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11.
为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs) 626 677个,注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考。 相似文献
12.
本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)~ 0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(He)介于0.031(SNP113)~0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)~0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离Hardy- Weinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。 相似文献
13.
以四川松口蘑(Tricholoma matsutake)代表性主产区菌塘土壤及新鲜子实体为材料,分析菌塘土壤理化性质和子实体的营养品质,利用冗余分析(redundancy analysis,RDA)研究前者对后者的影响.结果表明:调查样点菌塘土壤理化性质差异较大,总体以砂粒为主(50.2%~88.5%),质地较为疏松,pH总体呈弱酸性(5.08~7.26),有机质含量54.8~189.6 g/kg;调查样点松口蘑子实体营养品质总体较好,其中谷氨酸含量较高(2.27%~4.10%),但地区间差异较大;钙含量较高(124.4~725.1 mg/kg),锌和锰含量中等,铜含量较低;冗余分析结果表明,子实体中营养品质与菌塘土壤中交换性锰(TMn)含量极显著正相关(P<0.01).菌塘土壤中TMn是影响松口蘑子实体关键的土壤理化因子. 相似文献
14.
microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopus japonicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibrios splendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs (P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GO terms以及22条信号通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs和109个与Notch信号通路相关的mRNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。 相似文献
15.
16.
17.
18.
自主创新出成果科技服务出效益 总被引:1,自引:0,他引:1
通过原始创新、集成创新和引进、吸收再创新,四川省农科院在农业“高产、优质、高效、生态、安全”方面取得了丰硕的成果。通过强化科技服务,取得了显著的经济社会效益。最后,总结了主要做法和体会。 相似文献
19.
以云南澄江蓝莓主产区蓝莓鲜果为试材,以甲酸甲醇溶液提取花色苷,利用高效液相色谱法(HPLC)和加标定性测定法对蓝莓果实中花色苷的组成及相对含量进行比较,以期探索云南主栽蓝莓果实花色苷的组分及特征.结果 表明:6个品种蓝莓果实中共检测到10种花色苷.其中,“比洛克西”中总花色苷含量最高,是含量最低品种“夏普蓝”的27倍.且“夏普蓝”“灿烂”“密斯提”3个品种中的芍药素-3-O-葡萄糖苷的相对含量最高,分别为23.62%、29.85%、20.76%,均高于20%;“比洛克西”“绿宝石”“莱格西”中芍药素-3-O-葡萄糖苷和飞燕草素-3-O-半乳糖苷的相对含量也相对较高,其中,芍药素-3-O-葡萄糖苷的相对含量分别为16.25%、12.26%、10.61%,飞燕草素-3-O-半乳糖苷的相对含量分别为20.3%、10.52%、16.89%,均高于10%.6个品种蓝莓果实的飞燕草素-3-O-半乳糖苷的相对含量均高于10%.说明云南主栽的6个品种蓝莓中含有极为丰富的花色苷资源. 相似文献
20.