郏县红牛POLB基因克隆及生物信息学分析

【目的】克隆郏县红牛DNA聚合酶β(DNA polymerase beta, POLB)基因,并对其进行生物信息学分析。【方法】以郏县红牛肌肉组织cDNA为模板,通过PCR方法克隆POLB基因完整CDS区序列;利用在线软件进行遗传距离分析并构建系统进化树,分析POLB蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、跨膜结构、信号肽、二级结构、三级结构和互作蛋白。【结果】郏县红牛POLB基因CDS区序列全长1 008 bp,编码335个氨基酸。系统进化树分析表明,郏县红牛POLB基因氨基酸序列与绵羊等反刍动物的亲缘关系最近,与其他哺乳类动物和禽类次之,与斑马鱼(鱼类)最远。郏县红牛POLB蛋白分子质量为38.26 ku,理论等电点(pI)为9.10,半衰期为30 h,不稳定系数为31.06,总平均亲水系数为-0.659,属于稳定的亲水性蛋白;磷酸化位点预测分析发现,郏县红牛POLB蛋白包含17个丝氨酸磷酸化位点、12个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点;跨膜区和信号肽预测结果显示,郏县红牛POLB蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白;二级结构和三级结构预测发现,其主要包含α-螺旋、β-转角、延伸链和无...     

丁酸梭菌对肉鸡肠道短链脂肪酸含量和菌群多样性的影响

【目的】探究丁酸梭菌在肉鸡消化道内的定植能力以及丁酸梭菌对肉鸡肠道短链脂肪酸含量和菌群多样性的影响。【方法】选择90只健康状况良好的1日龄爱拔益加肉鸡,随机均分为空白组和丁酸梭菌组,每组3个重复,每个重复15只鸡。空白组灌喂生理盐水,丁酸梭菌组灌服荧光标记的丁酸梭菌,3 h及16日龄进行解剖并采集回肠上皮细胞观察荧光情况。随后另外选择30只健康状况良好的1日龄雏鸡,随机分为对照组和试验组,试验组1～6 d饲喂含丁酸梭菌的饲粮,之后饲喂基础饲粮,对照组全程饲喂基础饲粮,试验期21 d。在16和21日龄时,分别采集回肠和盲肠中段内容物,测定乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸、己酸和总短链脂肪酸含量,并进行微生物种类、物种丰度比例、菌属以及蛋白功能丰度等差异分析。【结果】3 h及16日龄丁酸梭菌组回肠上皮细胞周围均呈现出荧光现象,表明丁酸梭菌能够定植于消化道上皮细胞。短链脂肪酸含量测定结果显示,与对照组相比,在肉鸡回肠内容物中,试验组16日龄乙酸、丙酸、异丁酸、异戊酸和戊酸含量均极显著增加(P<0.01);21日龄丙酸、异戊酸和戊酸含量均极显著增加(P<0.01),乙酸、异丁...     

贵州尾矿区野生豆科牧草根瘤菌及其抗性测定

为了筛选获得对复合重金属具有耐受能力且能在本地豆科植物根系内定殖共生的抗性根瘤菌,本研究从贵州省内的锰矿区、铅锌矿区采集野生豆科牧草根瘤样品,经分离纯化、菌体形态观察、16S rRNA基因序列比对分析,获得71个根瘤菌保存菌株。系统发育和区系分析结果表明,分离菌株分属7属28种,其中根瘤菌属(Rhizobium)的分布频率高达54.93%,为优势属,木兰根瘤菌(R.indigoferae)的分布频率最高(15.49%),为优势种。选择来自不同尾矿区、不同种类的根瘤菌17株,采用重金属平板法测定各供试菌株对贵州尾矿土分布较多的Pb²⁺,Zn²⁺,Cr⁶⁺,Mn²⁺,Cd²⁺五种重金属的耐受性,结果发现17个菌株对3种或3种以上的重金属都具有不同程度的耐受能力,其中HMZT039-6,HSST042-6,HSST042-1,ZHQT052-1和HXTT050-1对5种重金属离子均有耐受能力,为筛选出的最优抗性根瘤菌株。本研究结果可为本地区土壤重金属污染的修复治理提供共生微生物资源。     

