云南金花茶转录组序列分析及功能注释

【目的】深入研究云南金花茶优良性状、基因功能和基因分布特征,可为云南金花茶乃至山茶属植物功能基因的探索以及该物种的遗传保护提供基础生物信息学理论参考。【方法】采用Illumina Hi Seq 2000技术,对云南金花茶叶片进行转录组测序及相关数据分析,在对测序数据整理、de novo组装后,获得Unigene序列,继而利用相关生物信息学数据库进行序列比对。【结果】组装后,共获得95 979条Unigenes,其中N50(拼接转录本不小于总长50%的长度)为1 660 nt,平均长度为1 124 nt,Q20和Q30序列(处理后质量高于20和30的碱基)分别占96.39%和91.28%。经比对,在Nr、Nt、Swiss-Prot中能得到注释的Unigene分别为58 830、43 623、44 315条。在GO中,有41 905条(43.66%)Unigenes注释224 129个GO功能,将其分为3个大类和56亚类,所占比例最多的为生物过程这一类功能。在KOG中,有23 499条(24.48%)Unigenes注释26 430个KOG功能信息,将其分为26个基因功能大类,其中表达量较...     

香花枇杷质体基因组序列密码子偏性分析

选取香花枇杷质体基因组进行密码子使用偏好性的生物信息学分析,用于理解其密码子使用偏性的主要原因,为今后该属植物基因的进化、起源以及转化体系中载体构建等方面研究提供借鉴。利用Codon W 1.4.2、SPSS statistics 17.0、Excel 2016和cusp等软件对筛选出的37条基因编码序列密码子进行最优密码子分析、中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot绘图分析。结果表明,ENC平均值为47.02;GC₃与GC₁、GC₂的相关性均不显著;GC_all为39.08%,GC₁（48.79%）>GC₂（40.18 %）>GC₃（28.44%）;RSCU>1的29个密码子中有28个以A或U结尾;PR2-plot绘图分析显示多数位点偏离中心,落于左下方位置;确定了UUU、UUG、CUU等15个最优密码子。香花枇杷叶绿体基因组中,同义密码子的使用偏性较弱（47.02）;密码子的第1、 2位碱基组成比较相似,但均不同于第3位;整体A、U含量大于C、G,末位碱基以A、U为主,且嘧啶的使用频率高于嘌呤;香花枇杷叶绿体基因组密码子的使用模式主要受到选择、突变的和其他因素的综合作用影响。     

我国棉花育种技术的创新与成就

目的为明确楚雄市紫溪山华山松种子园内各种源无性系的遗传结构及其亲缘关系,对该种子园内6个种源的97个无性系进行SSR遗传多样性分析。方法利用改良CTAB法,提取97个华山松无性系DNA,用前期筛选出的26对高多态性引物对所有DNA样品进行SSR-PCR扩增,并统计其多态性条带信息,最后用POPGEN 1.32、NTSYS 2.10和Structure 2.3.1软件对其遗传多样性进行分析。结果(1)在群体水平上,6个种源的N_a范围为3.730 8~4.807 7,均值为4.237 1,N_e为2.901 1,H为0.637 6,I为1.186 5,表明华山松各种源均具有较高的遗传多样性。(2)聚类分析表明：地理距离较近的种源其遗传差异并不一定近,UPGMA聚类图并未将地理位置较近的种源归为一类。(3)华山松的基因流N_m均值为4.150 3,说明华山松种源间的遗传交流较多。结论华山松无性系种源间遗传变异不高,其主要遗传变异存在于种源内,研究结果可为利用该种子园内的不同无性系进行华山松遗传改良提供理论依据及实践指导。     

浮萍在污水处理厂二级出水中的生长及氮磷含量研究

以经筛选得到的当地优化浮萍品种——少根紫萍和稀脉浮萍为供试材料,以扬州某污水处理厂二级出水为供试水,考察了夏季气候条件下2种浮萍在供试水中生物量的增加情况和体内的氮磷含量,并计算得到2种浮萍对氮磷的净积累量.结果表明:稀脉浮萍的生物量增加得更快,在15 d的培养期内,鲜生物量由初始的62.5 g/m2增加到试验结束时的248.9g/m2,增加了近3倍,干生物量增加了2.4倍.少根紫萍的鲜生物量由初始的62.5 g/m2增加到139.1 g/m2,增加了1.2倍,干生物量增加不到1倍.稀脉浮萍的含水率约为95％,高于少根紫萍91％左右的含水率.2种浮萍体内的氮磷含量都比较稳定,变幅较小.稀脉浮萍对氮磷的积累量大于少根紫萍对氮磷的积累量.     

滇杨雌、雄株茎叶解剖结构差异分析

【目的】观察和分析滇杨(Populus yunnanensis Dode)雌、雄株的解剖结构,阐明不同性别植株间在不同性状参数间的差异,为滇杨的遗传保护提供理论依据。【方法】以大理及丽江两地采集的滇杨雌、雄株为材料,采用石蜡切片法观察雌、雄株茎和叶组织解剖结构,并进行测量及统计分析。【结果】(1)滇杨雌、雄叶片解剖结构组成相似,但在具体的细胞大小上却存在显著差异(P<0.05)。滇杨雄株叶片厚度、栅栏组织厚度和海绵组织厚度均小于雌株,但雄株叶片的上、下表皮厚度、栅海比、组织结构紧密度及主脉木质部面积占维管束面积百分比等复合性状指标均高于雌株;不同地区雌、雄株叶片解剖结构均具有显著差异(P<0.05)。(2)比较雌、雄株茎段解剖结构特征,发现雌株的表皮、皮层、木质部厚度、髓直径与茎直径显著高于雄株(P<0.05),但滇杨雌、雄株茎段的表皮厚度、木质部厚度与髓直径在茎段中所占的比例均无显著差异(P>0.05);丽江地区滇杨雌、雄株茎段的各项解剖结构参数均具有显著差异(P<0.05),而大理地区的雌、雄株茎段表皮厚度占茎直径比例无明显差异(P>0.05)。...     

