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【目的】探明山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织的转录组差异,丰富蛋鸭转录组数据信息。【方法】选取6份山麻鸭卵巢组织样品(开产期和产蛋高峰期各3份),利用Illumina HiSeqTM 2000进行高通量测序,构建山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织转录组文库,并用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析。【结果】经过测序获得质量不低于20的碱基比例(Q20)均高于93%;开产期获得了43 489 798条reads,4 380 847 061 bp数据量;高峰期获得了42 782 676条reads,4 307 499 083 bp数据量;分别有70.92%和72.70%的reads能比对到鸭参考基因组序列上。对开产期与产蛋高峰期转录组进行比较,发现开产期有26 808个表达基因,产蛋高峰期有27 013个表达基因,与开产期为参考,在高峰期卵巢组织中共获得1 929个差异表达基因,其中上调基因989个,下调基因940个;进一步将这些差异基因在Nr数据库进行注释,发现获得注释的基因有1 423个,其中上调基因695个,下调基因728个;COG功能注释分析发现这些差异表达基因共获得663个功能注释,涉及25个功能分类;GO 功能注释分析表明,有1 122个基因获得GO 功能注释,可以分为61个功能分类,这些分类主要涉及到分子绑定、催化活性、细胞过程、生物调节等诸多生理生化过程,其中涉及到发育繁殖生物学过程的相关注释基因有406个;KEGG分析发现共有425个基因注释到160个代谢通路中,其中GnRH信号通路、GPI-anchor生物合成、TGF-β信号通路、核糖体生物合成等通路显著富集。GnRH信号通路和TGF-β信号通路在卵巢的生理生殖活动发挥了重要作用,而GPI-anchor生物合成和核糖体生物合成,这两类代谢通路在卵巢生理生殖活动的作用尚不明确。【结论】利用高通量测序技术对山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织的转录组进行测序和分析,揭示了山麻鸭不同生理状态下卵巢组织差异表达基因的数量,获得了差异表达基因的功能、分类和代谢通路。为丰富蛋鸭卵巢组织转录组信息,为开展蛋鸭产蛋性状相关基因的研究及分子调控机制研究奠定基础。 相似文献
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采用实时荧光定量法和化学比色法分别测定了半番鸭不同组织谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px) mRNA的相对表达水平和酶活力。结果显示:半番鸭的GSH-Px mRNA表达水平表现为肾脏>胸肌>肺脏>脾脏>肝脏>心脏>肌胃;胸肌和肝脏的GSH-Px酶活力较高,肾脏次之,肌胃的最低;除胸肌的GSH-Px基因表达水平与酶活力间的相关性达到显著水平外,在其余组织中两者之间的相关性均不显著,但代谢较为活跃的胸肌、肝脏和肾脏的两个指标均较高,而肌胃均为最低。由此提示,半番鸭GSH-Px基因表达和酶活力存在物种和组织特异性,胸肌具有较高的抗氧化能力。 相似文献
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羽色是半番鸭一个重要的经济性状.黑素皮质素受体1(melanocortin receptor 1,MClR)基因是控制动物黑色素合成的重要基因.根据鸡、鹌鹑、雪雁、孔雀等MC1R基因同源序列的保守区设计1对引物,以半番鸭、北京鸭总DNA为模板,PCR扩增,克隆测序.结果,获得了2个长度为900bp的基因片段,并提交GenBank,登录号分别为EU877265和EU877264.经比对,发现北京鸭与半番鸭核苷酸序列存在8个变异位点,其中位于184bp(T/A)、229bp(G/A)、364bp(A/G)、385bp(G/A)处的变异导致了氨基酸序列分别在第62位(c/s)、77位(E/K)、122位(T/A)和129位(v/i)发生突变.为进一步研究半番鸭羽色MC1R基因单核苷酸多态性(SNP)奠定了基础;通过BLAST进行相似性搜索,结果表明,鸭与黑雁MC1R基因的核苷酸序列同源性最高为98.4%,与其他家禽的同源性也保持在92.8%~98.2%之间.可见禽类的MC1R基因编码区序列具有高度的保守性;系统进化分析表明,半番鸭、北京鸭与雪雁、黑雁、皇雁亲缘关系相近,从分子角度验证了它们在动物学分类上的地位. 相似文献
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大白、长白及其杂交母猪FSHβ基因多态性与繁殖性状的相关分析 总被引:5,自引:1,他引:5
通过PCR扩增检测FSHβ基因多态性,分析FSHβ各基因型与繁殖性状的相关性,结果表明:大白、长白及长大杂种母猪FSHβ基因座A等位基因频率较低,分别为0.213 3、0.161 5和0.140 5,B等位基因频率较高分别为0.786 7、0.838 5和0.859 5。该位点多态性与初产母猪的产活仔数、初生窝重存在显著差异(P<0.05),与总产仔数和断奶成活数差异不显著(P>0.05);与经产母猪的总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶成活数都差异不显著(P>0.05)。 相似文献
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连城白鸭肉用新品系早期生长规律及生长曲线拟合的研究 总被引:1,自引:0,他引:1
对0~9周龄的连城白鸭肉用新品系早期生长发育情况进行了测定和分析,并运用Gompertz模型对其生长曲线进行拟合与分析。结果表明:Gompertz模型能很好地模拟连城白鸭肉用新品系生长曲线,拟合度(R2)高(公鸭:R2=0.9998,母鸭:R2=0.9997),进一步对拟合参数分析,发现连城白鸭肉用新品系公鸭极限体重为2423.6g,拐点体重为891.7g,拐点周龄为3.5周;母鸭极限体重为2099.2g,拐点体重为772.3g,拐点周龄为3.2周。 相似文献