PCV2a与PCV2b鉴别诊断PCR方法的优化及应用

猪圆环病毒2型（Porcinecircovirustype2,PCV2）是严重危害养猪业的重要病原之一,根据基因组大小可分为2个基因型：PCV2a和PCV2b。为更好地掌握PCV2a和PCV2b在我国猪场的流行情况,本研究对先前的鉴别PCR诊断方法（涉及到引物、PCR体系及程序）进行优化,并应用优化的鉴3qPCR方法对1184份PCV2阳性样品进行检测,结果显示PCV2a占30．5％（36／118）,PCV2b占37．3％（44／118）,共感染占32．2％（38／118）,与常规PCR检测结果符合率为100％,此外,对30份,瞄床送检组织和血清样品也有很高的检出率。部分鉴别PCR扩增的目的产物进行测序及序列进化树分析,表明扩增序列为PCV2a与PCV2b的特征序列。经本研究优化后的鉴别PCR方法易操作、特异性强、敏感性好,可广泛用于临床样品中PCV2a和PCV2b的快速检测。     

梭梭根系的研究

研究内蒙古自治区阿拉善盟阿左旗吉兰泰地区天然梭梭根系形态特征与生长状况,选取不同龄级标准木,采用全根挖掘法观察根系形态特征、风干称重法计算地上与地下生物量、烘干法(105℃)测定不同深度土壤含水量。结果表明:梭梭垂直根系发达,具有迂回生长的特点;侧根少,水平根系主要分布在50～100cm土层;不同树龄梭梭根系生物量占总生物量的比重变动为35%～40%;梭梭土壤水分稳定层为40～100cm,该层土壤含水量为2%～3%。此外,还对梭梭根长与树高、地下与地上生物量关系进行了研究。     

香蕉茎叶粉固态发酵条件优化及鹅对其养分利用率的研究

本试验旨在研究应用固态发酵技术改善香蕉茎叶粉养分组成的工艺参数及鹅对其养分的利用率。选择米曲霉和产朊假丝酵母作为发酵菌种,逐步探究5个因素(单菌种发酵、硫酸铵添加量、米曲霉和产朊假丝酵母接种比例、混合菌液接种量)对发酵后香蕉茎叶粉蛋白质含量的影响。利用正交设计筛选最优发酵温度、底物水分和发酵时间的组合。结果显示:米曲霉和产朊假丝酵母单独发酵均能显著或极显著提高发酵后香蕉茎叶粉的粗蛋白质含量(P0.05或P0.01)。添加硫酸铵能显著或极显著提高发酵后香蕉茎叶粉的真蛋白质含量(P0.05或P0.01),其中添加2%硫酸铵组的真蛋白质含量最高。米曲霉∶产朊假丝酵母接种比例为2∶1的处理发酵后香蕉茎叶粉的蛋白质净增加量显著或极显著高于比例为1∶1、1∶3和3∶2的处理(P0.05或P0.01)。正交试验结果显示,以4%的接种量、接种比例为2∶1(米曲霉∶产朊假丝酵母)、2%的硫酸铵添加量,在基质水分为50%,30℃的环境下发酵4 d效果最佳。经过该工艺发酵后的香蕉茎叶粉粗蛋白质含量提高了33.82%,氨基酸分析结果显示,除赖氨酸和精氨酸外其余的15种氨基酸含量均有不同程度的提高。马冈鹅的代谢试验结果显示,发酵后香蕉茎叶粉中的粗蛋白质利用率提高了52.66%,极显著高于发酵前(P0.01);此外,代谢能和能量利用率也都略有提高(P0.05)。由此可见,经过该发酵工艺发酵后的香蕉茎叶粉营养价值不仅得到了改善,也促进了鹅对其养分的消化吸收。     

Correction of the Mutant SLA-1-632-TPK Gene from ToPigs Pig and Construction of SLA-1-TPK/pMD19-T Recombinant Plasmid

