延边黄牛MYH3和MYH8基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛肌球蛋白重链3（MYH3）和肌球蛋白重链8（MYH8）基因多态性及其与生长性状的关联性,应用DNA直接测序法和高分辨率熔解曲线分型技术对120头24月龄延边黄牛MYH3、MYH8基因的遗传变异进行分析,并结合延边黄牛生长性状数据进行了关联分析。结果显示,在MYH3基因的29602748位点检测到一处T>G突变,包含2个等位基因：T和G,存在3种基因型：TG、TT和GG;在MYH8基因的29406042位点检测到一处C>T突变,包含2个等位基因：C和T,存在3种基因型：CT、CC和TT。关联分析显示,MYH3基因29602748位点T>G突变显著影响24月龄延边黄牛十字部高和腰角宽,表现为GG基因型十字部高显著高于TT基因型（P<0.05）,腰角宽显著高于TT和TG基因型（P<0.05）。MYH8基因29406042位点C>T突变显著影响24月龄延边黄牛体重和胸围,表现为CT和TT基因型体重显著高于CC基因型（P<0.05）;TT基因型胸围显著高于CC基因型（P<0.05）。本研究结果表明,MYH3、MYH8基因多态性与延边黄牛的部分生长性状相关,可作为现代肉牛育种中分子标记辅助选择的候选基因。     

绵羊(ATAG)n四碱基微卫星位点的筛选及其在亲子鉴定中的应用

本试验旨在筛选绵羊高度多态性四碱基微卫星遗传标记,建立适用于绵羊亲子关系鉴定的实验体系。试验以小尾寒羊为主要研究对象,从已有的绵羊参考基因组序列出发,基于全基因组序列筛选法共筛选出53个（ATAG）_n四碱基重复微卫星位点,然后通过基因分型数据共筛选出30个扩增效果好、多态信息含量（PIC）丰富的四碱基重复微卫星位点;30个位点的基因分型结果表明,共扩增出253个等位基因,平均等位基因数为8.433,等位基因数均>5,多态信息含量在0.566~0.898,观测杂合度（Ho）范围在0.548~0.903,期望杂合度（He）范围在0.631~0.921,平均期望杂合度为0.776;哈代-温伯格平衡检验30个位点均处于遗传平衡状态。随后根据PCR的扩增效率从获得的30个多态性位点中筛选出22个微卫星位点用于亲权排除概率的计算,根据多态信息含量的大小由高到低依次增加位点数进行组合。结果表明,在两个亲本的基因型均未知的情况下,标记位点数为15个时,累积排除概率可达到99.99%,其中单个位点的第一非亲排除率（non-exclusion probability of the first parent,NE-1P）介于0.321~0.663之间。利用建立的亲子鉴定体系对16只具有系谱记录的小尾寒羊样本进行检测,结果共鉴定出4个具有高置信度的绵羊家系,鉴定结果与系谱记录完全一致。本试验为绵羊分子系谱的构建、亲子鉴定以及保障绵羊育种工作的正常开展奠定重要基础。     

拷贝数变异在畜禽中的研究进展

拷贝数变异（copy number variation,CNV）具有多种形式的变异结构,在品种多样性、生物进化和疾病相关性等研究中起着重要作用,并具有片段长度大、覆盖范围广等特点。随着分子生物学的发展及DNA测序技术的日渐成熟,人们对遗传变异的研究不断向DNA分子水平深入,多态性标记在畜禽育种中已逐渐成为动物育种研究的趋势和主流。由于CNV对基因的调控和表达所造成的影响更为显著,因此,CNV在重要畜禽中的研究越来越多。目前,已检测出大量有关畜禽重要经济性状的基因序列变异,并有许多研究均表明CNV与动物的重要经济特征及疾病的发生有关。笔者主要通过参考国内外相关的研究报道,简述了CNV的相关研究背景、概念、突变机制,归纳总结了CNV对牛、羊、猪、鸡的经济性状、繁殖性状和疾病调控的影响,以期通过对这些重要畜禽的基因组学研究揭示其适应性遗传机理和表型性状差异的遗传基础,开发相应的分子遗传标记,为畜禽的标记辅助选育提供理论基础。     

