一株新城疫病毒鹧鸪分离株分子生物学特性的研究

本研究从一例鹧鸪暴发新城疫的病例中成功分离出一株新城疫病毒(NDV)。运用RT-PCR扩增了该分离株F基因的重要功能片段(约535kb),并进行了序列测定。序列分析表明其在F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符。通过构建NDV的F基因遗传进化树,发现该分离株在分类地位上属于基因Ⅶ型NDV,与同期我国普遍流行的基因Ⅶ型NDV在遗传进化上极为相似,且具有较高的同源性,表明它们可能具有共同的来源。     

体外转录法制备新城疫病毒荧光定量RT-PCR标准阳性模板

本研究针对新城疫病毒M基因设计了1对荧光定量RT-PCR引物和Taqman探针,在上游引物的5′端引入T7启动子,采用RT-PCR方法获得了体外转录模板,并对转录产物RNA的浓度及D值进行了测定。线性试验和特异性试验结果表明,该模板具有良好的线性范围和特异性,模板稀释度为2.95×104～2.95×108拷贝/L时,相关系数为0.998。该模板稳定性好,-80℃保存30 d后无显著变化。浓度为2.95×104～2.95×108拷贝/μL的标准品的变异系数分别为0.20%、0.28%、1.00%、0.54%、0.52%,表明以此模板进行荧光定量PCR具有较好的重复性。     

应用PCR技术检测鸭疫里默氏杆菌的研究

根据已发表的鸭疫里默氏杆菌15型CVL110／89株编码42－kDa主要外膜蛋白的基因序列设计并合成一对引物，建立PCR方法，对7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌及野外病死鸭病科组织进行检测。结果表明，7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌DNA都可扩增出809bp的DNA片段，而对照的2株大肠杆菌和1株沙门氏菌纯培养物DNA扩增结果为阴性；在对24只不同鸭场病死鸭肝、脑的检测中，脑的检出率为19／24（高于细菌分离的13／24），肝脏的检出率为11／24（高于细菌分离的8／24）。由此可见，建立的PCR技术可用于鸭疫里默氏杆菌的鉴定和快速诊断（取脑组织）。但此方法是否对其他血清型的鸭疫里默氏杆菌也适用，有待于收集这些血清型的菌株进行验证。     

不同分子生物学方法在H5亚型禽流感病毒检测中的应用比较

H5亚型高致病性禽流感(H5-HPAI)是严重危害家禽养殖业和公共卫生健康的一类动物疫病,也是我国高度重视、严格防控的人兽共患病。目前常用检测H5亚型禽流感病毒(H5-AIV)的分子生物学技术包括反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、实时荧光定量PCR (RT-qPCR)、反转录重组酶辅助扩增(RT-RAA)、RTRAA结合侧流层析试纸条(RT-RAA-LFD)、RT-RAA-簇状规则间隔短回文重复序列及其相关蛋白结合侧流层析试纸条(RT-RAA-CRISPR Cas13a-LFD)等。为比较不同检测方法对H5-AIV检测的灵敏度差异,将制备的cRNA标准品进行倍比稀释,分别用RT-PCR、RT-qPCR、RT-RAA、RT-RAA-LFD、RT-RAA-CRISPR Cas13aLFD进行检测。结果显示:RT-PCR、RT-qPCR、RT-RAA、RT-RAA-LFD与RT-RAA-CRISPR Cas13a-LFD方法的检测灵敏度分别为10²、10^-1、10⁰、10⁰、10^-1     

基因VI型新城疫病毒反转录数字PCR检测方法的建立与应用

基因VI型新城疫病毒（NDV）是导致我国当前鸽新城疫流行的主要基因型。国家新城疫参考实验室监测数据表明,鸽NDV分离率近年来有上升趋势。为了实现基因VI型NDV快速检测和精确定量,针对国内流行的基因VI型NDV F基因保守区域设计特异性引物和探针,建立了反转录数字PCR（RT-dPCR）方法,并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了评估。结果显示,建立的RT-dPCR方法线性关系良好,灵敏度高,最低检测限为1.97 copies/μL;特异性强,与其他基因型NDV强毒株和常见禽病病毒无交叉反应;重复性好,变异系数为2.2%。利用本方法对临床采集的180份鸽口咽/泄殖腔拭子样品进行检测,检测结果与病毒分离结果一致。以上结果表明,本研究建立的RT-dPCR方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于基因VI型NDV的快速检测和精准定量,同时也为基因VI型NDV核酸标准物质研制奠定了基础。     

鸭圆环病毒PCR检测方法的建立与应用

鸭圆环病毒病是由鸭圆环病毒(duck circovirus,DuCV)引起的一种重要免疫抑制病,影响着我国养鸭业的发展。为建立针对DuCV的PCR快速检测方法,对GenBank中登录的DuCV全基因组序列进行遗传进化分析,通过对两种基因型的DuCV全基因组序列进行比对,在共同保守区筛选出1对引物,建立了可以同时检测DuCV两种基因型的PCR快速检测方法,并对该方法的敏感性和特异性进行评价。结果显示,该方法具有良好的敏感性,检测下限达1.0 fg;特异性良好,对其他常见鸭病毒核酸检测均为阴性;利用该方法对20份临床发病鸭样品进行检测,发现有6份呈DuCV阳性,序列分析表明均属于DuCV-1。该PCR检测方法的建立为鸭圆环病毒病的快速诊断和防控提供了重要手段。     

蛋鸡产蛋下降综合症的诊疗体会

产蛋下降综合征(Egg Drop Syndrom-1976,EDS-76),俗称减蛋综合征,是由鸭腺病毒甲型(DuckadenovirusA)引起的能使蛋鸡产量下降的病毒性传染病,病鸡不表现明显的临床症状,而以产蛋量下降、蛋     

一株Class Ⅰ新城疫病毒分离株NP和P蛋白基因分子特征和遗传进化分析

本研究对2009年实验室保存的一株Class Ⅰ新城疫病毒分离株NDV09-056的NP和P基因进行了扩增和序列分析,对其分子特征和遗传进化关系进行了分析。结果表明该分离株NP蛋白基因全长为1746nt,共编码489aa,其N端1～401氨基酸相对比较保守,C端402～479氨基酸变化比较大;同源性分析表明本分离株的NP蛋白基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93.5%～98.5%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于77.0%～79.2%。P蛋白主要氨基酸突变区集中在57～107aa和135～212aa两个区域,而N端和C端相对保守;同源性分析表明本分离株的P蛋白基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为90.4%～95.3%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于68.3%～72.5%。遗传进化分析表明本分离株与Ⅰ类基因3型新城疫病毒代表株NDV08-004的亲缘关系最近。     

2021—2022年我国8株鸽新城疫病毒基因组特征

为了解我国最新流行的鸽新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）分子生物学特征,对2021—2022年国家新城疫参考实验室从不同地区鸽群中分离到的8株NDV代表株进行了全基因组测序和生物信息学分析。结果显示：8株鸽NDV基因组长度均为15 192 nt,基因排列方式为3’-NP-P-M-F-HN-L-5’,其F蛋白裂解位点氨基酸序列均为112RRQKR/F117,呈典型的NDV强毒分子特征;相较于参考序列,代表毒株F蛋白七肽重复区域、融合肽和跨膜区域,以及HN蛋白中和抗原表位、跨膜区域等功能区域均有多处氨基酸变异;代表毒株全基因组核苷酸同源性为91.9%～99.0%,均属于Class Ⅱ基因Ⅵ型病毒,但可分为2个小分支,其中4株属于基因Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,另4株属于基因Ⅵ.2.1.1.2.1亚型。结果表明,我国近期流行的鸽NDV具有遗传多样性特征。本研究进一步掌握了我国鸽NDV的遗传进化特点,丰富了鸽新城疫的流行病学信息,为该病的科学防控提供了参考。     

一株ClassI新城疫病毒分离株NP和P蛋白基因分子特征和遗传进化分析

本研究对2009年实验室保存的一株ClassI新城疫病毒分离株NDV09—056的NP和P基因进行了扩增和序列分析,对其分子特征和遗传进化关系进行了分析。结果表明该分离株NP蛋白基因全长为1746nt,共编码489aa,其N端1-401氨基酸相对比较保守,C端402-479氨基酸变化比较大;同源性分析表明本分离株的NP蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93．5％-98．5%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于77．0％～79．2％。P蛋白主要氨基酸突变区集中在57～107aa和135-212aa两个区域,而N端和C端相对保守;同源性分析表明本分离株的P蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为90．4％-95．3％,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于68．3％～72．5％。遗传进化分析表明本分离株与I类基因3型新城疫病毒代表株NDV08．004的亲缘关系最近。