肉鸡MTHFR基因的克隆和表达水平研究

采用RT-PCR方法克隆了鸡MTHFR(methylenetetrahydrofolate reductase, MTHFR)基因,利用生物信息学方法预测蛋白结构,应用定量PCR(qPCR)技术检测组织表达特性。结果表明,鸡MTHFR基因的cDNA序列长度为2 342 bp(GenBank登录号: KU351685),开放阅读框长1 956 bp,编码651个氨基酸;进化树分析表明,鸡MTHFR氨基酸序列与绿头鸭和鸿雁的关系较近。MTHFR氨基酸序列包含保守的MTHFR superfamily结构域,为亲水蛋白;二级结构主要是α-螺旋(38.71%)和无规则卷曲(36.41%);亚细胞定位显示,该蛋白存在于细胞质和细胞核的概率分别为60.9%和30.4%。qPCR分析表明,MTHFR基因在所检测鸡的8种组织中均有表达,其中在心脏中表达水平最高,在腿肌中的表达水平最低;叶酸缺乏试验表明,母鸡叶酸缺乏能极显著增加子代肉鸡MTHFR基因在肝脏中的表达水平(P<0.01)。研究结果可为进一步研究MTHFR基因的结构和功能以及叶酸在家禽生产中的应用提供资料。     

鸡甲基转移酶样蛋白5(METTL5)基因的克隆与表达分析

为探讨鸡甲基转移酶样蛋白5(Methyltransferase like protein 5,METTL5)基因的序列和结构,采用RT-PCR方法克隆该基因,并用生物信息学方法分析该基因的特征;利用定量PCR(qPCR)方法检测METTL5基因的组织表达模式和母鸡叶酸缺乏对仔鸡腹脂中该基因表达的影响。结果表明,鸡METTL5基因的cDNA序列长度为702bp(Genbank accession:KU351684),编码212个氨基酸;进化树分析表明鸡METTL5氨基酸序列与野鸭和鸿雁的关系较近,与非洲爪蟾的进化关系最远。鸡METTL5氨基酸序列包含保守的AdoMet_MTases superfamily结构域,为亲水蛋白;二级结构主要是α-螺旋,占44.81%;该蛋白不存在信号肽,不是分泌蛋白;亚细胞定位显示该蛋白存在于细胞质的概率为69.6%。qPCR分析表明,METTL5基因在所检测鸡的8种组织均有表达,在腹脂中表达水平最高,在脾脏中的表达水平最低;叶酸缺乏试验表明,母鸡叶酸缺乏对仔鸡腹脂组织METTL5基因表达水平有增加的趋势,但与对照组相比差异不显著(P0.05)。     

泰安郊区肉鸡金黄色葡萄球菌耐药性分析

对肉鸡金黄色葡萄球菌耐药性进行分析,结果表明,该菌株对中药黄连和抗生素头孢唑啉、替米考星药敏纸片表现为极度敏感;对中药黄芩、大青叶和抗生素恩诺沙星、氯雾素、卡那霉素、痢特灵药敏纸片高度敏感;对链霉素和环丙沙星药敏纸片中度敏感;对板蓝根、四环素、庆大霉素以及白头翁、红霉素、青霉素等表现为低度敏感或耐药。     

两个国外猪品种GH基因MspⅠ多态性及其与生产性状的相关分析

采用PCR-RFLP技术,比较分析了大约克夏猪和长白猪生长激素基因全序列的MspⅠ酶切位点多态性。结果显示,两个国外猪品种pGH基因全序列中均存在11个MspⅠ酶切位点;在大约克夏猪中有6种MspⅠ-RFLP带型,长白猪中有7种MspⅠ-RFLP带型,带型分布在两个猪品种中差异极显著（P〈0.01）。MspⅠ-RFLP与生产性状的相关分析表明,两个国外猪品种各带型与生产性状的差异均未达到显著水平（P〉0.05）。     

肉鸡CMTR2基因分子特征及其表达谱分析

[目的]分析肉鸡加帽甲基转移酶基因(CMTR2)分子特征及其表达谱,为后续开展鸡CMTR2基因结构及生物学功能研究打下基础.[方法]以艾拔益加(AA)肉鸡为研究对象,利用RT-PCR克隆CMTR2基因,使用DNAMAN、ProtParam、SOPMA、SWISS-MODEL、TMHMM 2.0和SignalP 3.0等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测分析其表达特征.[结果]肉鸡CMTR2基因编码区(CDS)序列全长为2350 bp(登录号MN296490),其开放阅读框(ORF)为2292 bp,编码763个氨基酸残基;肉鸡CMTR2氨基酸序列与原鸡CMTR2氨基酸序列的相似性为99.74%,只有2个氨基酸残基差异,与火鸡CMTR2氨基酸序列的亲缘关系较近(相似性为95.94%).肉鸡CMTR2蛋白分子量为86855.48 Da,理论等电点(pI)为6.08,在哺乳动物网织红细胞体外表达的半衰期为30 h,在酵母体内表达的半衰期大于20 h,在大肠杆菌体内表达的半衰期大于10 h.肉鸡CMTR2蛋白为不稳定的亲水性蛋白,无信号肽和跨膜区域,包含61个磷酸化位点、15个二硫键、1个N-糖基化位点及8个O-糖基化位点;其二级结构由α-螺旋(49.93%)、无规则卷曲(35.65%)、延伸链(11.53%)和β-转角(2.88%)组成,但无法获得完整的三级结构.CMTR2基因在42日龄AA肉鸡8种组织中的相对表达量排序为脾脏>肺脏>胸肌>腹脂>肝脏>肾脏>腿肌>心脏,以在脾脏中的相对表达量最高,显著高于在其他组织中的相对表达量(P<0.05,下同);肉鸡CMTR2基因的时空表达变化趋势表现为21日龄的相对表达量最高、14日龄的相对表达量最低.[结论]CMTR2基因在不同物种中具有较高的保守性,因其在肉鸡脾脏中的表达水平最高,故推测CMTR2基因是参与机体免疫相关的关键基因.     

