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测定了盘桑2号、圌桑2号、圌桑10号、圌桑14号、圌桑6号、圌桑11号、圌桑12号等7个特殊桑树品种资源的ITS序列,长度均为576bp,A+T%=40.45[233],C+G%=59.55[343],其中114 a,176 c,167 g,119 t,无变异位点。最大简略法(MaximumParsimonyMethod,MP)分析亲缘关系,均分在一个分支,亲缘关系差异不大。用分子方法分析桑树品种的亲缘关系时,可先用ITS分析品种的大致的亲缘关系范围,再用RAPD、AFLP、SSR、ISSR等方法进行细分。 相似文献
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利用ISSR(inter-simple sequence repeat)分析了广西桑树品种的亲缘关系.刘圩7号、灵太3号、恭同5号、大寺12号、池塘1号、刘圩2号、那学8号、那陈2号、那学14号、小董1号、板朝1号、冯屋1号、邕新3号、邕新11号、恭同9号、太平2号、沙油4号、板屯车2号有较近的亲缘关系;大寺特号、冯屋5号、池塘4号、太平新1号、恭城4号有较近的亲缘关系;大寺5号、灵太1号、恭江1号、涠盛4号、灵太2号、板罗1号、那楼14号、恭同4号有较近的亲缘关系;钦州桑、大新白桑、广西鸡桑、全州长穗桑、环江1号、钦州长果桑、桂772、涠州岛白桑、邕新荆桑12号、隆林鬼桑、隆林蒙桑有较近的亲缘关系.白桑种遗传变异大;广东桑种亲缘关系靠近白桑,支持中国植物志、GenBank将广东桑置于白桑的变种.野生桑种与栽培桑种遗传背景明显不同.钦州桑、桂772、邕新荆桑12号遗传背景倾向野生桑,在抗性、速生方面有独特优点,在今后杂交育种中应注意利用. 相似文献
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桑种质资源ITS序列与系统进化分析 总被引:5,自引:1,他引:5
目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M.bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M.nigra),北美默里桑(M.murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M.alba)→华桑(M.cathayana)→长穗桑(M.wittiorum)。结论ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。 相似文献
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报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C%32.51-33.26;19个变异位点。神农架华桑♀与珙县川桑有较近的亲缘关系,宜长江流域栽植。龙桑、龙须桑、新疆白桑、剑持、小官桑与神农鸡桑1号、改良鼠返、乌克兰白桑有较近的亲缘关系,雅安白桑与神农架山桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽植。雅周桑与湖北蒙桑4号、四川高海拔鸡桑有较近的亲缘关系,宜在长江流域山区栽植。广东桑"大十"与湖北白桑、越南白桑、印度55有较近的亲缘关系,钦州长果桑与斯里兰卡桑3号有较近的亲缘关系,咸丰长穗桑与利川长穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以南栽植。 相似文献
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利用RAD-seq对中国桑属15个种进行了高通量测序,总共得到36.72Gb clean data,总Tags数2 788 927(reads),平均每个种原始数据都在10M以上,Tags都在20万条以上,质量值Q30都在90%以上。用Stacks软件对15个种进行比对,获得68904个SNPs位点。用最大似然法建树,分支图首先将白桑、广东桑分出,接着是山桑、鲁桑、瑞穗桑,再次分出的是鸡桑、细齿桑、蒙桑和鬼桑,最后分出的是黑桑、川桑、华桑、滇桑、长穗桑、奶桑。分支图能将栽培种和野生种完全分开;可以将蒙桑和鬼桑、鸡桑、华桑、川桑、奶桑分开。认为白桑、广东桑属原始类型,长穗桑、奶桑属进化类型;山桑、鲁桑、瑞穗桑这三个种被分在一个分支,自检支持率99%,黑桑、川桑这两个种被分在一个分支,自检支持率56%,长穗桑、奶桑这两个种被分在一个分支,自检支持率100%,说明这些种之间有较近的亲缘关系,桑属RAD-seq测序能大规模筛查SNPs位点,系统发育分析的准确性就更加可靠。 相似文献
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[目的]分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值.[方法]67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系.[结果]桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576-590 bp,G+C含量为59.55%--62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920-924 bp,A+T含量为65.87%-66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923-929 bp,A+T含量为67.28%-67.49%,17个信息位点.3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率-混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点.分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑.[结论]桑属traL-F和rps16序列信,息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然.基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型. 相似文献
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