H5、H7和H9亚型禽流感病毒四重荧光RT-PCR检测方法的建立与应用

旨在提高对禽流感病毒（avian influenza virus,AIV）检测效率,及时发现疫病。本研究通过分析M基因以及H5、H7和H9亚型的HA基因序列保守区域,设计并合成了相关探针和引物,建立了禽流感病毒（AIV）四重荧光RT-PCR检测方法,该方法可在检测禽流感病毒（AIV）的同时,确定病原是否为H5、H7和H9亚型。结果显示,该检测方法耗时短、特异性好、检测下限达到10^-5 ng·μL^-1。采用该方法检测临床采集的13个活禽交易市场的384份禽咽喉和泄殖腔双拭子样品,经检测,其中有60份样品为流感病毒阳性,且全部是H9亚型,该结果与行业标准方法（NY/T 772—2013）检测结果一致,κ值为1（P<0.001）。本方法能实现对禽流感病毒及H5、H7和H9亚型的高通量快速检测,将在AIV快速检测中发挥重要作用。     

美国近期暴发新城疫疫情流行特点分析

2018年5月,美国加利福尼亚州在南部地区发病散养鸡中检测到新城疫病毒强毒株。这是美国自2003年以来,首次出现新城疫病毒强毒株感染的报道。该病传播速度快、致死率高。截至2019年5月24日,美国农业部已在加利福尼亚州、犹他州和亚利桑那州共确诊新城疫疫情425起,其中加利福尼亚州423起,犹他州、亚利桑那州各1起。病原学分析显示,此次流行的新城疫病毒属于基因Vb亚型。初步遗传分析表明,本次疫情暴发为单点传入并造成二次扩散,但病毒暴发的起源仍未确定。病例对照研究表明,禽群数量大小、观赏鸟、禽群中公鸡高占比、与野鸟接触等是病毒感染的风险因素。美国政府已采取包括限制移动易感动物、扑杀暴露动物、提升饲养场生物安全水平、避免家禽与野禽接触以及家禽与其他传染源接触、加强监测筛查和流行病学跟踪支持等等一系列举措来控制新城疫疫情的传播。但该病毒仍具有持续性威胁,或有进一步传播的可能,对于该疫病的防控和监测工作仍在继续。     

H7亚型禽流感病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及应用

为了建立灵敏、特异的H7亚型禽流感病毒(AIV)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本研究根据GenBank和GISAID中H7亚型AIV血凝素(HA)基因的核苷酸序列,设计合成H7亚型AIV的引物和探针,对反应条件进行优化,从而建立检测H7亚型AIV的ddPCR方法,并测定其特异性、敏感性和重复性。结果显示,最佳引物浓度和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃,最佳升降温速率为2.0℃/s,最佳反转录时间为20 min。特异性试验结果显示,该方法仅对H7亚型AIV进行特异性检测,对H5亚型AIV、H9亚型AIV、新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、传染性法氏囊病毒均不能检出。敏感性试验结果显示,该方法对重组质粒标准品检测下限为0.8 copies/μL,比荧光定量PCR(qPCR)方法敏感性高10倍。组内和组间重复性试验结果显示,变异系数均小于3%。对60份临床样品检测显示,该方法与鸡胚分离方法的符合率为100%。结果表明,本研究建立的H7亚型AIV ddPCR检测方法具有较好的特异性、重复性和敏感性,可用于H7亚型AIV的早期诊断、流行病学...     

动物新型冠状病毒流行现状

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染导致的新冠肺炎(COVID-19)疫情自2019年12月以来,已在全球221个国家和地区传播,导致1亿多人感染,230多万人死亡.SARS-CoV-2除了对公共卫生产生极大影响之外,全球已有24个国家和地区报告470余起动物感染疫情,涉及犬、猫、水貂、狮子、老虎等多种动物.因此,...     

