鮸鱼EST-cSNP位点发掘及其特征分析

为发掘鮸鱼的EST-cSNP位点,以测序获得的鮸鱼脾脏4609条高质量表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列为源序列,利用Vector NTI 11.0软件拼接出707条重叠群(contig)序列,检测到209个可信度高的编码区单核苷酸多态性(coding-region single nucleotide polymorphism,cSNP)位点;SNP位点数在包含SNP序列中的发生概率为0.743%,在209个SNP位点中包含114个碱基转换位点、74个碱基颠换位点和21个插入缺失位点,转换与颠换比为1.54;对所鉴定的SNP位点的相关序列进行基因注释表明,这些序列包括一批与免疫抗逆相关的基因,例如主要组织相容性复合体、免疫球蛋白、T细胞受体以及各类蛋白酶等.说明所发掘的SNP将有助于促进鮸鱼的分子遗传学及分子辅助育种研究.     

鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析

采用双链特异性核酸酶(DSN)均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的娩鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1～3kb之间,文库滴度为1.6×106 CFU.mL-1.从文库中随机挑选5 952个克隆进行测序,共获得5 053条表达序列标签(EST),其中高质量序列4 609条.对序列进行组装后,发现非冗余基因序列3 221条,重叠群656个,单拷贝序列2 565条,冗余率为30.11％.对全部序列分析后发现,其平均读长为550 bp,大部分序列长度在500～599 bp之间,GC含量大部分分布于40％～60％之间.1 397个基因能够进行GO( gene ontology)功能注释,并初步筛选到大量与免疫功能相关的蛋白家族及功能域的基因序列,为进一步娩鱼分子育种奠定了基础.     

急性氨氮暴露对大弹涂鱼炎性反应相关基因表达的影响

为研究急性氨氮胁迫对大弹涂鱼炎性反应相关基因表达的影响,实验挑选初始体质量为(15.14±0.05) g的健康大弹涂鱼幼鱼180尾,进行96 h的急性氨氮胁迫实验。结果显示,大弹涂鱼96 h氨氮半致死浓度为8.99 mg/L总氨氮(0.11 mg/L非离子氨,T-AN);氨氮胁迫后TNF基因的mRNA表达量分别于12和96 h时显著上调,96 h时表达量达到0 h时的2倍;IL-1基因的mRNA表达量12 h时显著上调,为0 h时表达量的6倍;氨氮胁迫后IL-6基因的mRNA表达量分别于12和96 h时显著上调,表达量达到0 h时的1.5倍;氨氮胁迫后IL-8基因的mRNA表达量在24 h时出现显著下调。研究表明,大弹涂鱼96 h氨氮半致死浓度为8.99 mg/L总氨氮;半致死浓度的氨氮胁迫48 h后,TNF、IL-1、IL-6和IL-8基因的mRNA表达量持续升高,推测过度炎性应激可能是导致鱼类氨中毒死亡的原因之一。