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[目的]MicroRNA通过调控其靶基因在生物活动中起到重要的作用,本研究目的是为了明确尖孢镰孢菌与番茄互作早期相关milRNAs的分子功能及调控机制。[方法]采用实时荧光定量PCR法对尖孢镰孢菌番茄专化型菌株侵染寄主早期pri-milRNAs和milRNAs靶基因进行基因表达分析,利用STRING蛋白互作网络数据库和Cytoscape软件预测该菌株milRNAs与靶基因间的蛋白互作网络,并结合DAVID在线分析工具对相关基因进行生物学功能分析。[结果]实时荧光定量PCR结果表明,供试的pri-milRNA_2a和pri-milRNA_2b与FOXG_03470、pri-milRNA_3b与FOXG_04910、pri-milRNA_4与FOXG_08812、pri-milRNA_6与FOXG_00067表达趋势基本相反,4个miLRNA与相应基因可能存在靶标关系;蛋白互作网络预测结果可知,尖孢镰孢菌fox_milRNA_1、fox_milRNA_2、fox_milRNA_3和fox_milRNA_8的靶基因间互作较为紧密。其中,fox_milRNA_1的靶基因FOXG_04240与f... 相似文献
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玉米同义密码子偏爱性分析 总被引:4,自引:0,他引:4
应用CodonW软件对玉米(Zea mays)基因组中的7 402个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算了位于密码子3个位置的G+C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等,并确定了玉米的最优密码子.结果显示,玉米密码子第3位的G+C含量明显高于第1、2位,表现出对以G或C碱基结尾的密码子发生强烈偏向使用;且确定的27种最优密码子均以G或C碱基结尾.分析结果对指导外源基因进行分子改造,提高其在玉米中的表达效率及完善玉米基因预测软件和程序,提高新基因预测和基因组注释准确性等具有重要意义. 相似文献
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适当降低株高,增强品种抗旱性,提高品种丰产性是甘肃旱地冬小麦育种新策略。为了明确近20年甘肃冬小麦品种(系)中矮秆基因的分布以及株高变化情况,本研究利用6个主要矮秆基因的特异性分子标记对92份冬小麦品种(系)进行基因型检测,并对矮秆基因的利用情况进行分析。结果表明,供试品种(系)中均含有Rht-D1b基因,其次是Rht8、Rht13和Rht5(分布频率分别为59.8%、29.3%和10.9%),但并未检测到Rht-B1b和Rht12。Rht5和Rht13基因主要分布在陇南(天水市和陇南市)的山旱地品种(系)中,频率分别为16.7%和36.7%,Rht8主要分布在陇南川区品种(系)中,频率为77.4%。同时含有2个矮秆基因的材料有39份,分布频率为42.4%,其中Rht-D1b+Rht8的分布频率最高(33.7%);同时含有3个矮秆基因的材料有25份,分布频率为27.2%,其中Rht-D1b+Rht8+Rht13的分布频率最高(19.6%);同时含有4个矮秆基因Rht-D1b+Rht5+Rht8+Rht13的材料只有1份,分布频率为1.1%。含多矮秆基因组合的品种(系)在陇南川区的分布频... 相似文献
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玉米叶绿体基因密码子使用频率分析 总被引:3,自引:0,他引:3
本研究应用软件CodonW,对玉米叶绿体蛋白编码基因的密码子用法进行了初步分析,计算了位于密码子3个位置的GC含量和同义密码子的使用频率,并确定了玉米叶绿体基因组的最优密码子。结果显示玉米叶绿体基因GC含量低,密码子第三位的GC含量最低,偏好使用以A或T碱基结尾的密码子;且确定的25种最优密码子也主要以A或T碱基结尾。分析结果对指导外源基因进行分子改造,提高其在玉米叶绿体中的表达效率及细胞器分子进化研究等具有重要意义。 相似文献
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条锈病流行对小麦生产造成巨大损失,选育和种植持久抗性品种是防治小麦条锈病最经济有效的策略。为达到多基因聚合培育持久抗病品种的目标,必须不断发掘抗病种质、解析其抗病遗传机制并开发分子标记。基于文献,对条锈病抗性基因发掘涉及的抗病性、分子标记、基因定位方法和定位进展及其在育种中的应用进行了综述,明确了小麦条锈病基因定位涉及技术的现状、局限性及优势,从而为后续的条锈病抗性基因发掘、多基因聚合和持久抗性小麦品种的选育与生产布局提供技术指导,以降低西北麦区和小麦主产区条锈病流行的频率,进一步促进国家粮食安全。 相似文献