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【目的】 筛选不同温度下烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)侵染后枯斑三生烟(Nicotiana tabacum var. Samsun NN)差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),研究lncRNA在枯斑三生烟抗性反应中的作用。【方法】 N基因的温度敏感性使枯斑三生烟在25℃时具备对TMV的抗性、在31℃抗性丧失,在这两个温度条件下对枯斑三生烟接种TMV和磷酸盐缓冲盐水(phosphate buffered saline,PBS),48 h后提取系统叶总RNA,构建链特异性文库后进行深度测序。对测序结果进行过滤后利用HTSeq将有效数据与近缘品种TN90(N. tabacum var. TN90)基因组比对,筛选得到lncRNA后利用FPKM法估计lncRNA的表达水平。通过edgeR筛选差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA),并利用qRT-PCR技术对这一结果进行验证。通过共定位及共表达分析预测DElncRNA的靶基因,通过参考基因组注释、GO和KEGG富集分析研究靶基因的功能。【结果】 4个处理共12个样本经lncRNA-seq各测得约8 000万条clean reads,共获得4 737条已知lncRNA、40 169条新lncRNA。其中64个lncRNA在不同温度条件下TMV侵染后存在差异表达,qRT-PCR测定结果显示这些lncRNA的测序正确率在80%左右,表明本研究所得测序数据具备较高的可信度。对DElncRNA进行靶基因预测,发现一些基因同时被25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶向。靶基因注释功能丰富,主要参与植物抗病、激素和代谢等生理过程。部分可能与激素通路相关的lncRNA,在25℃下TMV侵染时呈现下调趋势,而在31℃下TMV侵染则呈现上调趋势。GO富集分析显示靶基因主要参与构成膜、囊泡等组分,具备钙、钾离子通道抑制剂活性等分子功能,使相应离子得以转运引发随后的反应,同时也参与发病、抗原加工和呈现、细胞分裂素代谢等生理过程。KEGG分析发现靶基因显著富集在植物激素信号转导通路,25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶基因同时富集在激素信号传导、ABC运输蛋白、苯丙烷类生物合成等通路。【结论】 不同温度(25℃和31℃)条件下TMV侵染枯斑三生烟后,长链非编码RNA差异表达,DElncRNA通过作用于激素信号传导、物质转运等过程参与寄主系统获得性抗性反应。研究结果可为揭示植物系统获得性抗性中lncRNA的调控功能以及新型抗病毒技术开发提供依据。 相似文献
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动物医学专业不仅要求学生掌握扎实的理论知识,还需要具有丰富的临床实践经验。为了实现该目标,除了要求授课教师对专业知识融会贯通,更需要拥有大量典型的临床病例资料。以安徽农业大学动物医院和畜禽疾病诊断中心为平台,收集大量宝贵的临床病例资料和最新的临床诊疗技术,构建了动物医学临床教学数据库,使得诊疗动物种类多样化,案例信息全面化、系统化。该数据库的建成和应用,为临床教师提供了丰富的教学素材和资料,亦提升了学生的学习兴趣,促进了动物医学专业的教育教学发展。 相似文献
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在资料查询、专家咨询获取各种模式林分相关信息的基础上,选择华容县5种当地典型的杨树人工林复合经营模式,共设置20块样地,对相应指标进行实地调查,从生态效益、经济效益、社会效益三个方面筛选评价指标,构建了洲滩人工林复合经营的综合评价指标体系,运用层次分析法和模糊数学综合评判法对5种杨树人工林经营模式进行了评价。评价结果表明:5种杨树人工林复合经营模式的生态、经济、社会综合效益评价优劣排序为林-菜模式(0.631 3)林-菌模式(0.611 8)林-药模式(0.488 3)林-草模式(0.475 2)纯林模式(0.456 7)。无论从生态功能、经济功能、社会功能还是从综合效益来看,研究区人工林复合经营模式都优于纯林模式。 相似文献
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基于中国农村1986~2010年的时间序列数据,采用状态空间模型和中介效应分析方法检验并测算了农村金融发展对农村贫困的影响效应及其成分。研究结果表明:农村金融发展有效促进了农村贫困缓减,并且在促进农村贫困缓减的过程中中介效应与直接效应并存。 相似文献
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