降越快。脯氨酸含量在0与-6 ℃时,随着时间的延长,含量则明显增加。在-6 ℃时, 电解质渗透率明显增大。可溶性糖含量随胁迫时间延长而上升,-6 ℃时,可溶性糖含量明显上升,低温抗寒锻炼能有效增强高羊茅的抗寒性。 相似文献
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西瓜果形是西瓜重要的外观性状,本研究利用以椭圆形品系K2和圆形品系L1为亲本的F2群体(351个个体),进行了西瓜果实宽、长及果形指数遗传和相关分析。结果表明果实宽度和果实长度呈典型正态分布,而果形指数分布上则出现双峰且圆果型∶椭圆果型接近于3∶1,说明在果形指数存在主效基因调控。果实宽度与果实长度、果实长度与果形指数呈极显著正相关,相关系数分别为0.427、0.669;果实宽度与果形指数呈极显著负相关,相关系数为-0.377。通过GBS(Genotyping-by-sequencing)分型技术对群体中果形指数大于1.4的10株个体和果形指数小于1.1的10株个体进行了基因分型,结合表型进行关联分析,将西瓜果形基因定位到了3号染色体的26.80~27.33 Mb区段内,并预测了14个候选基因。本研究结果为进一步精细定位果形基因打下基础。 相似文献