不同倍性滇杨叶片解剖结构差异分析

目的观察和分析滇杨(Populus yunnanensis Dode)雌、雄株的解剖结构,阐明不同性别植株间在不同性状参数间的差异,为滇杨的遗传保护提供理论依据。方法以大理及丽江两地采集的滇杨雌、雄株为材料,采用石蜡切片法观察雌、雄株茎和叶组织解剖结构,并进行测量及统计分析。结果(1)滇杨雌、雄叶片解剖结构组成相似,但在具体的细胞大小上却存在显著差异(P<0.05)。滇杨雄株叶片厚度、栅栏组织厚度和海绵组织厚度均小于雌株,但雄株叶片的上、下表皮厚度、栅海比、组织结构紧密度及主脉木质部面积占维管束面积百分比等复合性状指标均高于雌株;不同地区雌、雄株叶片解剖结构均具有显著差异(P<0.05)。(2)比较雌、雄株茎段解剖结构特征,发现雌株的表皮、皮层、木质部厚度、髓直径与茎直径显著高于雄株(P<0.05),但滇杨雌、雄株茎段的表皮厚度、木质部厚度与髓直径在茎段中所占的比例均无显著差异(P>0.05);丽江地区滇杨雌、雄株茎段的各项解剖结构参数均具有显著差异(P<0.05),而大理地区的雌、雄株茎段表皮厚度占茎直径比例无明显差异(P>0.05)。结论滇杨雄株在茎、叶解剖结构方面均比雌株有一定优势,该优势可能与自然界中雌株濒危的原因有关。     

荒漠草原不同植被覆盖下土壤粒度组成与速效养分特征

为探究不同植被覆盖度对土壤粒径分布和养分特征的影响,以不同植被覆盖度下的土壤为研究对象,对比分析了不同土层深度土壤速效磷、速效钾、碱解氮、有机质含量以及土壤机械组成及其各项指标之间的关系。结果显示:植被从低覆盖度到中覆盖度,土壤粘粒、粉粒含量分别增加50%、66.55%,差异显著(P0.05);3种植被盖度下土壤有机质含量均向表层聚集,中覆盖到高覆盖土壤有机质含量增加85.73%,速效磷、碱解氮和速效钾含量均增加;土壤养分与粒径存在一定的相关性,植被盖度与粉粒和有机质呈显著正相关,与速效钾呈极显著正相关,相关系数为0.628。土壤粉粒与有机质、碱解氮呈显著相关,与速效钾呈极显著正相关。植被覆盖度低、地表裸露的地区极粗砂含量增加,较细的沙粒含量降低,引起土壤肥力下降。     

朱蕉叶绿体基因组特征与系统发育分析

朱蕉(Cordyline fruticosa)是一种常见的园艺植物,广泛分布于亚洲、大洋洲、南美洲等热带地区.为了明确朱蕉叶绿体基因组特征,了解其系统发育地位,利用Illumina测序技术对其叶绿体基因组测序后,进行中线性绘图、ENC-plot、PR2-plot和SSR位点等相关数据的挖掘和分析.结果表明:朱蕉叶绿体基...     

盐胁迫对连翘叶绿素荧光参数的影响

以2年生连翘(Forsythia suspense(Thunb.)Vahl)扦插幼苗为试材,采用温室盆栽的方法,利用便携式脉冲调制叶绿素荧光仪测定了不同质量浓度(0.00%、0.20%、0.40%和0.60%)NaCl胁迫下连翘叶片各项叶绿素荧光诱导动力学参数变化特征。结果表明:随着盐分胁迫的加重,连翘叶片的PSII最大光化学效率(F_v/F_m)、光化学荧光淬灭系数(q_P)值呈降低的趋势,且重度胁迫下连翘Fv/Fm、qP值与其它处理间差异显著(P0.05)。从中度盐分胁迫开始,连翘PSⅡ反应中心开放程度减小,光合特性显著降低;而连翘的Y_(NPQ)随着盐胁迫的加剧随之增大,重度胁迫下达到峰值,在盐分胁迫过程中连翘叶片的表观光合电子传递速率(ETR)在轻、中度胁迫与CK间差异不显著(P0.05);F_v/F_m与ETR呈极显著正相关(P0.01),ФPSⅡ与Y_(NPQ)呈显著负相关(P0.05),q_P与q_N和ETR分别呈极显著负相关,ETR与Y_(NO)呈显著负相关。     

无毛青藤叶绿体基因组解析及系统发育分析

【目的】根据基因组浅层测序结果,解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列（SSR）位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料,对其叶绿体基因组进行测序,组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中,GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区（LSC,85 225 bp）、小单拷贝区（SSC,18 779 bp）以及反向重复序列（IRs,26 254 bp）。4个区段中,IR区的GC含量最高（43.3%）,LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因,其中,84个位于LSC区,SSC区13个,两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点,碱基组成以A/T碱基类型为主;33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性,并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支,其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外,其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿...