凡纳滨对虾类泛素折叠修饰蛋白Ufm1基因克隆、序列分析及结构预测

【目的】了解类泛素折叠修饰蛋白（Ufml）的结构特征和蛋白功能,为进一步探究Ufml基因功能提供参考。【方法】以同一生长性状分离凡纳滨对虾家系的肌肉组织为材料,构建凡纳滨对虾生长性状差减。DNA文库,通过斑点杂交筛选获得Ufml基因,经全长cDNA文库筛选获得ufml基因全长序列。【结果】Ufml基因全长cDNA序列长714bp,包含261bp的开放阅读框,推测编码的蛋白质为86个氨基酸,预测的分子量为9．3ku,等电点pI为6．55;其编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,可能定位于细胞质中,属于亲水性蛋白,含有1个酪蛋白激酶II磷酸化位点、1个N-糖基化位点、2个蛋白激酶c磷酸化位点;序列同源性分析表明,不同进化地位物种的Ufml基因存在较高的同源性。【结论】Ufml基因在系统进化上高度保守,这为进一步探究Ufml基因功能及原核表达等奠定了基础。     

凡纳滨对虾肌肉组织cDNA全长文库的构建

【目的】为了在短期内获得大量凡纳滨对虾肌肉组织的功能基因表达信息,为深入了解功能基因在凡纳滨对虾肌肉组织中的表达提供分子生物学依据。【方法】通过构建凡纳滨对虾肌肉组织的全长cDNA文库,并进行EST测序分析。【结果】文库质量分析表明,初始文库库容约8．50×10^6 CFU,重组率在95％左右,插入片断大小为0．5～4．0kb,多数在1．0kb以上。随机测序72条cDNA,可得到有功能注释的37条全长cDNA和18条编码未知蛋白的基因序列。通过Gene Ontology功能分类可将有功能注释的37个基因分为蛋白质合成、细胞骨架、细胞信号传导、代谢、转运、能量、转录、抗病及防御、生殖发育和未知功能基因等10类,其中蛋白质合成类基因最多（27．03％）,与细胞骨架（13．51％）、细胞信号传导（13．51％）及代谢类基因（13．51％）共占67．56％。【结论】构建凡纳滨对虾肌肉组织的全长cDNA文库,可实现短期内获得大量凡纳滨对虾肌肉组织的功能基因表达信息.     

基于线粒体Cyt b基因的南海北部金钱鱼种群遗传结构分析

【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（H_d）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的H_d为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（F_st）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。     

一步二温式RT-PCR检测南美白对虾桃拉综合症病毒

建立一种一步法和二温式的逆转录聚合酶链式反应，用于扩增南美白对虾桃拉综合症病毒231bp的特异基因片断，对300份南美白对虾临床样品的检测结果表明，这是一种快速和敏感的桃拉综合症病毒诊断方法。     

碱度调节对凡纳滨对虾室内高密度养殖固定化微生物处理效果的影响

在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)零换水室内水泥池高密度养殖系统中, 使用生物填料进行微生物固定化, 并通过泼洒碳酸氢钠(NaHCO₃), 将养殖池的碱度分别控制在: T1处理组130 mg (CaCO₃)/L; T2处理组100 mg (CaCO₃)/L; T3处理组70 mg (CaCO₃)/L; T4处理组不调节, 每处理组设置3个重复。在养殖周期内定期检测各水层和各生物填料层微生物的数量变化, 以及水质参数和对虾生长性状参数, 结果表明, T1和T2处理组在各水层和填料层的细菌总数和氮循环细菌数量, 显著高于T3和T4处理组(P＜0.05), 总氮浓度、无机氮浓度、对虾体质量增长速度、饵料转化率等参数亦显著优于T3和T4处理组(P＜0.05)。将碱度提高到100 mg (CaCO₃)/L以上, 可有效提高高密度养殖系统中固定化微生物的处理效果, 从而提高养殖效益。

     

凡纳滨对虾CrustinⅠ基因的克隆与序列分析

抗菌肽是无脊椎动物内源性免疫系统的重要组成部分,Crustin Ⅰ是属于抗菌肽的一类物质,是对虾抑制病原感染最重要的体液因子之一。参考基因库公布CrustinⅠ基因序列的设计引物,以抗桃拉综合症病毒（TSV）凡纳滨对虾血液总RNA为模板进行RT—PCR扩增,并将扩增产物进行克隆测序以及同源性比较。结果表明,克隆到了一个大小为539bp的核酸片段,经序列测定,该片段与凡纳滨对虾cmstin基因同源性达95．6％,而与斑节对虾、中国对虾、日本对虾的Cmstin—like基因的核酸序列同源性分别达35．1％、30．9％、55．4％。     

西津水库网箱养殖对水质的影响分析

对西津库区米埠坑水库网箱养殖区进行了秋季枯水期水质监测分析，米埠坑水库网篇养殖区溶氧偏低，总氮含量超标。氮磷比极高，磷缺乏成为浮游植物生长的限制因子。现有养殖容量已超过枯水期水体负荷力。     

3种重金属离子对牟氏角毛藻生长的影响

采用f/2培养基,研究了不同浓度的Cu(Ⅱ)、Zn(Ⅱ)和Pb(Ⅱ))对牟氏角毛藻Chaetoceros muelleri生长的影响。结果表明:在特定浓度条件下,3种重金属离子对牟氏角毛藻的生长具有显著影响。当Cu(Ⅱ)浓度为0.1 mg/L、Zn(Ⅱ)和Pb(Ⅱ)浓度为0.1~1.0 mg/L时,能促进牟氏角毛藻的生长;Zn(Ⅱ)和Pb(Ⅱ)浓度为10~50 mg/L时,牟氏角毛藻能维持一定的速率生长;Cu(Ⅱ)浓度为1~50 mg/L时,牟氏角毛藻的生长受到显著抑制。     

凡纳滨对虾HSP10基因序列与低温表达分析

[目的]克隆分析凡纳滨对虾HSP10基因,为研究其在寒冷耐受过程中发挥调控功能提供参考依据.[方法]搜索EST库获得凡纳滨对虾HSP10基因序列,再通过RACE-PCR扩增获得凡纳滨对虾HSP10基因cDNA全长序列,对其进行生物信息学分析,并通过荧光定量PCR分析HSP10基因的组织表达及低温胁迫下表达量的变化.[结果]凡纳滨对虾HSP1基因cDNA全长720 bp,包含306 bp的开放阅读框,编码102个氨基酸.以各物种的HSP10蛋白序列构建系统进化树,能较好反映各物种间的进化关系.荧光定量PCR分析结果显示,凡纳滨对虾HSP10mRNA在各组织中呈遍在表达,其中以肌肉中的表达量最高.低温表达谱分析结果显示,凡纳滨对虾HSP10mRNA在低温处理凡纳滨对虾的各组织中均呈下调表达,当处理温度降至13℃,其在肝胰腺中表达量降至最低.[结论]凡纳滨对虾HSP10在结构和进化上较保守,其mRNA表达量在低温胁迫下呈下降趋势,可能在寒冷耐受过程中发挥负调控作用.     

对虾桃拉综合症病毒(TSV)的分子生物学研究进展

对虾桃拉综合症病毒（Taurasyndrome virus,TSV）是危害对虾养殖的一个重要病原,开展该病毒的分子生物学研究具有重要的应用价值。文章综述了近年来国内外在TSV的病毒分离与鉴别、TSV检测方法的建立与改善、TSV与宿主感染后相互作用机理等方面的研究进展,提出今后应加强对TSV的病毒分离和保存技术、TSV的纯化和攻毒技术、抗TSV相关基因和抗TSV药物等方面的研究,以提高对TSV的预防和控制水平。