肌肉发生相关长链非编码RNA研究进展

肌肉参与机体的运动、协调和体温调节等一系列生命活动,同时畜禽肌肉是人类重要的蛋白质来源。肌肉发生过程中的不同调控机制可引起肌肉发育的阶段性差异,而整个肌肉发育主要以两个时期（胚胎期和出生后）的发育状态体现。长链非编码RNA（lncRNA）是一类不具有蛋白编码能力且长度>200 nt的RNA分子。近年来,随着基因组学和分子生物学技术的高速发展,发现lncRNA广泛参与到肌肉发育的各个阶段,以多种作用机制调控肌肉的发育过程。作者介绍了肌肉的发育过程,综述了目前发现的与肌肉发育相关的lncRNAs及其作用机制,并阐述其在肌肉发育的不同阶段发挥的重要作用,为进一步研究肌肉发育相关lncRNAs提供了参考。     

lncRNA作为竞争性内源分子的作用机制及研究进展

竞争性内源RNA （competing endogenous RNA,ceRNA）假说提出具有相同短序列非编码微小（microRNA,miRNA）应答元件（microRNA response element,MRE）的转录物通过竞争的方式结合miRNA,从而影响转录物的表达水平。ceRNA假说颠覆了miRNA与靶基因单向调控的传统观念,在RNA调控网络中具有重要的生物学意义。在众多转录物中,长链非编码RNA （long non-coding RNA,lncRNA）是一类序列长度超过200个核苷酸的非编码RNA,对lncRNA的研究涉及到遗传、分子生物、基因调控、疾病（癌症、神经系统疾病等）等领域。miRNA与lncRNA形成了一个相互作用的调控网络,lncRNA可作为ceRNA抑制miRNA的功能,从而影响后续基因的表达。近年来,随着生物信息学技术的发展,科研人员发现ceRNA作用机制不仅涉及到人类癌症疾病,而且在各种复杂动物的肌细胞分化、脂肪细胞分化和颗粒细胞凋亡等生物过程中也发挥重要的调控作用。作者追溯了ceRNA调控机制,分析了ceRNA网络调控的影响因素,综述了ceRNA在不同动物中调控miRNA的研究进展,为进一步研究lncRNA与miRNA的调控网络提供参考,为畜牧业发展及复杂动物疾病治疗提供新的思路。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。     

A pioneering survey of deep-diving and off-shore cetaceans in the northern South China Sea

A pioneering boat-based survey was conducted in 2019, to gather baseline information regarding the presence, composition, relative abundance, and spatial distribution of deep-diving and off-shore cetaceans in the northern South China Sea (SCS). A total of 27 sightings comprising at least 8 cetacean species were recorded during the 13-day survey, including 5 deep-diving species (i.e. Risso's dolphin [Grampus griseus], short-finned pilot whale [Globicephala macrorhynchus], sperm whale [Physeter macrocephalus], Cuvier's beaked whale [Ziphius cavirostris], and an unidentified beaked whale [either the ginkgo-toothed beaked whale, Mesoplodon ginkgodens, or Deraniyagala's beaked whale, Mesoplodon hotaula]), as well as 3 off-shore dolphins (i.e. pantropical spotted dolphin [Stenella attenuate], striped dolphin [Stenella coeruleoalba], and Fraser's dolphin [Lagenodelphis hosei]). With the exception of pantropical spotted dolphins, all other species were sighted and recorded at sea in the northern SCS for the first time. The pantropical spotted dolphin was the most frequently sighted species, comprising 30% of the total sightings. Deep-diving cetaceans were mainly sighted in the northern Xisha Archipelago, whereas off-shore dolphins were distributed across the survey area. The pantropical spotted dolphin was observed in aggregations of more than 100 individuals and nearly all encountered species included calves; these findings suggested that the survey area functions as an important feeding and calving ground for various cetacean species. This pioneering survey provides fundamental information regarding cetacean fauna in the northern SCS and highlights the need to strengthen research and conservation efforts concerning these species.     

