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紫背天葵高通量转录组测序分析 总被引:6,自引:0,他引:6
为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21 387 624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点。对所得Unigene进行不同数据库注释,22 048和14 417个Unigene分别在Nr和Swiss Prot数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关。 相似文献
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为获取正常生长状态下紫背天葵花青素合成相关基因,本研究以全株紫背天葵为试验材料,采用高通量测序技术(Illumina Hi Seq 2500)对紫背天葵全转录功能基因组测序后组装,再通过GO、Swiss-Prot和NR三大数据库进行花青素相关功能基因筛选,共获得29个花青素相关Unigene,包括17个花青素相关糖基转移酶、3个花青素酰基转移酶、6个花青素相关还原酶以及3个无色花色素双加氧酶(合酶)。聚类分析研究表明,涉及到花青素合成相关的四类酶成员的29个Unigene中,花青素酰基转移酶家族内部之间亲缘关系最近,无色花色素双加氧酶次之,花青素相关还原酶亲缘关系稍远,而花青素相关糖基转移酶家族成员亲缘关系最远。本研究获取的29个紫背天葵花青素相关Unigene信息,为进一步研究紫背天葵花青素生物合成过程及基因克隆等奠定了理论基础。 相似文献
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为了解马齿苋中重要初生代谢产物成分及其在不同部位相对含量及联系,利用高效液相色谱串联质谱进行广靶代谢组学分析.发现在马齿苋中检测到脂质、氨基酸及其衍生物、有机酸、糖及醇类、维生素等5类重要初生代谢产物分别含化合物69、59、36、21、8种;聚类热图分析表明,在马齿苋根茎叶中,脂质和氨基酸及其衍生物总体含量较高,有机酸含量次之,糖及醇、维生素含量较低;脂质、氨基酸及其衍生物和维生素在叶部总体含量较高,有机酸在茎部总体含量较高,糖及醇在根茎叶部含量无明显差异.5类次生代谢产物所含的193种化合物在马齿苋根茎叶部的含量具有明显差异. 相似文献
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