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为了明确菠菜EST序列中SSR的总体特点,开发菠菜EST-SSR引物;为利用EST-SSR引物进行菠菜性别相关特异序列的克隆奠定基础,本文从NCBI上获得1093条EST,利用在线软件SSRIT检测所含SSR序列,并进行分析。共检索出68条SSR序列,分布于64条EST中,检出率为6.22%,包括22种重复基元。其中二核苷酸重复基元的EST-SSR占主导地位,占总SSR数目的32.3%。利用在线引物设计软件Primer3.0设计了7对EST-SSR引物,在适合的PCR反应体系下,分别以雌、雄菠菜DNA基因组为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,结果显示以EST序列HS097148设计的一对引物从菠菜雌雄基因组中扩增出一条雄性特异的条带,表明通过菠菜EST-SSR引物获得菠菜性别相关特异序列是可行的。 相似文献
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葎草DNA的提取及AFLP标记反应体系的建立 总被引:3,自引:0,他引:3
本文对CTAB法、改良CTAB法和SDS法提取雌雄异株植物葎草(Humulus scandens L.)基因组的方法进行了比较分析,并在此基础上对影响葎草AFLP扩增的关键因素模板浓度、酶切时间、选择性扩增模板浓度进行了优化.结果表明,改良的CTAB法更适合葎草基因组DNA的提取;同时利用AFLP分子标记技术,采用EcoI-Mse I酶切组合,共筛选27对引物组合,确定了适用于葎草AFLP反应的最佳酶切连接、预扩和选扩体系.同时发现2对引物组合E-ACG M-CTA和E-AAC M-CAC共扩增出5条雌雄性别特异条带. 相似文献
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菠菜为雌雄异株植物,用CTAB法提取其雌雄成株幼嫩叶片总DNA分别构建雌、雄株的DNA池,以之为模板,用已优化的RAPD体系扩增,在160条随机引物(10 bp)和40个引物对中筛选出44个扩增效果较好的单引物,再从中进行进一步筛选.研究发现,引物S1497扩增出1条雄性特异性条带,检测发现该条带只在雄株DNA池中出现.回收纯化该特异扩增片段,将其连接于pUCm-T载体,转化进大肠杆菌JM109菌株,并进行检测及测序.测序结果显示,该片段全长1 978 bp,该特异条带的获得为菠菜性别相关基因的克隆奠定了基础. 相似文献