The swine leukocyte antigen (SLA) genes in pigs were the important immune gene group in antigen presentation, and studing on SLA could provide the references for the prevention of some infectious diseases. Earlier studies found that SLA-1-632-TPK gene in ToPigs pig had a deleted base in its coding sequence (a single base "C" was lost in 632 bp from the 5' end of the SLA-1-632-TPK gene), which lead to frameshift mutation. In order to correct the SLA-1-632-TPK gene, two pairs of gene-correction's primers were designed to correct the gene by the splicing overlap extension PCR (SOE-PCR) in template of recombinant plasmid of SLA-1-632-TPK/pMD18-T. Firstly,the 5'and 3'ends of SLA-1-632-TPK gene were amplified, respectively, then both of them were spliced and amplified to form an intact SLA-1-632-TPK gene. After detected by agarose electrophoresis, the interest of the product was further cloned into pMD19-T Simple vector. The positive clones were screened by colony PCR and then sequenced. The result showed that the 5'and 3' ends of the SLA-1-632-TPK gene were all amplified successfully by SOE-PCR, with the products of about 650 and 590 bp, which were consistent with the theoretical value of 648 and 585 bp, respectively. After spliced, the intact sequence of SLA-1-632-TPK gene was obtained with the product of about 1 200 bp, which was close to the theoretical value of 1 223 bp. The colony PCR result showed that the corrected gene was successfully inserted into pMD19-T Simple vector . After the sequence was analyzed by GENETYX version 9.0, it was shown that the nucleotide "C" in 632 bp numbered from the 5'end of the gene was added and the SLA-1-632-TPK gene was coded correctly. In this study, the SLA-1-632-TPK was corrected successfully, and the recombinant plasmid SLA-1-TPK/pMD19-T was constructed, which would lay a foundation to further study the protein expression and associated function of SLA-1-TPK.     

小檗碱对禽源大肠杆菌抑菌作用及耐药消除作用的转录组学分析

为了探究中药对大肠杆菌抗生素耐药性的消除机制,以小檗碱为处理药物,使用小檗碱浓度为250 μg/mL （1/2最小抑菌浓度（MIC））的LB肉汤培养临床分离的禽源耐药大肠杆菌,每隔24 h传一代,共传3代。对第3代菌液以影印法分离突变菌,以微板法测定突变菌的左氧氟沙星MIC。经测定发现突变菌对左氧氟沙星的MIC由16 μg/mL降至8 μg/mL,说明对左氧氟沙星的耐药性具有消除作用。为了解小檗碱作用大肠杆菌的分子机制,通过转录组测序方法对耐药性消除前后禽源大肠杆菌基因表达水平进行对比分析。结果显示,小檗碱作用后共有45个基因的表达量发生显著变化,其中有30个基因表达量上调,15个基因表达量下调。经过GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析,发现上调主要为：与色氨酸合成有关的基因,磷酸吡哆醛结合相关3个基因,表达转酮酶基因;下调主要为：双组份系统中多个基因,十一异戊二烯焦磷酸磷酸酶（UppP）编码基因ybjG,酰基辅酶A脱氢酶合成有关的基因。推测大肠杆菌体内酶活性降低是小檗碱抑菌的主要机制;大肠杆菌多重耐药外排泵表达降低、细胞膜和细胞壁成分的改变是小檗碱耐药性消除的主要机制。     

猪圆环病毒2型IgM抗体间接ELISA的建立

猪圆环病毒2型(PCV2)是断奶仔猪多系统衰竭综合症的重要原发性病原,其感染的早期检测有助于及时采取防控措施。以重组衣壳蛋白(Cap蛋白)作为包被抗原,通过对反应条件的优化,建立了PCV2 IgM抗体间接ELISA,其最适抗原包被浓度为1.25 μg／mL,最适血清稀释度为1∶100,临界值为0.35。该检测方法与其他5种常见猪疫病阳性血清无交叉反应,特异性良好。批内、批间重复试验的变异系数均在2%~6%,重复性好。对100份临床样本的检测结果表明,该检测方法与国外同类试剂盒相比,敏感性为90.3%,特异性为92.8%,总符合率为92%。试验结果表明,所建立的PCV2 IgM间接ELISA特异性好和敏感性高,适用于PCV2感染早期的流行病学调查。     

不同CO2浓度对苜蓿分枝期光合性能的影响

以苜蓿（Medicago sativa）‘Maverick’为试验材料,研究不同CO₂浓度下苜蓿分枝期的光合能力日变化情况,探索未来大气CO₂浓度上升过程中苜蓿的生产潜力,为未来牧草种植产业提供指导。结果表明：当开顶式生长室中CO₂浓度为550和700 μmol·mol^-1时,‘Maverick’的叶绿素含量对比室外对照组分别提高了2.4%和3.6%,但差异不显著。净光合速率（Pn）日平均值分别提高了114.69%和116.54%。此外,CO₂浓度升高提高了苜蓿的光系统Ⅱ（PSII）的原初光能转换效率（Fv/Fm）、潜在活性（Fv/Fo）、实际光化学量子产量（Yield）,并显著增加了光化学淬灭（qP）,降低非光化学淬灭（NPQ）。研究结果表明在高CO₂浓度条件下更利于‘Maverick’叶绿素捕获光能,PSII反应中心比例大,光合作用增强。