我国新出现基因XII型新城疫病毒的分布及特性

2010—2012年在全国新城疫主动监测中分离并鉴定出6株基因XII型新城疫病毒。这是我国首次发现该基因型病毒。分离到的XII型新城疫病毒全部分布在我国南方地区,多为水禽分离株,仅有1株为鸡源分离株。脑内接种致病指数（ICPI）和分离株F蛋白裂解位点的氨基酸组成证实分离株均为新城疫强毒。进一步的遗传进化分析表明,这6株分离株属于基因XIIb亚型,与南美地区的XII型分离株基因型不同（XIIa亚型）。对于国内新出现的基因XIIb新城疫病毒的来源,仍需要更多的监测数据来证实。目前的监测数据表明,这种在我国新出现的XII型新城疫病毒具有在当地造成地方流行和进一步扩散的风险。     

一株ClassI新城疫病毒分离株NP和P蛋白基因分子特征和遗传进化分析

本研究对2009年实验室保存的一株ClassI新城疫病毒分离株NDV09—056的NP和P基因进行了扩增和序列分析,对其分子特征和遗传进化关系进行了分析。结果表明该分离株NP蛋白基因全长为1746nt,共编码489aa,其N端1-401氨基酸相对比较保守,C端402-479氨基酸变化比较大;同源性分析表明本分离株的NP蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93．5％-98．5%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于77．0％～79．2％。P蛋白主要氨基酸突变区集中在57～107aa和135-212aa两个区域,而N端和C端相对保守;同源性分析表明本分离株的P蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为90．4％-95．3％,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于68．3％～72．5％。遗传进化分析表明本分离株与I类基因3型新城疫病毒代表株NDV08．004的亲缘关系最近。     

动物传染病mRNA疫苗研究进展

mRNA疫苗是一种新型疫苗,在全球新冠疫情防控中发挥了重要的作用,被证明具有免疫效果好、安全性高、研发速度快等优点。在动物疫病防控方面,mRNA疫苗得到了关注。研究表明,相关疫苗具有良好的免疫保护效果。论文介绍了mRNA疫苗及其传递方式、诱导免疫反应原理和动物传染病mRNA疫苗研发方面的研究进展,并分析了其优点和不足。     

2021—2022年我国部分地区鸽圆环病毒感染状况调查

为了解目前我国鸽群中鸽圆环病毒(pigeon circovrius,PiCV)的流行现状及遗传变异情况,2021—2022年对山东等11个省(自治区)PiCV感染状况进行了调查,共采集鸽相关样品658份,采用PCR方法进行PiCV病原学检测,并对3份PiCV病原学阳性样品进行基因组序列测定及遗传进化分析。结果显示:在主动监测的9个省(自治区)49个采样点中,检出464份PiCV病原学阳性样品,个体阳性率为75.20%(464/617),场点阳性率为91.84%(45/49),其中河南省个体阳性率最高(100%);在被动监测的3个省41份病死鸽组织样品中,共检出28份PiCV病原学阳性样品;3份病原学阳性代表样品(QingDao 957、JiLin2、FuJian 1179)与已报道的24条PiCV全基因组序列同源性为87.30%～95.90%;QingDao 957和JiLin 2与国内报道的JS15-1序列亲缘关系较近,而FuJian 1179与国外报道的PL53参考序列属于同一分支,推测QingDao 957和JiLin2毒株在国内流行的PiCV中占主导地位,而FuJian 117...     

鸽A群轮状病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

鸽A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是影响养鸽业健康发展的主要病原之一。为实现鸽RVA的高通量快速检测，根据目前国内外流行的鸽RVA VP6基因保守区域设计特异性引物与探针，建立了一种可以特异性检测鸽RVA的实时荧光RT-PCR方法，并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了评估。结果显示，该方法灵敏度高，最低检测限为7.22×10² copies/μL；特异性强，与鸽群其他常见病毒无交叉反应；重复性好，组内与组间重复变异系数均小于1.5%。利用该方法和普通RT-PCR方法对200份临床样品进行检测，发现荧光RT-PCR方法的病毒阳性检出率高于普通RT-PCR方法，二者符合率为94.00%。结果表明，本研究建立的实时荧光RT-PCR方法敏感、特异、准确，重复性好，可为开展鸽RVA的临床检测及流行病学调查提供技术支持。     

1株野鸟源H7N3亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及其对小鼠感染性研究

旨在对2021年分离自我国宁夏回族自治区野鸟粪便中的1株低致病性H7N3禽流感病毒(AIV)A/mallard/Ningxia/Y37/2021(H7N3)株进行了全基因组测序、遗传进化分析及对小鼠致病性试验。全基因组序列分析表明，HA基因裂解位点仅有1个碱性氨基酸，符合低致病性AIV的分子特性。遗传进化分析结果表明，HA基因和韩国野鸭源H7N7亚型AIV同源性较高；NA基因与韩国野鸟源H5N3亚型AIV同源性较高；PB2、PA基因与H5N2亚型AIV有较高的同源性；PB1基因与H5N3亚型AIV有较高的同源性；NP基因与H3N2亚型有较高同源性；M、NS基因与H3N8亚型有较高同源性，具有明显的遗传多样性。血凝抑制(HI)试验结果表明，该毒株与H7N9-Re4疫苗株抗血清的HI效价比同源毒株低16倍，抗原性差异显著。小鼠感染性试验结果显示，该病毒能在小鼠的肺部与鼻甲中复制，并引起感染小鼠体重下降，表明该毒株有感染哺乳动物的风险。本试验通过对1株野鸟源H7N3亚型AIV部分生物学特性的分析，为H7N3亚型禽流感的预警和综合防控提供重要理论参考。     

