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舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析 总被引:5,自引:1,他引:4
摘要:克隆测序了分布于舟山海域的真鲷(Pagrus pagrus)、黑鲷(Sparus macrocephalus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)和二长棘鲷(Parargyrops edita)4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0.0967~0.2275之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0.0967,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0.2275;序列变异的转换/颠换比值在2.2930~7.3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。 相似文献
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采用双链特异性核酸酶(DSN)均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的娩鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1~3kb之间,文库滴度为1.6×106 CFU.mL-1.从文库中随机挑选5 952个克隆进行测序,共获得5 053条表达序列标签(EST),其中高质量序列4 609条.对序列进行组装后,发现非冗余基因序列3 221条,重叠群656个,单拷贝序列2 565条,冗余率为30.11%.对全部序列分析后发现,其平均读长为550 bp,大部分序列长度在500~599 bp之间,GC含量大部分分布于40%~60%之间.1 397个基因能够进行GO( gene ontology)功能注释,并初步筛选到大量与免疫功能相关的蛋白家族及功能域的基因序列,为进一步娩鱼分子育种奠定了基础. 相似文献
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为了研究急性氨氮胁迫对黄颡鱼头肾巨噬细胞抗氧化及炎症相关基因表达的影响,实验通过建立黄颡鱼离体头肾细胞模型,开展为期96 h的急性氨氮胁迫实验。结果显示,0.14和0.28 mg/L总氨氮处理组SOD基因的相对表达量显著低于对照组,但0.28 mg/L总氨氮处理组GPX基因的相对表达量显著高于其他组;0.14和0.28 mg/L总氨氮处理组IL-1和TNF基因的相对表达量显著低于对照组,而0.28 mg/L总氨氮处理组IL-8基因的相对表达量显著低于0.14 mg/L总氨氮处理组和对照组;吖啶橙染色检测发现,0.14 mg/L总氨氮处理组实验鱼头肾巨噬细胞内可见边缘不规则的黄绿色荧光,0.28 mg/L总氨氮处理组实验鱼头肾巨噬细胞内可见致密浓染的黄绿色荧光信号。研究表明,氨氮毒性能够影响黄颡鱼头肾巨噬细胞抗氧化相关基因的表达;细胞凋亡可能是造成鱼类氨中毒致死的主要原因之一。 相似文献