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旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因。本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(F_(ROH)),并对高频ROH区域进行基因注释。结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异。ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均F_(ROH)的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊)。引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均F_(ROH)明显高于地方品种。在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均F_(ROH)。在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9。基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因。 相似文献
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试验旨在研究氯前列醇钠、产前背膘厚、便秘对后备母猪同期分娩集中度和生产性能的影响,并进一步探讨母猪同期分娩的最优方案。选取后备母猪共295头,根据妊娠期110 d时P2点处的背膘厚,随机分为3组:对照组(CON组:0.9%生理盐水)、低剂量氯前列醇钠组(LPG组:0.1 mg氯前列醇钠)、高剂量氯前列醇钠组(HPG组:0.2 mg氯前列醇钠),于妊娠期114 d进行阴户部注射诱导分娩。结果表明,与对照组相比,高、低剂量氯前列醇钠均可显著缩短母猪从注射到分娩的时间间隔(P<0.05),且两试验组间差异不显著(P>0.05)。但是,LPG组后备母猪在注射氯前列醇钠后48 h内的分娩率高达95%,并且白天分娩率达75.7%。此外,LPG组后备母猪的产仔间隔也显著短于CON组(P<0.05)。同时本研究发现,背膘厚在16~20 mm范围内的后备母猪从注射到分娩的时间间隔显著短于背膘厚≤15 mm的后备母猪(P<0.05);便秘指数0~1.0组后备母猪的产程和产仔间隔均显著大于便秘指数1.1~2.0组及2.1~3.0组的后备母猪(P<0.05)。进一步回归分析发现,母猪背膘厚分别与产程、总产仔数、活仔数存在极显著线性相关(P<0.01),母猪便秘指数分别与产程、产仔间隔、总产仔数、活仔数存在极显著线性相关(P<0.01)。综上所述,在妊娠期114 d对后备母猪阴户部注射0.1 mg氯前列醇钠诱导分娩,不仅可显著加快母猪分娩的进程,而且还可大大节约药物成本。此外,母猪产前背膘厚和便秘均会影响母猪同期分娩的效果,应使母猪分娩前保持最佳的背膘厚(16~20 mm),且避免母猪便秘,方可保证同期分娩的顺利实施。 相似文献
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在对高把油锯使用情况实测数据统计分析的基础上,得出了油锯伐木生产率、立米油耗的数学表达式,并相应分析了各主要影响因子的约束机理。结果表明:油锯纯锯切时间与树木胸径平方或单株村积成正比;当把单株材积与公顷出材率的乘积看作一新变量 Y 时,油锯生产率与单株材积和变量 Y 成正比,而立米油耗则与单株材积和变量 Y 分别呈二次非线性关系;051油锯的各项使用性能指标均低于 GJ85油锯。 相似文献
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本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据进行了深度发掘;通过与最新的哺乳动物成熟miRNA序列(miRNA数据库:miRBase v17.0)、miRNA前体序列、绵羊基因组序列(绵羊基因组数据库,2010年2月)的比对分析,对绵羊microRNA转录组数据库进行了大幅更新,pre-miRNA(miRNA前体)序列增至1529条,编码的miRNA成熟体序列增至1999条。通过实时荧光定量PCR技术对深度测序获得的5个miRNA在混池样品中进行了验证。绵羊miRNA的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。 相似文献
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基因组选择是指利用覆盖在全基因组范围内的分子标记信息来估计个体育种值。利用基因组信息能够避免因系谱错误带来的诸多问题,提高选择准确性并缩短育种世代间隔。根据统计模型的不同,基因组选择方法可大致分为基于BLUP(best linear unbiased prediction, BLUP)理论的方法、基于贝叶斯理论的方法和其他方法。目前应用较多的是GBLUP及其改进方法 ssGBLUP。准确性是基因组选择模型最常用的评价指标,用来衡量真实值和估计值之间的相似程度。影响准确性的因素可以从模型中体现,大致分为可控因素和不可控因素。传统基因组选择方法促进了动物育种的快速发展,但这些方法目前都面临着多群体、多组学和计算等诸多挑战,不能捕获基因组高维数据间的非线性关系。作为人工智能的一个分支,机器学习是最贴近生物掌握自然语言处理能力的一种方式。机器学习从数据中提取特征并自动总结规律,利用该规律与新数据进行预测。对于基因组信息,机器学习无需进行分布假设,且所有的标记信息都能够被考虑进模型当中。相比于传统的基因组选择方法,机器学习更容易捕获基因型之间、表型与环境之间的复杂关系。因此,机器学习在动物基因组... 相似文献
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中国地方绵羊品种的地域分布及肉用相关性状的多元分析 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】中国畜禽遗传资源种类丰富,畜禽品种数量约占全球已知种类的1/6,是世界畜禽遗传资源最为丰富的国家之一。《中国畜禽遗传资源志》是在农业部的领导和组织下,经过8年的调查和编写而成,较好的总结了中国畜禽地方品种、培育品种和引入品种地域分布和性能特点。文章对《中国畜禽遗传资源志-羊志》中地方绵羊品种的重要生产性能相关性状作进一步分析,期望从中筛选出适合于肉用品种培育的素材。【方法】整理汇总《羊志》中地方绵羊品种的主要产地,以及体尺、胴体及繁殖方面共13个肉用相关性状信息。依据《羊志》将地方品种分为蒙古系、哈萨克系和藏系并对3大谱系进行多重比较,利用R语言中主成分分析和系统聚类分析方法对信息较全的地方绵羊品种进行聚类分析。【结果】从地理分布图可以看出中国绵羊地方品种分布广泛,以新疆、云南、内蒙古和山东4个省(自治区)品种数量最多,分别为13、7、5和5个。从地形分布来看中国地方绵羊品种主要集中在北部、西北部以及西南部高原地区。从绵羊谱系分布来看,哈萨克系品种主要集中在新疆地区,藏系品种主要分布于云贵高原,蒙古系则是品种种类最多分布最广的一支,在中国北部、中原地区及东部均有饲养;3大谱系的多重比较分析结果表明,蒙古系生产性能最好,藏系最差,哈萨克系居中;主成分分析表明通过结合前两个主成分1和2能将3大谱系区分开,可以推断出《羊志》中未明确谱系的地方品种,如大尾寒羊和广灵大尾羊为蒙古系,岷县黑裘皮羊为藏系;随后系统聚类分析又将地方绵羊品种划分3个类别并对肉用相关性状进行多重比较,根据每个类别的肉用相关性状特点分别命名为低产低繁组、高产低繁组和高产高繁组。其中高产高繁组包括7个地方品种,分别为小尾寒羊、多浪羊、大尾寒羊、洼地绵羊、太行裘皮羊、豫西脂尾羊和湖羊。【结论】挑选的绵羊相关表型信息可以用来辨别并推断未知谱系绵羊品种的谱系,未来可应用于新发现绵羊品种资源的分类。在42个地方绵羊品种中发现7个品种的生产性能接近于专门化肉用绵羊品种标准,是肉用绵羊培育或配套系杂交利用的理想材料。研究不仅是对中国地方绵羊遗传资源的再认识,也为研究《中国畜禽遗传资源志》的其他畜禽品种资源研究提供参考。 相似文献
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