从鸡和水禽分离到的新城疫病毒在细胞受体特异性上的差异

Toshihiro等人通过与不同动物种类红细胞的凝集试验 ,比较了从多种禽类体内 (包括鸡和野生水禽 )分离到的新城疫病毒受体的特异性的差异。所有从野生水禽分离到的毒株均可凝集马的红细胞 ,然而鸡源的分离株却不能凝集马的红细胞。其原因在于新城疫病毒的受体特异性不同 ,取决于病毒分离株来自禽的种类     

我国部分地区新城疫病毒的流行现状分析

从近年来由我国不同地区、不同宿主分离到的新城疫病毒(NDV)野外分离株中，选取其中具有代表性的16株，用RT—PCR技术扩增其F基因重要的功能区片段，进一步进行克隆和序列测定。参照国内外已发表的部分毒株的F基因序列，构建了59株NDV的遗传进化树，分析其毒株间的遗传进化关系。序列分析表明，所扩增的目的片段长度为535bp，所分离的毒株在分裂位点的氨基酸顺序为^112R—R—Q／R—K／R—R—F^117，均相当于NDV的强毒株。通过遗传进化树分析表明，16株分离株中有13株为基因Ⅶ型NDV，说明目前基因Ⅶ型NDV所引起的新城疫在国内呈流行趋势。     

新型冠状病毒2019-nCoV与动物冠状病毒进化关系分析

新型冠状病毒(2019-nCoV)感染肺炎疫情自2019年12月在湖北省武汉市发生以来,已在我国和世界多个国家传播,引发全球关注。为阐明2019-nCoV与已知动物冠状病毒的关系,从冠状病毒的宿主分布、遗传进化分析、宿主受体分析等角度,对2019-nCoV的可能来源进行了综合分析。结果显示:2019-nCoV与从云南省中菊头蝠中检测到的冠状病毒分离株RaTG13基因组同源性最高,为96.2%,两者遗传进化关系也较为接近;从我国广东省和广西壮族自治区查获的走私穿山甲中检测到的冠状病毒则与2019-nCoV遗传关系相对稍远,与2019-nCoV基因组同源性分别为90.4%和85.5%;2019-nCoV与已知家畜、家禽,以及犬猫等宠物中检测到的冠状病毒基因组同源性≤54.2%,遗传进化关系较远。结合监测结果,基本排除2019-nCoV来源于已知家畜、家禽以及犬猫等宠物冠状病毒的可能性。     

鹅副粘病毒YG97分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析

鹅副粘病毒分离株YG97经10日龄鸡胚增殖后纯化，提取病毒的基因组RNA，采用RT－PCR一次性扩增出与预期设计的1.9kb大小相符合的特异性条带。将扩增产物提纯后克隆入pGEM^R-T载体，经转化、筛选及酶切鉴定后，初步获得了含鹅副粘病毒HN基因的阳性克隆，进一步进行了序列测定。序列分析表明所扩增的病毒的HN基因片段的长度为198bp，共编码571个氨基酸。同源性分析表明，YG97与LaSota毒株核苷酸同源性为79％，氨基酸的同源性为87％。与台湾1995年分离株Taiwan/95核苷酸和氨基酸的同源性分别为93％、96％，说明YG97与Taiwan/95亲缘关系较近，具有较高的相似性。与国内外部分发表的其它NDV毒株的核苷酸同源性在80％－84％之间，氨基酸的同源性在87％－91％之间。同源性分析表明YG97相对于经典的NDV在HN基因上发生了较大的变异。     

禽副粘病春Ⅰ型抗原性差异初探

本文应用单克隆抗体排谱和血清学试验，对近年来分离到的鸡源、鹅源禽Ⅰ型副粘病毒以及经典的鸡新城疫病毒和鸽源禽Ⅰ型副粘病毒之间的抗原性差异进行了比较，证明近年来流行的病毒株的抗原性较经典毒株发生了较大变化。     

鸭在新城疫病毒传播和流行中的作用

新城疫病毒的生物进化在新城疫病毒(NDV)的进化史上,两次主要的分化产生了3种大小不同的基因组类型.在原始贮存库(野生水鸟)中的一次远古分化产生了2个基本的姐妹进化枝,即ClassⅠ和Ⅱ.Class Ⅰ基因组为15198 nt,一般为低毒力或无毒力的毒株,多从水禽中分离,相对于La Sota株P蛋白,在第165位(谷氨酰胺)至第166位(天冬酰胺)之间插入了色氨酸、谷氨酸、苏氨酸和甘氨酸残基.