影响畜禽脂肪沉积的遗传和营养因素分析

畜禽脂肪沉积受多种因素的影响。主要分析了遗传因素和营养因素,尤其是对影响动物脂肪沉积的相关基因作了重点分析,包括FABPs、PPARs、obese和leptin、UCPs、LPL、HSL、adiponectin、IGF2。     

猪水通道蛋白7基因第4内含子多态性分析

本研究旨在探讨国内外猪种水通道蛋白7(aquaporin 7,AQP7)基因多态性,以期为进一步研究猪AQP7基因与脂肪沉积性状的相关性提供理论依据。采用PCR-RFLP方法检测了猪AQP7基因第4内含子G/A在6个猪群中的多态性分布。检测结果表明,经PstⅠ酶切后发现了GG、AG和AA 3种基因型。在莱芜猪、里岔猪、鲁莱猪、杜洛克猪和大约克猪5个猪种中G均为优势等位基因,而在沂蒙猪中A为优势等位基因。χ²检验结果发现,基因型分布在莱芜猪、鲁莱猪和沂蒙猪群体达到了哈代－温伯格平衡(P>0.05),而里岔猪、杜洛克猪和大约克猪群体中均未达到平衡状态(P<0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P<0.01)。群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在0.3084~0.4953之间,多态信息含量在0.2609~0.3726之间,属于中度多态。本研究结果提示,地方猪种、引进猪种和培育猪种AQP7基因内含子4的基因型分布存在明显差异,A等位基因作为脂肪沉积的有利等位基因尚需进一步验证。     

肉鸡MTHFD2基因的克隆和表达分析

对肉鸡亚甲基四氢叶酸脱氢酶2基因(Methylene tetrahydrofolate dehydrogenase 2,MTHFD2)进行克隆和生物信息学分析。结果表明:肉鸡MTHFD2基因c DNA部分片段长度为1 554 bp,编码337个氨基酸。氨基酸序列比较发现,肉鸡与日本鹌鹑的氨基酸序列一致性最高,达到97. 33%。MTHFD2蛋白跨膜结构域分析发现该蛋白位于胞外,不具备跨膜结构。MTHFD2蛋白质二级结构预测结果为:α-螺旋占31. 16%,延伸链占22. 26%,β-转角占9. 2%,无规则卷曲占37. 39%。定量PCR结果表明:MTHFD2基因在腿肌中的表达水平最高,在肝脏中的表达水平最低。研究结果将为进一步研究MTHFD2基因的结构和功能以及家禽叶酸代谢通路提供参考。     

猪生长激素基因ApaⅠ酶切位点多态性分析

利用 PCR- RFL P技术 ,分析了大约克猪和长白猪 GH基因的 Apa 酶切位点多态性。结果表明 ,在p GH基因序列中共检测到 5种基因型和 4种等位基因 ;基因型频率和等位基因频率在 2个猪种间分布差异不显著。     

琅琊鸡胚MSX2基因克隆及发育性表达变化

【目的】 克隆鸡Msh同源框2(Msh-homeobox 2，MSX2)基因，并对其进行生物信息学和胚胎期表达模式分析，为进一步研究MSX2基因的结构和功能提供支持。【方法】 对80枚琅琊鸡种蛋进行孵化，分别于孵化期第1、2、3、4、5、6、9、12、15、18天采集样品(1~6胚龄采集整胚，9、12、15、18胚龄分别采集心脏和肝脏)，提取总RNA，利用RT-PCR方法扩增并克隆MSX2基因，对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR技术分析MSX2基因在琅琊鸡鸡胚和组织中的表达水平。【结果】 成功克隆了琅琊鸡胚MSX2基因，序列长度为818 bp，开放阅读框为780 bp，编码259个氨基酸。琅琊鸡MSX2氨基酸序列与日本鹌鹑、秃鹰和仓鸮的相似性最高，均为99.23%，与山羊的相似性最低，为74.54%;系统进化树分析结果显示，琅琊鸡与日本鹌鹑聚为一类。生物信息学分析表明，MSX2蛋白分子质量为28 235.18 u，等电点(pI)为9.71，没有信号肽和跨膜域，为不稳定的亲水性蛋白，主要分布在细胞核(60.9%);存在37个磷酸化位点、8个O-糖基化位点和1个N-糖基化位点;二级结构主要由无规则卷曲(63.32%)和α-螺旋(28.19%)组成。实时荧光定量PCR分析表明，MSX2基因在整胚(1~6胚龄)中的表达水平呈现先上升后下降趋势，且在4胚龄时表达水平最高，极显著高于1、2、3胚龄(P<0.01);MSX2基因在12胚龄鸡心脏中的表达水平极显著低于9胚龄(P<0.01);在9~18胚龄鸡肝脏中的表达量呈逐渐下降趋势，且在9胚龄鸡肝脏中表达水平最高(P<0.05)。【结论】 试验成功克隆了琅琊鸡MSX2基因序列，其表达模式在不同胚龄和同一胚龄不同组织间存在差异，为进一步探索琅琊鸡MSX2基因的结构和功能奠定了基础。