整合宏基因组学分析生猪养殖粪污发酵过程中耐药基因的动态变化

【目的】探究生猪养殖粪污在堆肥过程中耐药基因的消减规律。【方法】以猪粪和菌渣为发酵原料，进行有氧堆肥处理，在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天，进行上、中、下分层多点采样，提取总DNA构建文库，经定量和检测合格后，进行宏基因组测序分析。通过宏基因组学方法对堆肥过程中耐药基因的动态变化进行分析。【结果】堆肥期间共发现613个耐药基因，分别对32类抗生素产生耐药。其中，丰度较高的抗生素分别为青霉烷类抗生素(Penam)、头孢菌素类抗生素(Cephalosporin)、氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside antibiotic)、磷霉素类抗生素(Fosfomycin)、糖肽类抗生素(Glycopeptide antibiotic)和四环素类抗生素(Tetracycline antibiotic),这与现实中常用的抗生素种类相吻合。分析发现耐药基因的消减出现2个峰值，第一个峰值出现在试验起始时，在第4天迅速下降，然后在第12天(对照组)和第8天(实验组)达到第二个峰值，随着细菌的自然凋亡，耐药基因的丰度又下降到低值，慢慢消减下去。【结论】在堆肥过程中，生猪养殖粪污中耐药基因丰...     

鸡胸腺组织中免疫相关circRNA鉴定

【目的】 筛选鸡胸腺中免疫相关的环状RNA （circular RNA，circRNA），研究circRNA在鸡免疫调节中的作用。【方法】 采用高通量测序平台Illumina PE150对黄羽肉鸡和山地乌骨鸡的胸腺组织进行转录组测序，用生物信息学分析软件find_circ和CIRI识别circRNA分子，鉴别其基本结构特征。通过差异显著性分析筛选差异表达circRNA，再经过GO功能和KEGG通路富集分析筛选出免疫相关circRNA，用IRESfinder和PFAM软件进行circRNA编码潜能预测，并用实时荧光定量PCR进行验证。【结果】 circRNA在鸡胸腺中有丰富的表达，共识别到8 015个circRNAs，其中115个circRNAs在胸腺组织中的表达量呈显著差异（log₂|FoldChange|>1，P<0.05），在黄羽肉鸡中上调表达基因54个，下调表达基因61个（以山地乌骨鸡为对照）。GO功能富集结果显示有104个GO条目与免疫相关，涉及23个差异表达cricRNAs，占比高达20%（23/115）。KEGG通路分析结果显示，差异表达circRNA来源基因集中在细胞因子-细胞因子受体相互作用、RIG-Ⅰ样受体信号通路、Toll样受体信号通路等7个免疫相关通路中，共涉及7个差异表达circRNAs。有5个circRNAs在GO功能和KEGG通路富集分析中重复出现：circ_0002478（IL-1R1）、circ_0003208（MAPK11）、circ_0001674（STX8）、circ_0005105（RIPK2）和circ_0003590（BRAF），推测它们可能在免疫系统调节中扮演着重要角色。实时荧光定量PCR结果显示，5个circRNAs在2个鸡品种胸腺组织中的表达差异与测序结果一致，circ_0002478（IL-1R1）不仅在两品种间差异极显著（P<0.01），而且具有编码多肽潜能，它可能以多种方式参与免疫调节。【结论】 鸡胸腺组织中有丰富的circRNA，在与免疫相关的circRNA中circ_0002478（IL-1R1）可能通过多种方式参与免疫调节，可作为鸡免疫力研究的重点关注靶点。