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广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列,设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术,成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组,将这11个基因片段克隆,并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,核苷酸同源性分别为85.4%、84.6%、88.7%、85.7%、85.7%、85.3%、85.6%、95.3%、85.7%、85.7%85.4%、83.4%、84.3%,推定的氨基酸同源性分别为92.6%、91.7%、94.2%、93.1%、92.9%、92.3%、93.0%、97.7%、92.6%、93.0%、92.6%、90.5%、90.6%。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异,表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析,所比较的14株CSFV被分为2个群:GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ,其余的11个毒株被归为群Ⅱ,GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较,结果显示,基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。 相似文献
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以免疫信息学和反向疫苗学为理论根据,利用RT-PCR法获得了猪水泡病病毒(SVDV)HK/70株的基因组序列并测序,应用生物信息学相关软件和方法,对SVDV结构蛋白的二级结构的不同方面及其抗原特异性淋巴细胞表位进行了预测,综合评价了SVDV结构蛋白的抗原特异性细胞表位,并计算出一些潜在的抗原位点。结果表明,VP1蛋白含有的细胞优势抗原表位最多,但其他结构蛋白也含有抗原特异性淋巴细胞表位,有的甚至有可能成为优势抗原表位或对优势抗原表位有协同作用。 相似文献
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参照捻转血矛线虫Hc38基因核酸序列(登录号:AY749124)的保守结构域设计1对引物,采用RT-PCR方法从绵羊捻转血矛线虫雌性成虫中扩增出约429 bp的cDNA序列,将其克隆到pMD19-T中,经酶切鉴定证实,并进行序列测定.与AY749124序列同源性为99%.进一步将克隆基因与原核表达载体pPRO EX HTa构建重组表达载体,经IPTG诱导,能在DH5a细菌中表达了相对分子质量约17 000的融合蛋白.经Western blot等检测表明,诱导表达的抗原蛋白能与捻转血矛线虫阳性血清发生特异性反应. 相似文献
97.
2型猪圆环病毒感染对小鼠组织中Caspase3、Bak及Bcl-2基因表达的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
Caspase3、Bcl-2、Bak是细胞凋亡过程中3种重要的调节蛋白,为研究感染猪圆环2型病毒(PCV2)后体内细胞的凋亡情况,本实验以BALB/c小鼠为实验模型,建立了SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测细胞凋亡的方法.结果表明实验组Caspase3的表达在各时间段里与对照组相比均呈上升趋势,提示了PCV2感染可以上调Caspase3水平,从而增加被病毒感染组织的细胞凋亡,而小鼠心、脑、脾等组织Bak基因表达明显上调,Bcl-2基因表达水平也伴随Bak基因而升高.这些结果揭示了PCV2感染BALB/c小鼠后,相关细胞凋亡基因在体内的作用与机制,同时为今后细胞凋亡的检测提供了新的方法. 相似文献
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为鉴定兔豆状囊尾蚴(C.pisiformis)合适的诊断或免疫用抗原,本研究根据带科其他种属绦虫14ku基因的保守区设计引物,利用RT-PCR从C.pisiformis总RNA中成功扩增出长度为261bp的基因片段,命名为Tp14,预测其编码87个氨基酸。对其核苷酸同源性分析表明,该基因序列与泡状带绦虫、细粒棘球蚴、猪带绦虫基因序列的相似性均大于85%,处于同一进化分支上,表明该基因具有种属特异性;同时通过生物信息学软件对其蛋白二级结构、疏水性及抗原表位等方面的预测,认为其有望成为诊断或免疫用抗原。 相似文献
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大沙鼠(Rhombimys opimus)对甘肃省河西地区沙生荒漠植被造成严重危害。试验选取5种化学药剂,在民勤县荒漠梭梭林内进行大沙鼠药剂防治试验,结果表明:0.5%大卫和磷化锌的防治效果较好,校正灭洞率分别为88.24%和83.39%;克鼠星1号和C型肉毒素的校正灭洞率分别为78.70%和71.24%;鼢鼠灵的防治效果最差,校正灭洞率为9.67%。0.5%大卫与克鼠星1号、C型肉毒素、鼢鼠灵之间均存在显著差异(P0.05),磷化锌与C型肉毒素、鼢鼠灵之间均存在显著差异(P0.05),说明0.5%大卫、磷化锌对大沙鼠的防治效果最佳,克鼠星1号和C型肉毒素对大沙鼠也有较好的防治效果。 相似文献
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RT-PCR技术诊断猪瘟的应用研究 总被引:20,自引:2,他引:20
应用反转录—聚合酶链反应(RT-PCR)对猪瘟进行诊断应用研究。应用RT-PCR况对来自广西不同地区的135份疑似猪瘟病料进行检测,以份诊断为阳性,阳性率62.2%。从百色、柳州地区等采集的健康猪扁桃体和淋巴结共276份,经RT-PCR检测,37份为阳性,阳性率为13.4%。其中健康猪扁桃体带毒较高,246份扁桃体中有35份阳性,占14.2%。采自柳州健康猪的26份淋巴结材料全为阴性,只有邕宁县的1份健猪淋巴结阳性。结果表明,RT-PCR技术可应用于猪瘟的临床诊断。 相似文献