鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析

为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和Tajima’s D检验表明蛋白质编码基因主要受到净化选择(即负选择,purifying selection)的作用;其中12个蛋白质编码基因(ND6除外)有强烈的净化选择(Ka/Ks<1),而ND6基因受正选择(positive selection)影响较大(Ka/Ks>1)。4)ND4、ND2和Cytb是进行鳀科鱼类系统发育分析的较为理想的分子标记。     

基于转录组测序分析绿鳍马面鲀脑组织响应密度胁迫的分子机制

为了解密度胁迫下,绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)脑组织的分子响应机制,设置两个养殖密度试验组(100尾·m^-3的中密度组和500尾·m^-3的高密度组)和1个对照组(密度：50尾·m^-3),分别获得2个试验组绿鳍马面鲀在25 d和50 d时的脑组织样本,利用Illumina测序平台对绿鳍马面鲀脑组织样本进行转录组测序分析,得到100.3 Gb高质量测序数据。与对照组相比,各试验组均筛选出大量的差异表达基因。通过GO(Gene Ontology)功能注释与KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能富集分析,筛选出与昼夜节律、MAPK信号通路、钙离子信号通路相关的信号通路,发现clock、cry、bmal1、npas2、bdnf、rps6ka、il1r1、htr5a、ryr2和pln等关键基因在不同密度下生存的绿鳍马面鲀脑组织中差异性表达。这些差异表达基因可能在调节绿鳍马面鲀的昼夜节律、免疫能力等方面发挥关键作用,研究结果可为研究该品种在...     

基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征

为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA基因片段的序列。比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个。A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%。A+T含量(55.9%)高于G+C含量(44.2%)。在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67。与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181个。A、T、G、C的平均含量分别为35.7%、22.2%、18.1%、24.0%。A+T含量(57.9%)高于G+C含量(42.1%)。在414个核苷酸位点中,转换为30,颠换为14,转换/颠换比率为2.12。基于Kimura双参数模型分析龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并用邻接法构建分子系统树。结果显示:7种闭壳龟种间差异在0~0.043,平均为0.022;淡水龟科属间遗传距离为0.007~0.140,平均为0.074;曲颈龟亚目9个科间(不包括平胸龟)遗传距离为0.055~0.197,平均为0.139。由此认为,淡水龟科与陆龟科亲缘关系比龟科更近;不支持将闭壳龟属拆分为闭壳龟属和盒龟属;支持将平胸龟属归为鳄龟科的一个属。     

流速、温度对西伯利亚鲟幼鱼生长的影响

在90 d的饲养实验中,研究了集约化室内储水池养殖条件下,流速和温度对西伯利亚鲟幼鱼生长的影响。按照流速,实验鱼分为4组：即流速分别为 V1组(0.12 m·s-1),V2组(0.16 m·s-1), V3组(0.20 m·s-1),和V4组（0.5 h流速为 0.20 m·s-1, 0.5 h流速为 0 的间隙式水流组）。水温在13.8 ～24.7 ℃变化。 在16.7～22.5 ℃的温度段内,随着流速增大,幼鱼的最终体重、体长、生长效率、净增重、每日生长率及日增重等指标均逐渐增大,饵料系数逐渐降低,其中西伯利亚鲟鱼的生长效率(GE)与流速(V)之间存在显著正相关性,其关系式为GE＝52.5 V + 69.567 (R2 = 0.997, P< 0.05)。尽管高流速V3组的特殊生长率(DGR)是最大的,但V3组在22.5～4.7 ℃之间和13.8～16.7 ℃之间时DGR是最小的。间隙式水流V4组(0.5 h流速为0.20 m·s-1,0.5 h流速为0)DGR和净增重(NY)不是最高,但其饵料系数(FC)和生长效率(GE)分别是各组中最低和最高的,而且在高温和低温段DGR均有比其他组升高的趋势。另外,水流因子与温度交互作用影响西伯利亚鲟幼鱼的生长,本次四组流速组西伯利亚鲟幼鱼的最适生长水温各不相同,在20.2～20.7 ℃之间。结果显示在设施集约化养殖中,V4组能够产生较好的效益。图2表2参22 关键词：西伯利亚鲟; 生长; 集约化养殖; 流速; 温度     

裂腹鱼亚科系统发育与适应性进化及祁连山裸鲤的分类地位

裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)系统发育和适应性进化机制尚不明确,且祁连山裸鲤(Gymnocyprischilianensis)的分类地位尚存争议。本研究基于所有已公开的裂腹鱼亚科11属65种鱼类的线粒体全基因组序列进行分析,试图为阐明上述问题提供基因组学依据。结果如下:(1)系统发育。研究表明裂腹鱼亚科鱼类不是单系群,其分属于两个不同的支系,每个支系包含若干属种,其中原始类群的裂腹鱼聚为一支,特化类群和高度特化类群的裂腹鱼聚为另一支。(2)适应性进化。以裂腹鱼的分布海拔高度区间为划分标准,分为低、中、高3组,基于分支模型和位点模型的检测结果显示, 13个蛋白编码基因的ω比值都<1,均未检测到正选择位点。但是在氨基酸水平上, Atp6、ND2、ND3、ND4、ND5中均检测出正选择位点,正选择作用主要发生在呼吸链复合物I (NADH-泛醌氧化还原酶)中,线粒体呼吸链又是生物活性氧(ROS)最主要的来源,这可能解释了裂腹鱼亚科对高海拔缺氧环境的适应性进化机制。同时,分歧时间估算结果显示,原始类群裂腹鱼分化于3.200Ma前,特化类群裂腹鱼与高度特化类群裂腹鱼在5.97...     