头骨形态指标鉴别水貂来源有效性的评估

人工驯养野生动物是获取野生动物产品的重要手段,但是非法盗猎的野生动物产品以人工饲养的名义进入市场,就会对野生动物的保护形成挑战。因此,准确鉴别市场上的动物产品是来自养殖场还是野外,是保护野外种群,维持养殖业正常秩序的关键。本研究以北美水貂(Neovison vison)为例,基于颧骨内侧空间(ZAS)、颧宽(ZAA和ZBA)、颅基长(BSL)、下颌长(MDL)、眶后收缩(POC)和最大面部宽度(GFB)等量度,建立了9个头骨形态计量学指标:POC/GFB、POC/BSL、POC/MDL、ZAS SQRT/BSL、ZA SSQRT/MDL、ZBA×BSL/2ZAS、ZBA×MDL/2ZAS、ZBB×BSL/2ZAS和ZBB×MDL/2ZAS。野生组(n=32,9雄23雌)和饲养组(n=45,35雄10雌)的比较表明,除POC/GFB外,所有指标对于在两组样品之间均有显著差异,整体判别正确率为73.2%—85.5%。在性别已知的情况下,雄性的整体正确率为82.4%—93.8%,雌性为41.7%—85.7%。为此,应针对不同性别、不同来源的动物建立相应的参考数据,利用似然比进行鉴别。本研究的结果不仅可用于北美水貂的鉴别,也为其他小型食肉动物的鉴别提供经验。     

人工养殖西伯利亚狍肠道微生物组成的雌雄差异

肠道微生物是一个复杂的生态系统,与宿主的健康、疾病以及其他因素有着密切的关系。目前,关于肠道菌群结构和功能的研究较多,但是对西伯利亚狍肠道菌群的研究还未见报道。西伯利亚狍(Capreolus pygargus)属于反刍动物,有独特的消化特性和微生物群来帮助它们适应高纤维的食物。本研究利用高通量测序技术在Illumina MiSeq平台上对14只狍肠道微生物进行16S rRNA基因分析。结果表明:个体样本中门类组成的差异,雌性个体JY3和雄性个体JY9除Firmicutes,Bacteroidetes,Proteobacteria这3类菌群外,其他门类菌群所占比例都很低。在科水平上,雌性个体中Ruminococcaceae在JY7和JY13肠道内含量相对较少,Bacteroidaceae在JY7,JY10和JY13中含量较高。雄性个体中Ruminococcaceae在JY11和JY14肠道内含量较少,Prevotellaceae在JY4中含量较少。在属水平上,雌性个体特有的菌属为Roseburia,Alloprevotella,Lachnospiraceae_incertae_sedis和Coprococcus;雄性个体特有的菌属为Fusobacterium,Succiniclasticum,Streptococcus和Clostridium sensu stricto。Alpha多样性分析表明,Ace指数范围2128.93—772.98,Chao1指数范围2128.89—785.27,Shannon指数范围5.44—3.78,Simpson指数范围0.07—0.01。在不同物种分类水平上,雌雄狍肠道内的优势菌群有些不同。PCoA(principal co-ordinates analysis)分析显示,狍样本几乎混在一起,没有明显差异。     

内蒙古贺兰山马鹿的种群数量及种群结构

为了掌握内蒙古贺兰山国家级自然保护区内马鹿(Cervus elaphus)的种群数量和种群结构,维护内蒙古贺兰山的生态平衡。于2017年11—12月,2018年4—6月、11—12月,2019年4—6月,在内蒙古贺兰山国家级自然保护区内,利用样线法对保护区内的马鹿进行调查,采用Distance R进行数据分析,估测种群数量和种群密度,并对种群结构进行探讨。研究发现,马鹿在2018年冬季种群数量最高约为2452(1678—3578)只,种群密度为3.705(2.539—5.048)只/km²,遇见率为1.943只/km。遇见率年际间变化不明显(F=0.12,P=0.986);混合群出现的次数最高,雄性群出现的次数最低,不同集群类型在不同季节的差异极显著(P<0.001);群大小在不同季节的差异不显著(P=0.132);雌雄比在不同季节中没有太大变化。