H7亚型禽流感病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及应用

为了建立灵敏、特异的H7亚型禽流感病毒(AIV)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法，本研究根据GenBank和GISAID中H7亚型AIV血凝素(HA)基因的核苷酸序列，设计合成H7亚型AIV的引物和探针，对反应条件进行优化，从而建立检测H7亚型AIV的ddPCR方法，并测定其特异性、敏感性和重复性。结果显示，最佳引物浓度和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃,最佳升降温速率为2.0℃/s,最佳反转录时间为20 min。特异性试验结果显示，该方法仅对H7亚型AIV进行特异性检测，对H5亚型AIV、H9亚型AIV、新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、传染性法氏囊病毒均不能检出。敏感性试验结果显示，该方法对重组质粒标准品检测下限为0.8 copies/μL,比荧光定量PCR(qPCR)方法敏感性高10倍。组内和组间重复性试验结果显示，变异系数均小于3%。对60份临床样品检测显示，该方法与鸡胚分离方法的符合率为100%。结果表明，本研究建立的H7亚型AIV ddPCR检测方法具有较好的特异性、重复性和敏感性，可用于H7亚型AIV的早期诊断、流行病学...     

基于Web服务的禽流感病毒基因分析软件FluSoft的创建与应用

解读病毒基因组信息是探明病毒关键分子特性的重要步骤。然而，解码基因信息，需要在较强的生物信息学背景下，查阅大量文献、选择参考序列、开展序列比对、进行遗传进化分析、验证并集成数据信息等，其过程工作量大、耗时、技术含量高。为解决上述问题，采用Perl语言集成一系列软件和数据集，创建了禽流感病毒基因分析软件（FluSoft），实现了禽流感病毒基因组快速批量注释和分析。本软件通过Web网页对话框输入FASTA格式的禽流感病毒基因序列，可进行关键生物特性和遗传进化分析，实现了以下功能：（1）注释查询序列的基因片段/亚型（针对H5或H7亚型，增加展示其HA基因裂解位点氨基酸序列及碱性氨基酸个数）及基因突变的生物学意义，如耐药性、宿主受体特异性、毒力、糖基化位点及在家禽或哺乳动物中的传播能力等；（2）注释查询序列在命名系统中最密切相关的演化分支。综上所述，FluSoft软件（http://flusoft.hqhuitong.com）为禽流感流行病学调查监测、流行特征分析及风险预警提供了有力的技术支撑。     

CRISPR/Cas技术在动物疫病诊断中的应用

传统的动物疫病检测方法大多耗时长，操作复杂，对人员和仪器设备要求较高，不适用于基层动物疫病监测和初步筛查，因此开发灵敏度高、低成本、快速、便携，可实现现场诊断的病原检测新技术尤为重要。成簇规律间隔短回文重复序列及其相关蛋白（CRISPR/Cas）作为一种适应性免疫系统，因其简单、高效的基因编辑能力，已被广泛用于动物疫病、植物育种、人类医学等领域。近年来，CRISPR/Cas系统得到不断发展，已被开发为一种分子诊断工具，在动物疫病诊断领域显示出巨大潜力。本文简要介绍了CRISPR/Cas系统的基本结构、分类和作用机制，重点阐述了其在动物病毒病、细菌病及寄生虫病等诊断领域的应用研究进展，旨在为相关领域研究提供参考。     

不同分子生物学方法在H5亚型禽流感病毒检测中的应用比较

H5亚型高致病性禽流感(H5-HPAI)是严重危害家禽养殖业和公共卫生健康的一类动物疫病,也是我国高度重视、严格防控的人兽共患病。目前常用检测H5亚型禽流感病毒(H5-AIV)的分子生物学技术包括反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、实时荧光定量PCR (RT-qPCR)、反转录重组酶辅助扩增(RT-RAA)、RTRAA结合侧流层析试纸条(RT-RAA-LFD)、RT-RAA-簇状规则间隔短回文重复序列及其相关蛋白结合侧流层析试纸条(RT-RAA-CRISPR Cas13a-LFD)等。为比较不同检测方法对H5-AIV检测的灵敏度差异,将制备的cRNA标准品进行倍比稀释,分别用RT-PCR、RT-qPCR、RT-RAA、RT-RAA-LFD、RT-RAA-CRISPR Cas13aLFD进行检测。结果显示:RT-PCR、RT-qPCR、RT-RAA、RT-RAA-LFD与RT-RAA-CRISPR Cas13a-LFD方法的检测灵敏度分别为10²、10^-1、10⁰、10⁰、10^-1