基于形态和分子标记的三种鲭科鱼类鉴别新方法

为找到日本鲭(Scomber japonicus)、澳洲鲭(S.australasicus)和羽鳃鲐(Rastrelliger kanagurta)这三种鲭科鱼类鉴别的新标记,采用形态框架等形态分析方法和线粒体标记的方法开展研究.共分析采自海南的33 ind样本,其中日本鲭19 ind,澳洲鲭9 ind,羽鳃鲐5 in...     

慢性密度胁迫对绿鳍马面鲀肌肉转录组的影响

为了解慢性密度胁迫下绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)肌肉组织的分子响应机制,挖掘密度胁迫下的相关信号通路和差异表达基因,设置2个养殖密度组(即100尾/m³的中密度组和500尾/m³的高密度组)对绿鳍马面鲀肌肉转录组进行了研究。分别于第25天和第50天时获得养殖绿鳍马面鲀的肌肉组织,利用Illumina测序平台对肌肉组织样本进行了转录组测序,得到103.3 Gb高质量测序数据。对照开始时暂养的绿鳍马面鲀,各试验组均筛选出大量的差异表达基因。通过GO(Gene Ontology)功能注释与KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能富集分析,筛选出涉及破骨细胞分化、MAPK、PI3K-Akt等路径以及黏着斑相关的信号传导机制,发现nfatc1、tgfbr2、map3k14、pparg、fos、flna、flnc、fn1、tln1、thbs1等关键基因在绿鳍马面鲀肌肉组织中的差异性表达。研究表明,这些差异表达基因可能在调节绿鳍马面鲀的细胞生长和分化、免疫能力等方...     

九种鲱科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因相对速率测试及分歧时间估计

对鲱科9种鱼类的线粒体细胞色素b(cytb)基因序列进行综合分析。结果表明:(1)用Ne ighbour-Join ing(NJ)法构建的分子系统树显示盖纹沙丁鱼属的3种鱼类形成一个单系类群,鲱属2种鱼类形成一个单系类群,它们的bootstrap支持率均为100%。金色小沙丁鱼和短体小沙丁鱼形成一个单系类群,在NJ树中的支持率达到或超过50%。欧洲黍鲱与太平洋鲱和大西洋鲱是单系起源,其bootstrap支持率高达100%。系统发育结果还支持沙丁鱼属鱼类与盖纹沙丁鱼属鱼类是单系类群,支持率分别为87%和95%。但单系类群I(包括大西洋鲱、太平洋鲱、欧洲黍鲱)和单系类群Ⅱ(包括欧洲沙丁鱼、加州沙丁鱼、南美拟沙丁鱼、斑点盖纹沙丁鱼)之间的系统发育关系尚不明确,因为它们之间的支持率很低。(2)dN/dS的比值显著的小于1(Z-test),提示由于功能限制,cytb基因受到强烈的负选择作用。(3)基于Tajim a的1D和2D相对速率测试表明,分子钟假说在鲱科鱼类中是成立的;鲱科鱼类的分歧时间是0.12至13.45百万年间。     

基于线粒体12SrRNA序列研究凤鲚两个野生群体的遗传多样性

对凤鲚Coilia mystus长江群体和珠江群体的线粒体DNA(m itochondrial DNA,m tDNA)的12SrRNA基因片断序列进行分析。排列比对后,获得该基因365 bp的一致序列。在所测得的42个序列中,共检测到6种单倍型,其中长江群体有2种,珠江群体有4种。长江群体和珠江群体的单倍型多样性指数分别为0.5263和0.6104,核苷酸多样性指数分别为0.144%和0.192%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%,珠江群体内部的遗传距离为0.3%～0.5%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为0.8%～1.4%。邻接树显示长江凤鲚和珠江凤鲚各自形成一个单系类群。AMOVA分析显示群体间的变异占总变异的82.80%,提示两者可能有相互隔离的遗传结构。     

不同体色瓯江彩鲤起捕率的初步研究

本实验研究了不同体色瓯江彩鲤的起捕率，发现起捕率从高至低依次为全（80.73%),大花（70.84%),麻花（64.58%),粉玉（52.61%),粉花（40.11%)。其中全红显著高于粉玉和粉花，大花显著高于粉花。