7个地方鸡品种间遗传分化和聚类分析*

 利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡和萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星标记的总群体杂合度和亚群体杂合度的平均值分别为0.642和0.551,平均遗传分化系数为0.142;7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为 5.832 7 ;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为 0.805 3 ;基于Reyonalds遗传距离运用 NJ 聚类法获得的7个鸡种间的聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

我国地方鸡种Mx基因S631N位点等位基因频率分布与生态指标的因子分析

为进一步了解影响我国地方鸡种Mx基因(myxo-virus resistance gene)S631N多态位点等位基因频率分布差异的重要生态因素,利用前期研究中已获得的12个地方鸡种(包括白耳鸡BAI、茶花鸡CHA、大骨鸡DAG、固始鸡GUS、狼山鸡LAN、鹿苑鸡LUY、藏鸡TIB、仙居鸡XIA、萧山鸡XIS、北京油鸡YOU、河南斗鸡HEG和泰和乌骨鸡TAI)共计720个个体中抗性和敏感性等位基因分布数据,采用因子分析法探讨不同生态指标(包括纬度、海拔、年平均气温、年降水量、无霜期和年日照时间)与等位基因频率分布的关联及造成关联的生态影响因子。结果表明,不同生态类型对该位点等位基因频率的分布有重要影响,抗性等位基因频率与海拔呈显著正相关(P0.05),与纬度呈显著负相关(P0.01);基于样本主成分值的UPGMA聚类图和三维聚类图将12个地方鸡种分别归入4种生态类型中。     

运用模型分类法分析9个地方鸡品种间遗传结构和亲缘关系

以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布。结果表明：Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异。Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合。9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中。     

基于连接酶检测反应的PRL基因多态与清远麻鸡繁殖性能的相关性研究

旨在建立一个基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡催乳素(PRL)基因的多态性,并分析其对优良地方鸡种——清远麻鸡繁殖性能的遗传效应。本研究应用PCR-LDR方法检测PRL8052T/C和PRL8113G/C基因型,并使用SAS软件进行最小二乘分析。结果,在8052T/C位点上,CT基因型个体的52周产蛋数显著高于TT型个体;在8113G/C位点上,CG基因型个体的开产日龄显著低于GG型个体,而其52周龄产蛋数却显著高于GG型个体。2个位点的单倍型对开产日龄和52周产蛋数也存在显著的效应,CTCG型个体具有较早的开产日龄和最高的52周龄产蛋数。结果表明,PRL基因多态性与清远麻鸡繁殖性状有相关关系,PRL 8052T/C和PRL 8113G/C杂合基因型可能是提高鸡繁殖性能的分子标记,利用单倍型进行标记辅助选择可能会获得更大的遗传进展。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系(大午褐壳蛋鸡)共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型(≥48.89%);慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势...     

禽白血病病毒在惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡的垂直传播特性分析

旨在探明禽白血病病毒(ALV)在地方鸡种惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡的垂直传播特性。以惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡为素材,43周龄时进行血液与精液ALV病毒分离检测,结合系谱追溯筛选个体组建两个大试验组:阳性惠阳胡须鸡♂×阴性汶上芦花鸡♀;阴性汶上芦花鸡♂×阳性惠阳胡须鸡♀。后代群体隔离饲养,进行1日龄胎粪p27抗原、42日龄泄殖腔拭子p27抗原和病毒分离检测,并对ALV分离检测阳性样本进行PCR扩增、测序和遗传演化分析确定ALV的亚型。结果表明,阳性公鸡后代胎粪p27抗原、泄殖腔拭子p27抗原和血浆病毒分离阳性率显著高于阳性母鸡后代(P0.05),阳性公、母鸡后代病毒分离阳性率分别为8.54%和0%;阳性公、母鸡S/P值高低与其后代的p27抗原阳性率没有显著相关性(P0.05);胎粪和棉拭子p27抗原的假阳性率较高,且与病毒分离相比,胎粪p27抗原检测的漏检率为15%;序列分析和遗传演化分析结果表明病毒分离检测阳性个体均为ALV-J。公鸡在地方鸡种惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡ALV垂直传播中发挥重要作用,在禽白血病净化过程中要加强对于公鸡感染的监测。     

6种鸡形目和雁形目禽类Mx蛋白编码基因的适应性进化

为进一步了解禽类Mx基因(myxo-virus resistance gene)进化历程,结构与功能变异及筛选新的潜在抗性位点.根据GenBank中已报道的6种鸡形目(galliform)和雁形目(anseriform)禽类Mx基因编码序列,联配后进行最适核苷酸替代模型筛查,序列重组事件和核苷酸替换的饱和性检验;并采用最大似然法检测各位点承受的选择压力.AIC信息量准则检验结果表明6种鸡形目和雁形目禽类Mx基因的最优核苷酸替代模型为"GTR+G",核苷酸替换的饱和性检测结果表明序列的核苷酸替换并未饱和.单一断裂点(single breakpoint)和遗传算法扫描(GARD)在联配序列中发现两个断裂点,分别位于162bp和999bp处,将联配序列分为3个独立非重组部分.密码子置换模型的"位点特异模型"检测到禽类Mx基因编码序列承受了正选择作用,似然比检验(LRT)确定模型M2a和M8为正选择位点优先检测模型(P<0.05,P<0.01),分别在3部分非重组序列中检测到4个、1个和3个后验概率大于95%的正选择位点,正选择位点主要分布于禽类Mx蛋白特有的N-端结构域和Mx蛋白抗病毒作用所必须的三联GTP酶结合区,可能与Mx蛋白的抗病毒活性有关.     

中国地方鸡种遗传多样性和品种贡献率分析

利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量（PIC）、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于Dn遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以计算现实多样性和品种贡献率。结果表明：16个微卫星座位均为中度或高度多态位点（PIC〉0．25,PIC〉0．50）,10个地方鸡种群体总近交系数（Fit）为0．147,群体间基因分化系数（Fst）为0．134,群体内近交系数（Fis）为0．015,且3个指标均达到显著水平（P〈0．05）。DA遗传距离较为准确地反映了10个地方鸡品种间的系统进化。基于DA遗传距离获得的10个地方鸡品种群体现实多样性为1．7932,茶花鸡的品种贡献率最大（16．59％）,其次为固始鸡（14．01％）、白耳鸡（11．44％）、狼山鸡（11．34％）、北京油鸡（11．30％）、大骨鸡（8．90％）、仙居鸡（7．03％）、藏鸡（6．28％）、鹿苑鸡（5．81％）,萧山鸡的品种贡献率（5．00％）最低。研究结果可为更有效地保护我国地方鸡种资源遗传多样性提供理论基础。     

遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较

利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。     

应用系统进化方法评估徐海鸡遗传资源

利用简化基因组SNPs数据分析徐海鸡及周边地方鸡种遗传多样性,为徐海鸡的保护和利用提供支持.收集徐海鸡等13个地方鸡种血液样品,提取基因组DNA,应用简化基因组测序技术进行SNP分型,获取群体遗传学参数,并以邻接法、最大似然法、贝叶斯法构建系统进化树.结果显示:徐海鸡基因组SNPs观测杂合度为0.18,期望杂合度为0....